Les détails d’une importante ressource en ligne mise à jour pour aider les chercheurs biomédicaux à utiliser les meilleurs réactifs à petites molécules pour leurs expériences ont été publiés.
Le portail des sondes chimiques fournit des avis d’experts sur les sondes chimiques, généralement des inhibiteurs de protéines, offrant aux chercheurs des conseils d’experts gratuits sur les composés outils à choisir pour leurs expériences et sur la meilleure façon de les utiliser.
Et maintenant un nouvel article, publié dans Recherche sur les acides nucléiquesinforme la communauté scientifique sur le développement d’une version grandement améliorée du portail, tout en donnant aux chercheurs une référence à citer lorsqu’ils l’ont utilisé.
Une énigme biomédicale
La sélection et l’utilisation médiocres des réactifs chimiques, le plus souvent des inhibiteurs de protéines, ont été mis en lumière en 2015 par un grand groupe d’experts en sondes chimiques comme une énigme majeure et répandue dans la recherche biomédicale.
Les problèmes courants, qui persistent encore aujourd’hui, incluent l’utilisation de composés défectueux qui ne sont pas sélectifs pour la protéine d’intérêt – et peuvent même être très promiscuité, conduisant à des conclusions de recherche erronées.
L’une des solutions était le portail des sondes chimiques, avec des experts en biologie chimique et en découverte de médicaments créant cette ressource Web en ligne dans le but d’améliorer la qualité et la robustesse de la recherche biomédicale, y compris la découverte de médicaments.
Un portail enrichi
Bien que le document précédent ait annoncé le lancement initial du portail, qui à l’époque était sous une forme embryonnaire, la nouvelle publication fournit une référence spécifique pour le contenu beaucoup plus complet du portail grandement amélioré.
La communauté des chercheurs peut désormais consulter et citer le nouveau document, qui décrit également les systèmes et processus frontaux et principaux améliorés qui prennent en charge le site et offrent de meilleures performances et une meilleure expérience utilisateur.
Les sondes chimiques de haute qualité sont de petites molécules – comprenant non seulement des inhibiteurs de protéines, mais aussi maintenant des dégradeurs et d’autres modulateurs de protéines – qui peuvent être utilisées en toute confiance pour poser des questions sur les fonctions que certaines protéines remplissent dans les cellules vivantes.
Les sondes nous permettent de comprendre les processus biologiques fondamentaux et également d’élucider les mécanismes de la maladie et de développer des traitements potentiels.
Nouvelles sondes
La dernière version du portail des sondes chimiques, basé à l’Institut de recherche sur le cancer, fournit des informations détaillées et des avis d’experts sur plus de 500 composés de sondes chimiques pour aider les chercheurs à étudier plus de 400 cibles protéiques humaines, qui sont impliquées dans un large éventail de processus biologiques. voies et maladies, y compris les cancers, le diabète, l’arthrite et la neurodégénérescence.
Le nouvel article décrit les dernières fonctionnalités du portail, y compris de nombreux nouveaux composés, ainsi que des directives utiles pour aider les scientifiques à choisir les bons inhibiteurs pour leur protéine et à les utiliser de manière appropriée.
Même une sonde chimique de haute qualité n’est utile que lorsqu’elle est utilisée de la bonne manière, en particulier à la bonne concentration et idéalement utilisée avec des composés de contrôle appropriés.
Les scientifiques sont également encouragés à utiliser le processus de portail amélioré pour soumettre de nouveaux composés à l’examen du grand comité d’experts scientifiques (SERP) du portail, ainsi qu’à suggérer des protéines d’intérêt qui pourraient être couvertes.
Une autre nouveauté est la possibilité de télécharger la base de données du portail ou une sélection filtrée de sondes. Tout cela est soutenu par une nouvelle infrastructure, y compris une nouvelle base de données, qui permettra au portail de croître de façon exponentielle à mesure que de nouveaux composés seront découverts et incorporés.
Avis d’experts
Les 200 membres du SERP sont des experts en biologie chimique, en pharmacologie et en chimie médicinale qui se portent volontaires pour examiner et évaluer chaque composé, et également fournir des commentaires et des recommandations sur son application pour interroger les cibles protéiques.
De nouveaux composés sont continuellement ajoutés, et ce nombre augmentera à mesure que des composés supplémentaires de haute qualité continueront d’être développés.
Le portail Chemical Probes travaille en étroite collaboration avec le Structural Genomics Consortium et Target 2035, un mouvement mondial de science ouverte créé pour stimuler le développement d’outils chimiques et biologiques pour étudier les protéines humaines, visant à développer un outil pour chaque protéine humaine d’ici 2035. .
Choisir la bonne sonde
Les chercheurs du monde entier utilisent encore des composés mal caractérisés, même lorsque de nouveaux composés plus performants sont disponibles. L’utilisation de la mauvaise molécule, par exemple un large inhibiteur de kinase comme la staurosporine plutôt qu’un inhibiteur sélectif de la protéine d’intérêt, rend impossible la compréhension de ce qui se passe dans la cellule, car plusieurs cibles sont affectées en même temps. Commencer par une hypothèse erronée sur la sélectivité des sondes mettra en péril toutes les recherches futures.
Le Dr Susanne Müller-Knapp, directrice des opérations du portail et directrice de l’exploitation du Consortium de génomique structurale de Francfort, a déclaré : « Les 200 experts qui composent notre comité d’examen d’experts scientifiques font du portail une ressource d’experts tout à fait unique. Leurs commentaires fournir des informations essentielles sur la façon d’utiliser un composé particulier, les problèmes à connaître ou les données supplémentaires nécessaires avant que la sonde puisse être utilisée en toute confiance dans une expérience particulière.
« Cette expertise et ces conseils sont offerts gratuitement via notre plateforme à tous les biologistes qui cherchent à utiliser un inhibiteur ou un composé outil pour interroger la fonction d’une protéine. »
Le professeur Paul Workman, professeur Harrap de pharmacologie et de thérapeutique à l’ICR et directeur exécutif du portail des sondes chimiques, a ajouté : « Les sondes chimiques sont des outils puissants pour comprendre les fonctions des protéines et la façon de traiter les maladies, mais utilisées de manière inappropriée dans des expériences, elles peuvent mener à des conclusions trompeuses ou totalement fausses.
« Le portail des sondes chimiques est une ressource gratuite pour la communauté de la recherche biomédicale pour fournir des conseils d’experts sur les meilleurs outils disponibles à utiliser dans les expériences – ceux qui répondent à des critères tels qu’un degré élevé de sélectivité pour la protéine souhaitée, la preuve de la modulation de cette protéine. fonction dans les cellules vivantes et absence de toxicité hors cible.
« Les nouveaux développements sur le portail vont maintenant améliorer encore la sélection et l’utilisation des meilleurs outils disponibles pour la recherche expérimentale et ainsi augmenter la qualité et la robustesse de la recherche biomédicale et de la découverte de médicaments.
Plus d’information:
Albert A Antolin et al, Le portail des sondes chimiques : une ressource publique basée sur l’examen d’experts pour permettre l’évaluation, la sélection et l’utilisation des sondes chimiques, Recherche sur les acides nucléiques (2022). DOI : 10.1093/nar/gkac909