Seuls 10 marsouins vaquita survivent, mais les espèces ne sont peut-être pas condamnées

Le marsouin vaquita, le plus petit mammifère marin du monde, est au bord de l’extinction, avec 10 ou moins vivant encore dans le golfe de Californie au Mexique, leur seul habitat. Mais une analyse génétique effectuée par une équipe de biologistes et de collègues de l’UCLA a révélé que l’espèce en danger critique d’extinction reste relativement saine et peut potentiellement survivre, si la pêche illégale au « filet maillant » cesse rapidement.

« Il est intéressant de noter que nous avons découvert que le vaquita n’est pas condamné par des facteurs génétiques, comme des mutations nocives, qui ont tendance à affecter de nombreuses autres espèces dont le pool génétique a diminué à un point similaire », a déclaré Christopher Kyriazis, doctorant à l’UCLA en écologie et biologie évolutive et co-auteur principal de la recherche. « La pêche illégale reste leur plus grande menace. »

Les petits marsouins, qui mesurent de 4 à 5 pieds de long, s’emmêlent souvent et meurent dans les filets maillants à larges mailles utilisés par les braconniers chassant le totoaba, un poisson en voie de disparition très apprécié dans certains pays pour ses propriétés médicinales perçues. Alors que le Mexique a interdit la pêche au totoaba et rendu illégale l’utilisation de ces filets dans l’habitat des vaquitas, beaucoup disent que les interdictions ne sont pas toujours appliquées.

Les chercheurs ont analysé les génomes de 20 vaquitas qui ont vécu entre 1985 et 2017 et ont effectué des simulations informatiques pour prédire le risque d’extinction de l’espèce au cours des 50 prochaines années. Ils ont conclu que si la pêche au filet maillant cesse immédiatement, le vaquita a de très grandes chances de se rétablir, même en cas de consanguinité. Si toutefois la pratique se poursuit, même modérément, les perspectives de reprise sont moins optimistes.

La recherche est publiée le 6 mai dans la revue Science.

« Par rapport à d’autres espèces, le vaquita a plus de chances de rebondir après un effondrement extrême de la population sans subir de graves conséquences génétiques dues à la consanguinité », a déclaré la co-auteure principale Jacqueline Robinson, chercheuse postdoctorale à l’UC San Francisco qui a obtenu son doctorat en biologie à UCLA. « La diversité génétique des vaquitas n’est pas si faible qu’elle constitue une menace pour leur santé et leur persistance. Elle reflète simplement leur rareté naturelle. »

La diversité génétique est une mesure des différences qui existent à travers le génome entre les individus d’une population. Les grandes populations ont tendance à avoir de nombreuses différences, tandis que celles naturellement plus petites ou décimées en ont moins, ce qui donne des individus génétiquement plus similaires. Cette similitude peut souvent entraîner une plus grande incidence de mutations nocives qui mettent en danger la population, car les individus sont plus susceptibles d’hériter du même gène muet des deux parents, a déclaré l’auteur principal Kirk Lohmueller, professeur agrégé d’écologie et de biologie évolutive à l’UCLA et de génétique humaine.

« Une opinion dominante dans la biologie de la conservation et la génétique des populations est que les petites populations peuvent accumuler des mutations délétères », a déclaré Lohmueller. « Cependant, notre découverte selon laquelle le vaquita a probablement moins de mutations fortement délétères cachées dans la population signifie qu’il est mieux placé pour survivre à une future consanguinité, ce qui augure bien pour son rétablissement global. »

Alors, qu’est-ce qui protège les vaquitas des périls génétiques de la consanguinité ? Cela tient en grande partie au fait qu’ils ont toujours été une petite population dans un très petit habitat à l’extrémité nord du golfe, ont déclaré les chercheurs. Bien que leur nombre historique soit inconnu, la première enquête complète en 1997 a dénombré environ 570 marsouins – un nombre qui a diminué régulièrement au cours des 25 dernières années mais qui n’était pas important au départ.

« Ils sont essentiellement l’équivalent marin d’une espèce insulaire », a déclaré Robinson, qui a noté que l’espèce a survécu pendant des dizaines de milliers d’années avec une faible diversité génétique. « L’abondance naturellement faible des vaquitas leur a permis de purger progressivement les variantes de gènes récessifs hautement délétères qui pourraient affecter négativement leur santé en cas de consanguinité. »

En fait, a déclaré Robinson, sur les 12 espèces de mammifères marins – y compris les vaquitas – analysées génétiquement par les chercheurs, les vaquitas présentaient le plus petit nombre de mutations potentiellement nocives.

Alors que l’interaction entre la petite taille de la population, la consanguinité et les variations génétiques nuisibles est complexe, l’approche utilisée par l’équipe dans cette étude peut aider à faire la lumière sur ces dynamiques.

« Avec les ensembles de données génomiques, nous avons maintenant la capacité de faire face à cette complexité », a déclaré Robinson. « Les espèces peuvent varier dans leurs niveaux de variation génétique nuisible, et elles ne seront pas toutes affectées exactement de la même manière par la réduction de la taille de la population ou la consanguinité. Il existe maintenant de nombreux exemples d’espèces qui se remettent d’un déclin extrême. »

« Nous espérons que notre analyse sera utile non seulement pour démontrer le potentiel de rétablissement du vaquita », a déclaré Kyriazis, « mais également pour mettre en évidence une nouvelle approche de simulation basée sur la génomique pour les espèces en voie de disparition ».

Fait encourageant, les vaquitas survivants dans le nord du golfe de Californie se reproduisent activement et semblent en bonne santé. Mais les filets maillants des braconniers continuent de représenter une menace existentielle pour l’espèce, et à moins que de nouvelles mesures ne soient prises pour protéger les marsouins, il existe une réelle possibilité qu’ils disparaissent. La perte serait une grande tragédie, a déclaré l’auteur principal de l’étude, Robert Wayne de l’UCLA.

« Le vaquita est symbolique de la diversité unique trouvée dans le golfe de Californie, qui a été décrite par John Steinbeck dans son merveilleux livre de 1951 » The Log From the Sea of ​​Cortez «  », a déclaré Wayne, éminent professeur d’écologie et de biologie évolutive et professeur à l’Institut médical Howard Hughes. « Il représente une lignée évolutive unique – il n’y a aucune espèce similaire dans le monde – et sa perte priverait l’écosystème d’un prédateur important adapté à cet écosystème unique. »

Les co-auteurs comprenaient Phillip Morin du Southwest Fisheries Science Center de la NOAA ; les chercheurs vaquita Barbara Taylor de la NOAA et Lorenzo Rojas-Bracho; Sergio Nigenda Morales de l’Unité de génomique avancée à Irapuato, Guanajuato, qui fait partie du Laboratoire national de génomique pour la biodiversité du Mexique ; et Annabel Beichman de l’Université de Washington. Morales et Beichman ont obtenu leur doctorat à l’UCLA en étudiant avec Wayne et Lohmueller.