Dans l’industrie agroalimentaire, la bactérie mortelle Listeria monocytogenes est étroitement surveillée. Non seulement la bactérie peut rendre les gens extrêmement malades, mais elle est connue pour développer une résistance aux mesures de sécurité alimentaire dans le monde entier.
Cependant, deux espèces « inoffensives » de Listeria développent également un nombre surprenant de caractéristiques potentiellement nocives pour l’homme.
Une étude de séquençage du génome entier en Afrique du Sud, menée par une équipe de chercheurs avec le premier auteur, le Dr Thendo Mafuna de l’Université de Johannesburg, montre certaines des caractéristiques changeantes de Listeria trouvées dans le pays.
L’étude montre que les souches de Listeria innocua développent une résistance à la température, au pH, à la déshydratation et à d’autres stress ; ainsi qu’une hypervirulence génétiquement identique à celle de Listeria monocytogenes.
Certaines souches de L. innocua et L. welshimeri dans l’étude présentent les trois gènes de résistance à un désinfectant largement utilisé, du groupe de produits chimiques composé d’ammonium quaternaire (QAC ou QUAT).
Deux souches de L. innocua qu’ils ont analysées ont développé trois caractéristiques pathogènes préoccupantes ou plus, y compris des systèmes immunitaires adaptatifs de type CRISPR CAS.
Les deux souches non pathogènes de Listeria ont été échantillonnées dans des viandes crues, séchées et transformées dans des installations commerciales de transformation alimentaire du pays.
L’étude confirme d’autres recherches montrant une résistance croissante chez les espèces non pathogènes de Listeria dans d’autres parties du monde.
Gènes partagés avec des espèces pathogènes
« La Listeria innocua que nous avons testée possède certains des gènes que l’on trouve également dans les Listeria monocytogenes pathogènes », explique le Dr Thendo Mafuna. Mafuna est du département de biochimie de l’Université de Johannesburg.
Ces gènes partagés entre L. innocua et L. monocytogenes sont également responsables de maladies chez l’homme ; et la tolérance au stress comme la résistance au désinfectant chlorure de benzalkonium (BC ou BAC).
Des recherches menées par d’autres ont montré que bien que la listériose soit rarement causée par L. innocua, elle survient plus souvent chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli, ajoute-t-il.
Le chlorure de benzalkonium (BAC) fait partie d’un groupe de produits chimiques appelés composés d’ammonium quaternaire, ou QUAT. Les quats se trouvent dans de nombreux produits désinfectants courants. Ils se sont avérés très efficaces pour tuer les bactéries, les champignons et les virus.
Toutes les souches de L. innocua qu’ils ont testées avaient également la séquence complète du gène d’hypervirulence LIPI-4, qui peut provoquer des maladies chez l’homme, dit-il. La séquence LIPI-4 qu’ils ont trouvée chez L. innocua est identique à celle trouvée chez L. monocytogenes pathogène, telle qu’enregistrée par l’Institut Pasteur de Paris, France.
De viandes crues, séchées et transformées
Les échantillons et isolats analysés dans cette étude ont été collectés entre 2014 et 2019 par le Département de l’agriculture, de la réforme agraire et du développement rural (DALRRD) du gouvernement sud-africain. Ceux-ci ont été soumis au Conseil de la recherche agricole (ARC) d’Onderstepoort Veterinary Research SA pour analyse.
Au total, 258 isolats provenant de boucheries, d’abattoirs, de points de vente au détail, d’entrepôts frigorifiques et d’installations de transformation dans tout le pays ont été étudiés. Parmi ceux-ci, 38 se sont révélés être des L. Innocua non pathogènes; et trois autres isolats se sont révélés être des L. welshimeri non pathogènes.
Les isolats provenaient de viandes crues entières, crues transformées, séchées et transformées cuites, de bœuf, de poulet et de porc. Le Dr Itumeleng Matle de la Division de bactériologie, ARC à Onderstepoort a effectué l’analyse microbiologique de l’isolement et de l’identification de Listeria.
Le séquençage du génome entier (WGS) a été réalisé par le Dr Rian E. Pierneef à la plateforme de biotechnologie de l’ARC à Onderstepoort. Mafuna a ensuite comparé les séquences du génome avec celles enregistrées par l’Institut Pasteur, à Paris, France ; et effectué l’analyse pour l’étude.
À l’affût
« Nous devons examiner nos propres installations en Afrique du Sud pour vraiment voir ce qui se passe. Nos analyses de ces bactéries peuvent nous aider à prédire les types de séquences à surveiller », déclare Mafuna.
C’est le nombre de caractéristiques nocives que les souches de L. innocua partagent avec L. monocytogenes qui est préoccupant, ajoute-t-il.
Les transformateurs alimentaires doivent faire attention à Listeria innocua car elle devient résistante aux désinfectants utilisés dans l’industrie pour s’en débarrasser. Il serait également utile d’essayer différents types de désinfectants pour les surfaces, dit-il. Le passage d’un type à un autre peut empêcher ou retarder le développement de la résistance des bactéries à un type de désinfectant.
« Les grands transformateurs alimentaires industriels peuvent vouloir enquêter sur l’efficacité des désinfectants BC ou quat dans leurs installations. Cela peut être fait en prélevant des écouvillons avant le nettoyage et à nouveau après le nettoyage, en les cultivant, pour voir à quel point les régimes de désinfection fonctionnent », explique Mafuna. .
L’étude est publiée dans la revue Spectre microbiologique.
Plus d’information:
T. Mafuna et al, Génomique comparative des espèces de Listeria récupérées dans les installations de transformation de la viande et des aliments, Spectre microbiologique (2022). DOI : 10.1128/spectre.01189-22
Fourni par l’Université de Johannesburg