Travailler à contre-courant de la systématique fongique

Les développements dans la systématique actuelle des champignons sont largement orientés vers la division des espèces existantes en espèces plus petites et étroitement définies. Mais comme l’ont démontré des scientifiques de la Faculté des sciences de l’Université Charles de Prague et de l’Institut de microbiologie de l’Académie des sciences de la République tchèque sur le modèle du genre Aspergillus, une telle division n’est souvent pas justifiée et ne fait que compliquer ou rendre le bon identification des espèces impossible.

Les découvertes des scientifiques montrent que la catégorie d’espèces pour les champignons est nettement plus large que prévu et, par conséquent, leur nombre dans les groupes étudiés a été considérablement réduit. Étant donné qu’un certain nombre de propriétés souhaitables et indésirables des organismes ont tendance à être liées au niveau de l’espèce, ces résultats ont des implications pour la pratique, où ces espèces sont connues comme producteurs de mycotoxines, d’enzymes, de substances bioactives et d’acides organiques, ou comme cause de maladies humaines. et les infections animales et les champignons de détérioration des aliments.

Les résultats ont été publiés dans une série de trois articles en Etudes en mycologie.

Des espèces comme Aspergillus niger et A. versicolor sont relativement bien connues. Ils sont importants dans l’industrie biotechnologique en tant que producteurs d’enzymes et d’acides organiques (par exemple citrique) ou sont utilisés dans les fermentations d’aliments et de boissons, en particulier en Asie. En même temps, cependant, ils gâtent souvent les aliments, produisent des mycotoxines indésirables (par exemple l’ochratoxine, les fumonisines ou la stérigmatocystine), détériorent la qualité de l’air dans les bâtiments et provoquent de graves infections chez les humains et les animaux.

L’identification des espèces de champignons et d’autres organismes est importante car un certain nombre de propriétés spécifiques y sont souvent associées, telles que la production de mycotoxines ou la pathogénicité susmentionnées. La taxonomie actuelle des champignons, basée en grande partie sur des données de génétique moléculaire, s’oriente principalement vers la division des espèces existantes en espèces plus petites.

La conséquence est l’introduction de nouveaux noms pour les espèces dites cryptiques (indiscernables les unes des autres par l’apparition de colonies, de caractéristiques microscopiques et autres), ce qui complique voire rend impossible leur identification précise en mycologie clinique, en science alimentaire et dans d’autres domaines. .

« La raison du nombre excessif d’espèces décrites en mycologie est en partie l’ignorance des caractéristiques de l’espèce en tant que telle dans toute son étendue, qu’il s’agisse de variabilité des caractères morphologiques, physiologiques ou génétiques. Cela est dû au fait que de nouvelles espèces sont souvent décrites sur la base d’un petit nombre de souches obtenues à partir d’un ou plusieurs substrats et localités. L’examen d’un petit nombre d’individus variables au sein d’une espèce peut alors facilement être interprété comme la découverte d’une espèce non décrite. Une autre raison est la la direction généralement dominante de la pensée des taxonomistes vers la description de nouvelles espèces, plutôt que la direction opposée. Cela donne aux scientifiques une meilleure opportunité de publier leurs résultats car décrire de nouvelles espèces est plus attrayant que de les fusionner. De plus, il est généralement plus facile de créer un description des espèces basée sur un plus petit nombre de souches intéressantes que de collecter un grand ensemble de données révélant l’e l’entière variabilité d’une espèce », déclare Vít Hubka de la Faculté des sciences de l’Université Charles.

« Pour notre étude, nous avons choisi comme modèle un représentant omniprésent d’Aspergillus, par exemple A. niger, A. versicolor ou A. candidus, et avons collecté des centaines d’échantillons provenant de différents continents et substrats. Grâce au fait que nous avons appliqué une large une gamme de méthodes, y compris les méthodes phylogénétiques modernes basées sur les données d’un grand nombre de gènes, ou génomes, nous avons pu évaluer la véritable diversité au sein d’une espèce, ce qui a conduit à la découverte que les espèces sont beaucoup plus variables qu’on ne le pensait, à plusieurs niveaux : apparence des colonies, caractères microscopiques, variabilité génétique, production de mycotoxines, etc. », explique František Sklenář, membre de l’équipe.

« Le résultat des études a été une réduction significative du nombre d’espèces dans les complexes d’espèces du genre Aspergillus faisant l’objet de recherches intensives, ce qui simplifiera considérablement leur identification compliquée dans la sphère appliquée et le diagnostic en mycologie clinique. Une nouvelle vision de l’étendue de les limites des espèces dans les champignons microscopiques permettront à l’intérêt scientifique de se concentrer sur des questions plus importantes, plutôt que sur l’effort incessant pour distinguer ou décrire des «espèces cryptiques définies de manière irréaliste» à l’aide de différentes méthodes. nous nous attendons à des conclusions comparables également pour d’autres groupes de champignons lorsque des approches méthodologiques similaires seront appliquées », conclut Miroslav Kolařík, chef du laboratoire de génétique et métabolisme fongique de l’Institut de microbiologie de l’Académie des sciences de la République tchèque.