Une nouvelle méthode a été développée pour la détection rapide des microbes chez les patients cancéreux. Il a été développé par une équipe de recherche collaborative dirigée par le professeur Gu Hongcang des Instituts Hefei des sciences physiques (HFIPS) de l’Académie chinoise des sciences (CAS).
La méthode, basée sur la technologie à base de nanopores, a été rapportée dans un article de Frontières en microbiologie cellulaire et infectieuse.
Les patients cancéreux immunodéprimés sont sensibles à diverses infections microbiennes et ont un taux de mortalité plus élevé que les patients atteints d’autres infections. Par conséquent, l’identification précoce des micro-organismes est essentielle pour la mise en œuvre d’un traitement anti-infectieux chez les patients.
Dans cette étude, les chercheurs ont prélevé des échantillons de 56 patients cancéreux immunodéprimés présentant des infections suspectes. Les échantillons comprenaient du sang et des expectorations.
Ils ont isolé des microbes et généré des bibliothèques de séquençage à base d’amplicons, et séquencé les bibliothèques à l’aide de l’Oxford Nanopore MinION, un séquenceur portable de 90 g. Le séquençage des nanopores a montré une sensibilité significativement plus élevée que celle de la méthode de culture conventionnelle. Cet avantage existait à la fois dans les échantillons sanguins et non sanguins.
Par rapport aux méthodes traditionnelles, la méthode de séquençage des amplicons nanopores a montré plus d’échantillons avec des infections bactériennes, des infections par des agents pathogènes exigeants et des co-infections. Le délai d’exécution moyen était d’environ 17,5 heures, beaucoup plus court que le test de culture conventionnel.
« Cette méthode est rapide et précise », a déclaré Gu Hongcang, premier auteur de l’étude, « elle peut détecter des agents pathogènes chez les patients cancéreux immunodéprimés suspectés d’infections ».
Cette méthode nouvelle et hautement sensible améliorerait le pronostic des patients cancéreux à faible fonction immunitaire en facilitant le diagnostic rapide des infections et la mise en œuvre de traitements anti-infectieux rapides et précis.
Plus d’information:
Qingmei Deng et al, Séquençage métagénomique basé sur les nanopores pour la détection rapide et précise d’agents pathogènes chez les patients cancéreux immunodéprimés suspectés d’infections, Frontières en microbiologie cellulaire et infectieuse (2022). DOI : 10.3389/fcimb.2022.943859