Un nouveau protocole de séquençage d’ARN unicellulaire développé à l’Institut d’ophtalmologie moléculaire et clinique de Bâle (IOB) permet la détection d’un nombre significativement plus élevé de gènes par cellule que n’importe quelle méthode existante. Il est aussi plus rapide, moins cher et plus sensible. La nouvelle méthode vient d’être publiée dans Biotechnologie naturelle.
Le séquençage d’ARN unicellulaire (scRNA-seq) montre quels gènes sont activés dans une cellule et quel est leur niveau de transcription. Cela permet une évaluation approfondie de la biologie des cellules individuelles et la détection de changements pouvant indiquer une maladie. Le scRNA-seq est de plus en plus utilisé dans toutes les disciplines, notamment la biologie du développement, la neurologie, l’oncologie, l’immunologie, la recherche cardiovasculaire et les maladies infectieuses. Il est essentiel pour étudier l’hétérogénéité de la population, identifier les sous-populations minoritaires d’intérêt et pour découvrir les caractéristiques uniques des cellules individuelles. Les applications vont bien au-delà de l’ophtalmologie : le séquençage unicellulaire est largement utilisé pour l’analyse des mutations germinales de novo et des mutations somatiques dans les cellules normales et malades ; par exemple, dans les cellules cancéreuses.
Le protocole développé à l’IOB, avec des scientifiques des Instituts Novartis pour la recherche biomédicale, peut être utilisé pour étudier n’importe quel modèle de maladie nécessitant l’analyse de populations de cellules rares à haute résolution. Simone Picelli, responsable de la plate-forme de génomique monocellulaire de l’IOB et auteur principal de l’article, explique : « Notre protocole modulaire FLASH-seq fournit un instantané du transcriptome cellulaire à une résolution sans précédent. La méthode peut être miniaturisée, automatisée et adaptée à différents besoins. Il aide à définir quelles isoformes de gènes sont présentes dans la santé et la maladie. Il fournit également une image beaucoup plus approfondie de l’expression des gènes, en particulier après une perturbation due à une maladie, à des défauts de développement ou à des agents externes. De plus, il est facile à mettre en place en laboratoire, 50 % plus rapide et moins cher que les protocoles existants similaires et permet l’étude des mécanismes moléculaires de la maladie au-delà de la portée des outils de séquençage unicellulaires actuels. »
La nouvelle méthode peut générer des bibliothèques prêtes pour le séquençage en seulement une demi-journée. Les chercheurs de l’IOB pensent donc que FLASH-seq a le potentiel de devenir l’outil de choix lors de la recherche d’un protocole scRNA-seq complet efficace, robuste, modulaire, abordable et convivial pour l’automatisation.
Vincent Hahaut et al, Séquençage d’ARN unicellulaire pleine longueur rapide et très sensible à l’aide de FLASH-seq, Biotechnologie naturelle (2022). DOI : 10.1038/s41587-022-01312-3
Fourni par Institut d’ophtalmologie moléculaire et clinique de Bâle