Une équipe internationale dirigée par des scientifiques du Musée Koenig de Bonn (Institut Leibniz pour l’analyse des changements de la biodiversité) a pour la première fois testé avec succès un ensemble universel de gènes pour la caractérisation systématique de différentes espèces animales. Leurs travaux sont publiés dans Méthodes en écologie et évolution.
De nombreuses méthodes utilisées à ce jour pour l’enregistrement moléculaire de la biodiversité sont encore souvent défectueuses car elles n’utilisent qu’un seul marqueur génétique, qui souvent ne reflète pas correctement les espèces et les modèles génétiques au niveau génomique.
D’autres analyses basées sur des données génomiques ne sont pas adaptées à des recherches approfondies sur la biodiversité car elles ne sont pas assez universelles et souvent peu pérennes car elles reposent sur des données non combinables avec les résultats d’autres études.
Le jeu de gènes testé, plus précisément appelé « orthologues universels à copie unique de niveau métazoaire » (USCO métazoaires), comprend plusieurs centaines de gènes nucléaires et peut être utilisé pour tous les animaux multicellulaires. La méthode éclipse clairement le code-barres ADN, qui est l’approche actuellement classiquement utilisée pour l’identification des espèces et largement utilisée dans la surveillance écologique.
Jusqu’à présent, les USCO ont été utilisés pour vérifier l’exhaustivité et la qualité du séquençage du génome. Le groupe de travail dirigé par Dirk Ahrens, chercheur sur les coléoptères et conservateur de collection au Musée Koenig, a maintenant utilisé avec succès cette méthode pour la première fois pour séparer des espèces cryptiques impossibles à distinguer avec les codes-barres ADN conventionnels.
La méthode a été testée sur des araignées, des mille-pattes, des grenouilles, des coléoptères, des mouches, de petites guêpes parasites et des papillons. Ces nouveaux marqueurs USCO peuvent être obtenus à la fois par séquençage ciblé et par extraction à partir de données génomiques déjà publiées et disponibles dans des bases de données. Cela rend la nouvelle approche durable et réussie.
Bien qu’actuellement plus coûteux que les codes-barres génétiques conventionnels, les auteurs proposent les USCO métazoaires principalement comme méthode supplémentaire de choix pour les cas les plus compliqués. Il y en a pas mal, d’autant plus que la science n’est toujours pas près de s’entendre sur le nombre d’espèces qui peuplent actuellement la Terre ; les estimations varient entre 2 millions et 2 milliards d’espèces.
Plus d’information:
Lars Dietz et al, Les marqueurs nucléaires standardisés améliorent et homogénéisent la délimitation des espèces chez Metazoa, Méthodes en écologie et évolution (2022). DOI : 10.1111/2041-210X.14041