La fosse des Mariannes, l’endroit le plus profond de la planète, plonge à près de 11 000 mètres à son point le plus bas au fond de l’océan Pacifique. La vie persiste dans l’obscurité profonde et froide, et « partout où il y a de la vie, vous pouvez être sûr qu’il y a des régulateurs à l’œuvre », a déclaré le virologue marin Min Wang, Ph.D, à l’Université océanique de Chine, à Qingdao. « Des virus, dans ce cas. »
Dans Spectre de microbiologie, Wang et un groupe international de chercheurs rapportent la découverte d’un nouveau virus isolé à partir de sédiments remontés à une profondeur de 8 900 mètres. Le virus est un bactériophage, ou un virus qui infecte et se réplique à l’intérieur des bactéries, et on pense que les bactériophages sont les formes de vie les plus abondantes sur la planète. « À notre connaissance, il s’agit du phage isolé le plus profond connu dans l’océan mondial », a déclaré Wang.
Le phage nouvellement découvert infecte les bactéries du phylum Halomonas, que l’on trouve souvent dans les sédiments des mers profondes et dans les sources hydrothermales, des ouvertures en forme de geyser sur le fond marin qui libèrent des courants d’eau chauffée.
Wang a déclaré que l’analyse du matériel génétique viral par le groupe indique l’existence d’une famille virale jusqu’alors inconnue dans les profondeurs de l’océan, ainsi que de nouvelles informations sur la diversité, l’évolution et les caractéristiques génomiques des phages des grands fonds et des interactions phage-hôte.
Dans des travaux antérieurs, les chercheurs ont utilisé l’analyse métagénomique pour étudier les virus qui infectent les bactéries de l’ordre des Oceanospirallales, qui comprend Halomonas.
Pour la nouvelle étude, l’équipe de Wang a recherché des virus dans des souches bactériennes collectées et isolées par une équipe dirigée par le virologue marin Yu-Zhong Zhang, Ph.D, également à l’Université océanique de Chine, à Qingdao. Les recherches de Zhang explorent la vie microbienne dans des environnements extrêmes, notamment les régions polaires et la fosse des Mariannes.
L’analyse génomique du nouveau virus, identifié comme vB_HmeY_H4907, suggère qu’il est largement distribué dans l’océan et qu’il possède une structure similaire à celle de son hôte. Wang a déclaré que l’étude souligne de nouvelles questions et domaines de recherche axés sur les stratégies de survie des virus dans des environnements difficiles et isolés et sur la manière dont ils co-évoluent avec leurs hôtes.
Le nouveau virus est lysogène, ce qui signifie qu’il envahit et se réplique à l’intérieur de son hôte, mais généralement sans tuer la cellule bactérienne. À mesure que la cellule se divise, le matériel génétique viral est également copié et transmis.
Dans les études futures, a déclaré Wang, le groupe prévoit d’étudier la machinerie moléculaire qui pilote les interactions entre les virus des grands fonds et leurs hôtes. Ils recherchent également d’autres nouveaux virus dans des endroits extrêmes, « ce qui contribuerait à élargir notre compréhension de la virosphère », a déclaré Wang. « Les environnements extrêmes offrent des perspectives optimales pour découvrir de nouveaux virus. »
Plus d’information:
Spectre de microbiologie (2023), DOI : 10.1128/spectre.01912-23. journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.01912-23