Bien que le microbiome – la collection de tous les microbes qui vivent dans le corps – dans les matières fécales des chiens ait fait l’objet d’études approfondies, ces études se sont principalement limitées aux chiens domestiques. Dans une nouvelle étude, les chercheurs ont échantillonné les microbiomes fécaux dans diverses populations géographiques pour mieux comprendre à quoi ils ressemblent dans le monde.
« Beaucoup d’études examinent comment différents régimes affectent les microbiomes des chiens. Bien qu’elles soient approfondies, elles travaillent avec des chiens dans des centres vétérinaires, qui mènent une vie très différente de celle des chiens qui ne vivent pas comme animaux de compagnie », a déclaré Karthik Yarlagadda, un ancien étudiant diplômé du groupe Malhi. « C’est similaire à la façon dont les études sur les microbiomes humains se sont concentrées sur les personnes qui vivent dans les villes et mangent des aliments transformés. »
Pour échantillonner une gamme variée de microbiomes, les chercheurs ont collecté des matières fécales dans trois zones géographiques : des animaux de compagnie d’Afrique du Sud, des chiens errants et des chiens de refuge en Inde, et des chiens d’un village rural du Laos. Les échantillons ont été prélevés sur des cartes FTA, qui contiennent des produits chimiques qui préservent l’ADN afin qu’il puisse être séquencé et analysé plus tard.
« La plupart de nos études précédentes ont porté sur des animaux qui viennent dans une clinique vétérinaire ou sont hébergés dans un centre de recherche ; ils sont vaccinés et mangent des aliments transformés », a déclaré Kelly Swanson, professeur de sciences animales et nutritionnelles. « Mais c’est différent des animaux, comme ceux du Laos, qui vivent à l’extérieur et ont une variété d’expositions environnementales. En menant ces études, nous pouvons apprendre ce qui est considéré comme « normal » pour différentes populations à travers le monde. »
Dans chaque endroit, les chiens avaient des régimes alimentaires différents. Les chiens du refuge ont été nourris de riz, de lentilles, de yaourt et de nourriture pour chiens; les chiens errants ont probablement récupéré des restes humains; les chiens du village consommaient des produits agricoles locaux, notamment du maïs, du maïs, du bambou, du riz gluant et du poisson des rivières voisines ; et les chiens de compagnie ont probablement été nourris avec de la nourriture commerciale pour chiens.
Fait intéressant, bien que les microbiomes des différentes populations diffèrent, ils sont fonctionnellement identiques. « C’était cool de voir que vous pouvez avoir différents microbiomes, mais ils remplissent tous la même fonction métabolique. Par exemple, les chiens qui consommaient des produits laitiers dans les populations sud-africaines et indiennes avaient différentes espèces de Lactobacillus qui étaient probablement impliquées dans la même voie, », a déclaré Yarlagadda.
En plus de comparer les microbiomes de chiens de différentes zones géographiques, les chercheurs ont voulu comparer ces échantillons avec des microbiomes anciens, obtenus à partir d’excréments de chiens fossilisés. Vraisemblablement, les chiens qui vivent dans un environnement extérieur et qui ont une alimentation mixte auront des microbiomes similaires à ceux des chiens anciens, ce qui donne un aperçu de la façon dont l’industrialisation affecte les microbes fécaux.
Les chercheurs ont en effet observé que les microbiomes des chiens anciens ressemblaient étroitement aux populations non américaines, potentiellement en raison de régimes alimentaires qui se chevauchent et de plus d’expositions environnementales. D’autres travaux permettront d’élucider si la diversité du microbiome humain dans les milieux non industrialisés suivra également des tendances similaires.
« En utilisant des techniques de séquençage d’une étude précédente [in Scientific Reports]nous voulons trouver plus de données sur les microbiomes anciens chez diverses espèces de chiens », a déclaré Ripan Malhi (GNDP/GSP/IGOH), professeur d’anthropologie. « Puisque nous savons en quoi consistait leur régime alimentaire, nous pouvons faire plus de comparaisons pour voir comment le régime alimentaire influence le microbiome. »
La nouvelle étude « Des échantillons de canidés géographiquement diversifiés fournissent de nouvelles informations sur les microbiomes préindustriels » a été publiée dans Actes de la Royal Society B: Sciences biologiques.
K. Yarlagadda et al, L’échantillonnage géographiquement diversifié des canidés fournit de nouvelles informations sur les microbiomes préindustriels, Actes de la Royal Society B: Sciences biologiques (2022). DOI : 10.1098/rspb.2022.0052
Kelsey E. Witt et al, Analyse intégrative de l’ADN, des restes macroscopiques et des isotopes stables de coprolites de chien pour reconstruire le régime alimentaire de la communauté, Rapports scientifiques (2021). DOI : 10.1038/s41598-021-82362-6