Les bactéries sont littéralement partout – dans les océans, dans les sols, dans des environnements extrêmes comme les sources chaudes, et même à côté et à l’intérieur d’autres organismes, y compris les humains. Ils sont presque invisibles, mais ils jouent un rôle important dans presque toutes les facettes de la vie sur Terre.
Malgré leur abondance, on sait étonnamment peu de choses sur de nombreux micro-organismes qui existent depuis des milliards d’années.
Cela comprend toute une lignée de bactéries nanométriques appelées Omnitrophota. Ces bactéries, découvertes pour la première fois sur la base de courts fragments d’ADN il y a à peine 25 ans, sont courantes dans de nombreux environnements à travers le monde mais ont été mal comprises. Jusqu’ici.
Une équipe de recherche internationale a produit la première analyse à grande échelle de plus de 400 génomes d’Omnitrophota nouvellement séquencés et existants, découvrant de nouveaux détails sur leur biologie et leur comportement. Les conclusions de l’équipe sont publiées dans le numéro du 16 mars de la revue Microbiologie naturelle.
« Nous avons maintenant la vision la plus complète à ce jour de la biologie de tout un phylum de micro-organismes et du rôle surprenant qu’ils jouent dans les écosystèmes de la Terre », a déclaré le microbiologiste de l’UNLV Brian Hedlund, auteur correspondant de l’étude. « Il existe un nombre fini de grandes lignées de vie sur notre planète, et il est passionnant d’en savoir plus sur les organismes qui sont antérieurs aux plantes et aux animaux et qui ont été essentiellement cachés sous notre nez. »
Le problème avec Omnitrophota est qu’ils sont encore largement considérés comme de la matière noire microbienne, ce qui signifie qu’ils existent dans la nature mais ne peuvent pas encore être cultivés en tant qu’espèce unique dans des études en laboratoire. Seules deux espèces ont été observées au microscope, et seulement très récemment.
Pour présenter une image complète de leur biologie, les scientifiques ont comparé 349 génomes existants et 72 nouvellement cartographiés d’Omnitrophota. Cela comprenait un examen des données accessibles au public et de nouveaux échantillons prélevés dans des environnements géothermiques, des lacs d’eau douce, des eaux usées, des eaux souterraines et des sources situées dans le monde entier.
L’équipe a observé que, dans la plupart des cas, les Omnitrophota mesurent moins de 450 nanomètres, ce qui les place parmi les plus petits de tous les organismes connus. Ils présentaient également des marqueurs génétiques compatibles avec la symbiose, peut-être en tant que prédateurs ou parasites d’autres micro-organismes, ce qui suggérait qu’ils auraient des taux métaboliques élevés. En effet, lorsque l’absorption d’isotopes a été mesurée comme indicateur de l’activité métabolique, Omnitrophota était hyperactif.
« Malgré le peu que nous en savions collectivement sur Omnitrophota, ils ont longtemps été cités par les écologistes microbiens. Notre objectif était de sortir enfin cette lignée de l’obscurité », a déclaré Cale Seymour, récemment diplômé de la maîtrise UNLV et auteur principal de l’étude. « Plus nous en apprenons sur leurs voies de conservation de l’énergie et leurs modes de vie possibles, plus nous nous rapprochons de notre objectif de les cultiver en laboratoire et de les mettre en lumière. »
L’étude, « Les nanobactéries hyperactives avec des traits dépendants de l’hôte envahissent Omnitrophota« , paru le 16 mars dans le journal Microbiologie naturelle. Parmi les autres organisations collaboratrices figurent le Bigelow Laboratory for Ocean Sciences, l’Université du Nord de l’Alabama, le US Department of Energy Joint Genome Institute, le Desert Research Institute, la Northern Arizona University, l’Université Sun Yat-sen, l’Université des sciences et technologies de Chine et l’Université de Queensland.
Plus d’information:
Cale O. Seymour et al, Les nanobactéries hyperactives avec des traits dépendants de l’hôte imprègnent Omnitrophota, Microbiologie naturelle (2023). DOI : 10.1038/s41564-022-01319-1