Une équipe de recherche a séquencé et analysé les génomes chloroplastiques complets de C. oleifera et C. meiocarpa, découvrant des différences significatives qui ont clarifié leur relation phylogénétique. Cette étude a développé 17 amorces d’ADN chloroplastique pour les distinguer, contribuant ainsi à des outils précieux pour évaluer la diversité génétique du Camellia à huile de thé.
Ces résultats présentent un potentiel important pour la recherche future et les applications pratiques dans l’évaluation des ressources en matériel génétique, l’analyse phylogénétique moléculaire et l’innovation et l’utilisation de l’huile de thé Camellia dans les pratiques agricoles et industrielles.
Le camélia à huile de thé, connu pour sa teneur élevée en huile et ses bienfaits pour la santé, est une plante ligneuse essentielle dont la valeur culturale est importante, notamment en Chine. Malgré son importance, les relations phylogénétiques entre les espèces de camélia à huile de thé, en particulier entre C. meiocarpa et C. oleifera, restent controversées en raison de génomes nucléaires complexes et d’hybridation interspécifique.
De plus, il n’existe aucune étude sur le génome chloroplastique de C. meiocarpa, et aucune analyse comparative n’a été réalisée entre C. oleifera et C. meiocarpa. Ces problèmes non résolus entravent l’efficacité de la sélection et de la production.
UN nouvelle étudepublié dans Plantes tropicales le 24 juillet 2024, vise à clarifier ces relations en analysant les génomes chloroplastiques de C. oleifera et C. meiocarpa et en développant des marqueurs moléculaires pour l’identification des variétés et l’utilisation des ressources.
La recherche a utilisé la génomique comparative pour analyser les génomes chloroplastiques de C. meiocarpa (CKX/XG) et de C. oleifera (HZP), en se concentrant sur les structures génomiques, les séquences répétitives, les variations de la région IR, la diversité des nucléotides et les relations phylogénétiques.
Les génomes des chloroplastes présentaient une structure tétramère circulaire typique avec de légères différences de taille entre les espèces. Les séquences répétitives et les répétitions de séquences simples (SSR) étaient distribuées de manière inégale, avec des schémas distincts observés entre les espèces. L’expansion et la contraction des régions IR ont révélé des adaptations génomiques, en particulier entre HZP et CKX/XG.
L’analyse de la diversité nucléotidique a mis en évidence que le gène ycf1 présentait le plus grand nombre de mutations et que les régions intergéniques présentaient une variation significative. L’analyse phylogénétique a confirmé que CKX et XG ne sont pas étroitement liés au HZP.
De plus, 56 paires d’amorces ont été conçues sur la base de sites polymorphes, avec 17 amorces validées avec succès pour l’évaluation des sites polymorphes, fournissant des outils essentiels pour l’identification et l’étude génétique des espèces de Camellia à huile de thé.
Selon le chercheur principal de l’étude, Daojun Zheng, « la présente étude a fourni des génomes de chloroplastes de haute qualité et des ressources de marqueurs moléculaires fiables pour les futures recherches sur l’huile de thé Camellia. »
Cette étude a principalement porté sur les génomes chloroplastiques de C. meiocarpa et C. oleifera, révélant des différences génétiques significatives qui soutiennent C. meiocarpa en tant qu’espèce indépendante. Le développement de 17 amorces améliore l’identification des espèces et l’évaluation des ressources, ce qui profite aux programmes de sélection et aux pratiques de production. Ces résultats fournissent des génomes chloroplastiques de haute qualité et des ressources de marqueurs moléculaires fiables pour les futures recherches sur le Camellia à huile de thé.
Plus d’informations :
Heng Liang et al, Analyse comparative du génome chloroplastique de Camellia oleifera et C. meiocarpa : relations phylogénétiques, variation de séquence et marqueurs polymorphes, Plantes tropicales (2024). DOI: 10.48130/tp-0024-0022