Une nouvelle méthode de surveillance de l’ADN environnemental pour identifier les espèces de poissons rares et menacées vendues sur les marchés

Dans un article récemment publié dans Méthodes en écologie et évolution, des chercheurs du Conservation Forensics Lab de l’Université de Hong Kong ont décrit un nouvel outil puissant pour surveiller le commerce d’espèces de poissons rares et menacées sur les marchés humides de Hong Kong. En utilisant l’ADN environnemental (eDNA) présent dans les eaux de ruissellement des marchés aux poissons, les chercheurs ont pu extraire et séquencer suffisamment d’ADN pour identifier plus de 100 espèces de poissons ayant traversé le marché.

Divers types d’espèces vulnérables ou en voie de disparition ont été détectés par la méthode eDNA dans l’étude, y compris Epinephelus fuscoguttatus, un type de mérou marbré brun qui est répertorié comme vulnérable et en déclin selon l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), et trois anguilles des espèces telles que Anguilla japonica et Anguilla rostrata, qui sont classées comme menacées par l’UICN, ainsi que l’anguille européenne, Anguilla anguilla, inscrite à la CITES (Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction). Deux types de brèmes ont été détectés dont la brème dorée (Nemipterus virgatus) qui est répertoriée comme vulnérable par l’UICN, et la dorade d’Okinawa (Acanthopagus sivicolus), répertoriée comme vulnérable et en déclin par l’UICN.

Le métabarcodage permet l’identification des espèces à la fois

Le codage à barres est une méthode courante d’identification des espèces, dans laquelle certaines régions du génome d’un organisme sont séquencées et utilisées pour identifier l’organisme en question. Chaque espèce a son propre « code-barres » unique, qui peut fournir une forme d’identification plus fiable que les méthodes traditionnelles basées sur la morphologie. Cette technique peut être étendue à l’identification de plusieurs espèces à la fois (connue sous le nom de métabarcodage) grâce à une technologie avancée de séquençage à haut débit. Même les petites quantités d’ADN rejetées par les plantes et les animaux dans l’environnement (eDNA) sont suffisantes pour le métabarcodage, qui permet l’identification de communautés mixtes d’espèces qui peuvent avoir été présentes dans la région.

Dans cette étude, les chercheurs du Conservation Forensics Lab visaient à développer une méthode d’identification des espèces de poissons commercialisées sur les marchés de Hong Kong qui ne repose pas sur le fait que des experts en taxonomie des poissons passent des heures à identifier visuellement chaque poisson en vente. En outre, de nombreux vendeurs de poisson sont souvent réticents à autoriser de longues inspections de leurs marchandises, car des espèces de poissons en voie de disparition peuvent souvent être trouvées à la vente sur les marchés de Hong Kong.

La méthode décrite dans l’article a comparé les deux types les plus courants de capture d’ADNe : la filtration et la précipitation. Dans la méthode de filtration, un litre d’eau collecté dans les égouts de trois marchés humides a été collecté et passé à travers un filtre fin, qui a capturé les tissus, le sang et d’autres débris cellulaires contenant suffisamment d’ADN pour identifier les espèces de poissons qui le rejettent. . La méthode de précipitation a utilisé encore moins d’eau, permettant l’identification des espèces de poissons présentes par précipitation chimique de l’ADNe présent dans les débris cellulaires à partir de 45 ml de ruissellement de drain. Une fois l’eau de drainage collectée, l’ADNe a été extrait et séquencé et les espèces de poissons présentes dans les trois marchés humides étudiés sur une période de 5 jours ont été identifiées. Pour confirmer les résultats, un expert taxonomiste des poissons a effectué une étude visuelle et le chevauchement des détections d’espèces a été comparé.

Haute fiabilité et facile à adapter

Bien qu’il soit impossible d’être certain à 100 % dans l’identification de chaque espèce présente avec l’une ou l’autre méthode, les avantages d’une méthode d’enquête basée sur l’ADN sont nombreux. Principalement, les identifications basées sur l’ADN peuvent être plus fiables que les identifications morphologiques, et cela est particulièrement vrai lorsque les poissons sont vendus abattus ou appartiennent à certains genres et familles d’apparence similaire. La méthode d’extraction d’ADN décrite dans l’article est également très simple et peut facilement être exécutée par toute personne ayant une formation de base en laboratoire moléculaire de plusieurs heures. Les enquêtes visuelles nécessitent des heures et des heures de travail approfondi par plusieurs taxonomistes experts, ce qui a été un facteur qui a freiné le déploiement d’enquêtes régulières à Hong Kong.

« Nous espérons que notre méthode encouragera non seulement les autorités locales à adopter des solutions plus high-tech pour surveiller et combattre le commerce illégal d’espèces sauvages à Hong Kong, mais contribuera également à étendre l’utilisation de l’eDNA et du métabarcoding dans les contextes urbains », a déclaré John L. Richards, co-auteur de l’article de la revue.