Les scientifiques pensent que les chauves-souris ont transmis le SRAS-CoV-2 pour la première fois aux humains en décembre 2019, et bien que le virus ait depuis évolué en plusieurs variantes telles que delta et omicron, une nouvelle étude indique que le virus est toujours hautement transmissible entre mammifères. Des chercheurs du Rochester Institute of Technology (RIT) ont développé des simulations informatiques qui montrent que les coronavirus utilisent leurs protéines de pointe pour se fixer aux cellules hôtes chez les chauves-souris et les humains à peu près de la même manière.
Les conclusions ont été publiées dans un Science ouverte de la Société royale étude menée par le récent ancien élève du RIT Madhusudan Rajendran ’22 MS (bioinformatique) et le professeur agrégé Gregory Babbitt de la Thomas H. Gosnell School of Life Sciences. Ils ont étudié comment les protéines de pointe virales de plusieurs variantes du SRAS-CoV-2 interagissent avec les récepteurs de la cellule hôte connus sous le nom d’ACE2 chez l’homme et diverses chauves-souris du genre Rhinolophus. Babbitt a déclaré que les résultats étaient surprenants.
« Nous espérions voir une évolution adaptative vraiment cool se produire alors que le virus s’habituait davantage aux humains et moins aux chauves-souris, mais nous avons en fait constaté qu’il n’y avait pas beaucoup de changement », a déclaré Babbitt.
« Parce que ce site de liaison n’a pas beaucoup évolué, il n’y a vraiment pas grand-chose qui l’empêche de se transmettre des humains aux chauves-souris. Si vous regardez les relations phylogénétiques des chauves-souris avec les humains, nous sommes assez éloignés sur l’arbre des mammifères. Cela suggère donc qu’il y aurait une infectiosité inter-espèces assez répandue, et la littérature a montré qu’il y avait beaucoup de preuves de cela. »
Les scientifiques ont utilisé une méthode de simulation informatique appelée dynamique moléculaire pour placer les protéines dans une simulation solvatée, puis les regarder bouger. L’approche utilise le calcul haute performance sur des processeurs graphiques pour montrer ce que chaque atome fait au fil du temps. Babbitt a déclaré que cette approche permet aux scientifiques d’étudier des questions auxquelles il est impossible de répondre dans un laboratoire traditionnel.
« Il serait dangereux de faire des expériences où nous réinfectons des chauves-souris avec des souches virales humaines, donc nos simulations sur ordinateur offraient une alternative beaucoup plus sûre », a déclaré Babbitt.
Plus d’information:
Madhusudan Rajendran et al, Infectivité persistante du variant SARS-CoV-2 entre espèces prédite via une simulation de dynamique moléculaire comparative, Science ouverte de la Société royale (2022). DOI : 10.1098/rsos.220600