Les enzymes sont des substances qui provoquent des réactions chimiques. Certains types d’enzymes, telles que les polykétides synthases et les peptides synthétases non ribosomiques, ont la capacité de mélanger leurs parties, ce qui leur permet de produire de nouveaux produits chimiques. Si les scientifiques peuvent comprendre comment ces enzymes mélangent leurs parties, ils peuvent comprendre comment les utiliser pour synthétiser des millions de molécules, telles que les produits pharmaceutiques et les biocarburants. Cependant, l’ingénierie de ces enzymes est difficile car les scientifiques ne comprennent pas entièrement leur fonctionnement.
Dans une nouvelle étude publiée dans Recherche sur les acides nucléiquesles chercheurs décrivent les améliorations qu’ils ont apportées à un outil en ligne, ClusterCADqui aide les scientifiques à concevoir et à tester des variantes d’enzymes.
L’ingénierie de ces enzymes clés pour produire des produits chimiques est devenue un axe majeur de la biologie synthétique. ClusterCAD est le seul outil disponible qui aide les chercheurs à concevoir ces enzymes pour des applications de biologie synthétique. Parmi les modifications que les chercheurs ont apportées à l’outil figurent une base de données étendue, des outils de recherche puissants et de nouvelles fonctionnalités utiles dans l’interface. Ces mises à jour élargiront les types de produits chimiques auxquels les scientifiques peuvent accéder avec les enzymes conçues par ClusterCAD.
ClusterCAD est une plateforme en ligne gratuite qui simplifie le processus de conception et de test de variantes d’enzymes d’ingénierie pour les applications de biologie synthétique. L’outil permet aux utilisateurs de parcourir les grappes de gènes de la polykétide synthase (PKS) et de la nonribosomal peptide synthetase (NRPS), qui sont des groupes de gènes qui codent pour des voies pouvant produire des produits chimiques.
Avec cette mise à jour, les utilisateurs peuvent désormais concevoir des clusters NRPS au sein de la plateforme. Les chercheurs ont également élargi la base de données des clusters de la plateforme pour la rendre plus complète et informative. D’autres mises à jour offrent aux utilisateurs davantage de clusters de haute qualité disponibles pour l’étude, des points de départ élargis pour l’ingénierie PKS et NRPS, et une polyvalence de base de données et des outils de recherche améliorés. Ces mises à jour permettent aux utilisateurs d’explorer davantage de produits chimiques pouvant être produits grâce à l’ingénierie PKS et NRPS.
Plus d’information:
Xavier B Tao et al, ClusterCAD 2.0 : une plate-forme de calcul mise à jour pour la conception de polykétide synthase chimère de type I et de peptide synthétase non ribosomique, Recherche sur les acides nucléiques (2022). DOI : 10.1093/nar/gkac1075