Une étude récente sur les ours bruns d’Alaska (Ursus arctos) révèle qu’il existe une variation significative du microbiome intestinal des populations d’ours, selon l’endroit où vivent les ours. La découverte fait progresser notre compréhension de la relation entre l’habitat faunique, le régime alimentaire et la diversité du microbiome intestinal.
« Le microbiome intestinal est l’écosystème de la vie microbienne qui peuple le système digestif d’un animal – et ce microbiome joue un rôle majeur dans le bien-être d’un animal », explique Erin McKenney, co-auteur d’un article sur les travaux et professeur adjoint de écologie appliquée à la North Carolina State University. « Tout ce que nous apprenons sur ces microbiomes nous aide à prendre des décisions plus éclairées pour soutenir la santé des espèces sauvages. »
« La nature sauvage de l’Alaska, habitat important pour les ours bruns, est en train de changer », déclare Grant Hilderbrand, co-auteur de l’étude et directeur régional associé des ressources pour le National Park Service en Alaska. « Le microbiome intestinal sert de nouvel outil de diagnostic pour comprendre la santé des populations d’animaux sauvages. Il peut également nous aider à prédire comment la santé animale changera à mesure que l’environnement change. L’étude que nous avons menée ici jette les bases pour faire progresser notre compréhension de l’intestin. microbiomes chez les ours bruns emblématiques de l’Alaska. »
Les chercheurs ont lancé le projet dans le but de caractériser à quoi ressemble le microbiome intestinal des ours bruns d’Alaska.
« Les ours sont particulièrement intéressants dans ce contexte, car ce sont des omnivores », explique Diana Lafferty, co-auteur de l’article et professeure adjointe de biologie à la Northern Michigan University. « Les ours fonctionnent comme des prédateurs et des charognards, et ils ont un système intestinal relativement simple, ce qui signifie que leur microbiome peut jouer un rôle particulièrement important en les aidant à extraire les nutriments de leur alimentation. Avec ce projet, nous voulions établir une base de ce que ‘ ressemblent à des microbiomes sains pour ces animaux, qui sont relativement peu perturbés. »
Les chercheurs ont également bénéficié de l’appui sur d’autres efforts de recherche qui étaient déjà en cours. Le National Park Service était déjà engagé dans des projets de recherche impliquant le suivi et l’observation d’ours bruns sauvages dans trois parcs nationaux et réserves : Katmai ; Lac Clark; et Portes de l’Arctique.
« En collaborant avec des projets en cours, nous avons pu collecter toutes les données et tous les échantillons sans frais supplémentaires », déclare Hilderbrand.
Pour cette étude, les chercheurs ont analysé 66 échantillons fécaux de 51 ours bruns qui avaient été échantillonnés lors d’opérations de recherche précédentes. Étant donné que ces échantillons ont été recueillis dans le cadre d’initiatives de recherche en cours, les chercheurs disposaient également de données sur l’âge, le sexe, la taille et la condition physique de chaque ours.
Les chercheurs ont extrait l’ADN microbien des échantillons fécaux et ont évalué ces résultats pour déterminer quels types de microbes se trouvaient dans chaque échantillon.
« Nous avons trouvé des différences significatives dans la diversité des microbiomes des ours dans chacun des trois parcs », explique Sarah Trujillo, auteure correspondante de l’article qui a travaillé sur l’étude alors qu’elle était étudiante diplômée à la NMU. « Katmai avait la plus grande diversité et avait également la gamme la plus diversifiée de sources de nourriture disponibles. Gates of the Arctic, qui avait la gamme la plus limitée de ressources alimentaires, avait également des ours avec les microbiomes intestinaux les moins diversifiés. En d’autres termes, nous avons trouvé ce à quoi nous nous attendions : plus le régime alimentaire est diversifié, plus le microbiome intestinal est diversifié.
« Cependant, bien que nous ayons trouvé des distinctions claires dans la diversité du microbiome dans chaque parc, ces différences ne pouvaient pas être entièrement expliquées par le régime alimentaire seul. Il semble y avoir autre chose en jeu que nous ne comprenons pas encore complètement. C’est un domaine de recherche future. «
L’article, « Intrinsic and Extrinsic Factors Influence on an Omnivore’s Gut Microbiome », est publié dans la revue PLOS ONE.
Influence des facteurs intrinsèques et extrinsèques sur le microbiome intestinal d’un omnivore, PLoS ONE (2022). DOI : 10.1371/journal.pone.0266698