Une analyse de presque 250 000 séquences génomiques complètes provenant d’une grande variété de participants au programme de recherche « All of Us » a découvert plus de 275 millions de variantes génétiques inconnues. Les résultats viennent d’être publiés dans Naturel’une des plus grandes revues scientifiques au monde, et son objectif n’est autre que de remédier au manque historique de diversité des ensembles de données génomiques existants, en se concentrant sur celles qui étaient sous-représentées.
Le scores de risque polygénique(PPP) constituent l’une des avancées les plus prometteuses de la science médicale : une simple analyse de sang pourrait déterminer notre risque, en fonction de notre génome, de souffrir de maladies telles que le diabète, les pathologies cardiovasculaires, les problèmes rénaux ou divers types de cancer. Ces tests recherchent de petits variantes dans les gènes du patient et comparez-les avec certains paramètres de base. Plus la variation est grande, plus le risque potentiel de souffrir d’une maladie liée à ces marqueurs est grand.
Le problème, comme l’a prévenu la communauté scientifique ces dernières années, est que les bases de données de référence pour développer les PPP ont utilisé des informations provenant de patients atteints de ascendance européenne majoritairement. Les tests ne sont pas optimisés pour comparer efficacement les variantes présentes dans le génome avec d’autres populations et origines ethniques, et c’est source d’inégalités. Ils peuvent ne pas reconnaître, par exemple, le marqueur d’une maladie qui ne s’exprime que dans certaines communautés, ce qui entraîne un faux négatif.
« De plus en plus d’études intègrent des données génétiques provenant de plusieurs ascendances pour développer la PP », explique Niall Lennon, chercheur au Broad Institute de Cambridge, Massachusetts. « Il existe cependant encore de nombreuses lacunes. » Pour les compléter, ils ont utilisé les données du programme de recherche Nous tousfinancé par les National Institutes of Health (NIH) des États-Unis et avec plus de un million de participants de origines diverses. Ces informations, telles que publiées dans Médecine naturelleleur a permis de développer des tests beaucoup plus polyvalents, inclusifs et précis.
[JoaquÃn Dopazo, el hombre que más sabe del ADN español: « No hay un genoma vasco o andaluz »]
La base de données All of Us contient trois fois plus de données génétiques sur les personnes sans ascendance européenne que n’importe quelle autre base de données. biobanque utilisé pour calculer les scores de risque polygénique. De plus, les échantillons provenant d’individus dont le génome peut être retracé à deux populations mondiales ou plus sont huit fois plus importants, ce qui réduit considérablement les risques d’un résultat faux. Patients avec origines métissessoulignent les auteurs, ont un risque plus élevé d’être mal diagnostiqués par les tests.
Ensuite, ils ont sélectionné dix maladies spécifiques : fibrillation auriculaire, cancer du sein, maladie rénale chronique, maladie coronarienne, diabète de type 2, diabète de type 1, cancer de la prostate, hypercholestérolémie, asthme et obésité. Ils ont localisé les points spécifiques du génome qu’ils analyseraient comme marqueurs pour chacun d’eux et ont vérifié s’ils pouvaient être génotypés. Pour ce faire, ils ont comparé les résultats des tests avec des séquences complètes provenant à la fois de patients sains et de ceux souffrant d’une des dix pathologies.
En recalibrant le PPP pour les patients qui n’étaient pas d’origine européenne dans un groupe diversifié de 2 500 personnesles chercheurs ont pu déterminer que un sur cinqIl courait un risque élevé pour au moins l’un d’entre eux. Les variations ethniques entre les participants étant très diverses, le test montre que les nouveaux paramètres ont cessé de privilégier un seul grand groupe et sont désormais efficaces pour toutes les populations.
Pour la prochaine étude, le réseau NIH Electronic Medical Records and Genomics (eMERGE) souhaite recruter 25 000 participants, atteignant une diversité encore plus grande. « Notre modèle augmente les chances qu’une personne présentant des marqueurs à haut risque reçoive un diagnostic correctement attribué, quelle que soit son ascendance génétique », explique Lennon.
« La diversité couverte par la base de données All of Us a été déterminante pour y parvenir », se félicite le chercheur. Il met cependant en garde contre le inégalités toujours présent dans l’accès aux soins. « Un test PPP ne sera utile que pour un patient qui a les moyens de prévenir la maladie ou de la traiter précocement. Ceux qui n’ont pas de couverture santé ne bénéficieront pas de mesures de suivi, comme l’augmentation de la fréquence des preuves », » conclut-il.
Suivez les sujets qui vous intéressent