Les chercheurs commencent à comprendre l’importance des champignons intestinaux chez les mammifères et la manière dont différents facteurs environnementaux peuvent façonner ces communautés fongiques, qui jouent un rôle crucial dans la régulation des réponses immunitaires.
Dans une nouvelle étude en npj Biofilms et Microbiomesdes chercheurs de l’Université du Minnesota et de l’Académie tchèque des sciences ont présenté un aperçu de la composition de la communauté fongique intestinale et des interactions fongiques-bactériennes chez différents primates non humains (captifs et sauvages) et des populations humaines avec un ensemble diversifié de pratiques d’acquisition de nourriture (agriculteurs traditionnels, chasseurs-cueilleurs et la population humaine occidentale).
L’équipe de recherche était dirigée par le biologiste informatique Ashok Kumar Sharma, un chercheur postdoctoral anciennement à l’U de M, maintenant avec Cedars-Sinai. Les scientifiques ont séquencé les marqueurs des gènes ARNr ITS2 et 16S dans des échantillons fécaux de quatre espèces de primates non humains et de trois groupes humains différents pour profiler la composition des communautés fongiques et bactériennes.
« Comprendre comment la communauté fongique s’adapte et interagit avec les communautés bactériennes en réponse à différents facteurs tels que l’alimentation et le mode de vie fournirait un cadre de base pour explorer leurs rôles potentiels dans la santé et les maladies humaines », a déclaré Sharma.
Les similitudes entre les singes captifs et les humains suivant des modes de vie industrialisés indiquent une influence potentielle des facteurs liés au régime alimentaire et au mode de vie sur la génétique dans la formation de la composition de la communauté fongique intestinale et des interactions fongiques-bactériennes. Des similitudes plus élevées dans la composition fongique entre les humains consommant des régimes alimentaires non industrialisés et les singes sauvages étayent davantage ces observations.
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent l’influence de facteurs écologiques, comportementaux et individuels dans la formation du mycobiome intestinal du primate, les communautés de champignons colonisant le tractus gastro-intestinal des primates.
Les chercheurs ont trouvé :
« Ces données indiquent que l’environnement externe peut avoir une très forte influence sur le peuplement des communautés de champignons dans l’intestin des primates ; on ne sait pas si ces champignons sont en grande partie transitoires (de courte durée de vie) ou colonisateurs à long terme. Mais peut-être qu’une question plus intéressante devrait se concentrer sur si le manque de diversité fongique dans les populations humaines occidentales/industrialisées affecte la santé », a déclaré Andres Gomez, PhD, professeur adjoint au Département des sciences animales.
« Comme les facteurs environnementaux jouent probablement un rôle plus important que la génétique de l’hôte dans la formation du mycobiome, nous pourrions considérer que le mycobiome peut être un meilleur indicateur d’un écosystème sain et stable dans lequel vivent les primates », a déclaré Klara Judita Petrzelkova, PhD, une chercheur à l’Institut de biologie des vertébrés de l’Académie tchèque des sciences.
À l’avenir, mesurer la contribution de sources alimentaires spécifiques pour déterminer les mécanismes d’assemblage fongique dans le tractus gastro-intestinal constituerait une étape importante.
Ashok K. Sharma et al, L’interface mycobiome-bactériome de l’intestin des primates est influencée par des facteurs environnementaux et de subsistance, npj Biofilms et Microbiomes (2022). DOI : 10.1038/s41522-022-00274-3