Une nouvelle étude a révélé qu’une souche hautement résistante aux antibiotiques de la superbactérie SARM, résistante à la méthicilline Staphylococcus aureus— est apparu dans le bétail au cours des 50 dernières années, probablement en raison de l’utilisation généralisée d’antibiotiques dans l’élevage porcin.
La souche, appelée CC398, est devenue le type dominant de SARM dans le bétail européen au cours des cinquante dernières années. C’est aussi une cause croissante d’infections humaines à SARM.
L’étude a révélé que CC398 a maintenu sa résistance aux antibiotiques pendant des décennies chez les porcs et autres animaux d’élevage. Et il est capable de s’adapter rapidement aux hôtes humains tout en maintenant cette résistance aux antibiotiques.
Les résultats mettent en évidence la menace potentielle que cette souche de SARM représente pour la santé publique. Il a été associé à un nombre croissant d’infections humaines, chez les personnes qui ont et n’ont pas eu de contact direct avec le bétail.
« Des niveaux historiquement élevés d’utilisation d’antibiotiques peuvent avoir conduit à l’évolution de cette souche de SARM hautement résistante aux antibiotiques dans les élevages de porcs », a déclaré le Dr Gemma Murray, auteur principal de l’étude, auparavant au département de médecine vétérinaire de l’Université de Cambridge et maintenant à l’Institut Wellcome Sanger.
Elle a ajouté : « Nous avons constaté que la résistance aux antibiotiques de ce SARM associé au bétail est extrêmement stable – elle a persisté pendant plusieurs décennies, et aussi au fur et à mesure que la bactérie s’est propagée à différentes espèces de bétail.
L’utilisation d’antibiotiques dans le bétail européen est beaucoup plus faible qu’elle ne l’a été par le passé. Mais les chercheurs affirment que les réductions continues de l’utilisation d’antibiotiques dans les élevages porcins – en raison des récents changements de politique – sont susceptibles d’avoir un impact limité sur la présence de cette souche de SARM chez les porcs car elle est si stable.
Bien que le CC398 associé au bétail se retrouve dans un large éventail d’espèces de bétail, il est le plus souvent associé aux porcs. Son augmentation a été particulièrement évidente dans les élevages porcins danois où la proportion de troupeaux positifs au SARM est passée de moins de 5 % en 2008 à 90 % en 2018. Le SARM ne provoque pas de maladie chez les porcs.
« Comprendre l’émergence et le succès du CC398 dans le bétail européen – et sa capacité à infecter les humains – est d’une importance vitale pour gérer le risque qu’il représente pour la santé publique », a déclaré le Dr Lucy Weinert du département de médecine vétérinaire de l’Université de Cambridge, auteur principal du papier.
Le succès de CC398 dans le bétail et sa capacité à infecter les humains sont liés à trois éléments génétiques mobiles dans le génome du SARM. Ce sont des morceaux de matériel génétique qui confèrent au SARM certaines caractéristiques, notamment sa résistance aux antibiotiques et sa capacité à échapper au système immunitaire humain.
Les chercheurs ont reconstitué l’histoire évolutive de deux éléments génétiques mobiles particuliers appelés Tn916 et CSCmec qui confèrent une résistance aux antibiotiques dans le SARM, et ont constaté qu’ils ont persisté de manière stable dans le CC398 chez les porcs pendant des décennies. Ils persistent également lorsque CC398 saute aux humains, entraînant avec eux des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques couramment utilisés dans l’agriculture.
En revanche, un troisième élément génétique mobile appelé φSa3 – qui permet à la souche CC398 de SARM d’échapper au système immunitaire humain – s’est avéré avoir fréquemment disparu et réapparu au fil du temps, à la fois dans le CC398 associé à l’homme et au bétail. Cela suggère que CC398 peut s’adapter rapidement aux hôtes humains.
« Les cas de SARM associés au bétail chez l’homme ne représentent encore qu’une petite fraction de tous les cas de SARM dans les populations humaines, mais le fait qu’ils augmentent est un signe inquiétant », a déclaré Weinert.
L’intensification de l’agriculture, associée à des niveaux élevés d’utilisation d’antibiotiques dans le bétail, a suscité des inquiétudes particulières concernant le bétail en tant que réservoirs d’infections humaines résistantes aux antibiotiques.
L’oxyde de zinc est utilisé depuis de nombreuses années dans les élevages porcins pour prévenir la diarrhée chez les porcelets. En raison de préoccupations concernant son impact sur l’environnement et sa promotion potentielle de la résistance aux antibiotiques chez le bétail, l’Union européenne interdira son utilisation à partir de ce mois-ci. Mais les auteurs affirment que cette interdiction pourrait ne pas contribuer à réduire la prévalence du CC398 car les gènes conférant une résistance aux antibiotiques ne sont pas toujours liés aux gènes qui confèrent une résistance au traitement au zinc.
Le SARM a été identifié pour la première fois chez des patients humains en 1960. En raison de sa résistance aux antibiotiques, il est beaucoup plus difficile à traiter que d’autres infections bactériennes. L’Organisation mondiale de la santé considère désormais le SARM comme l’une des plus grandes menaces mondiales pour la santé humaine.
Les résultats sont publiés aujourd’hui dans la revue eVie.
Marta Matuszewska et al, Résistance stable aux antibiotiques et adaptation humaine rapide dans le SARM associé au bétail, eVie (2022). DOI : 10.7554/eLife.74819