Un plan ambitieux visant à séquencer les génomes de toutes les espèces connues d’euglénoïdes au cours de la prochaine décennie a été lancé aujourd’hui. Le réseau de scientifiques à l’origine de l’initiative pense qu’elle a le potentiel de conduire à des percées allant des nouveaux biocarburants et des aliments durables aux médicaments anticancéreux.
Le réseau international Euglena (EIN), fondé en 2020, est un consortium mondial de centaines de scientifiques du monde entier dont l’objectif collectif est de soutenir la science euglénoïde par le biais d’omiques collaboratives et intégratives entre les universitaires et l’industrie. Le professeur Rob Field, directeur du Manchester Institute of Biotechnology, siège au comité directeur de l’EIN et lui et son laboratoire feront partie du réseau interdisciplinaire de scientifiques travaillant à comprendre et à découvrir les capacités des 800 espèces fortes et souches d’Euglena.
L’EIN a publié aujourd’hui une prise de position dans Biologie Ouvertexposant les arguments en faveur d’un effort concerté pour générer des génomes de référence de haute qualité pour les quelque 1 000 espèces connues d’euglénoïdes.
Les euglénoïdes font partie du groupe des protistes, qui abritent des organismes eucaryotes qui ne rentrent pas dans les groupes d’animaux, de plantes ou de champignons. Ces divers organismes unicellulaires se trouvent dans une gamme exceptionnellement large d’écosystèmes à travers le monde.
Plusieurs espèces d’euglénoïdes ont des applications translationnelles, très prometteuses dans la production de biocarburants, de nutraceutiques, de bioremédiation, de traitements contre le cancer et même en tant que simulateurs de conception robotique. Leur énorme potentiel a été largement inexploité en raison d’un manque de génomes de référence de haute qualité.
Les génomes euglénoïdes présentent un défi de séquençage particulier car ils sont un exemple d’endosymbiose secondaire – abritant des mitochondries, des chloroplastes et des restes de matériel génétique d’organismes qu’ils ont enveloppés pour acquérir ces organites.
En conséquence, moins de 20 espèces ont été explorées à tous les niveaux pour le potentiel de traduction grâce à la génomique. L’EIN estime que le moment est venu de régler ce problème.
En générant des génomes de référence de haute qualité pour les espèces connues d’euglénoïdes, l’EIN travaillera à :
Les données collectées par l’EIN seront librement accessibles à la communauté scientifique via l’European Nucleotide Archive (ENA). Une fois dans l’ENA, les génomes annotés peuvent être importés dans des ressources telles que Ensembl Protists et présentés de manière uniforme et JUSTE aux communautés de recherche.
L’intérêt du professeur Field pour ce domaine remonte à 2015, lorsque lui et son laboratoire ont été les premiers à décrire les capacités inattendues d’Euglena gracilis, notamment en l’utilisant pour créer une gamme de sucres et d’autres produits naturels. Ils ont depuis décrit de nouveaux agents antifongiques peptidiques cycliques produits par Euglena qui pourraient s’avérer utiles pour l’industrie pharmaceutique. Avec le reste du réseau, ils espèrent travailler ensemble pour mieux comprendre les plus de 800 espèces d’Euglena et exploiter leur potentiel.
Le Dr ThankGod Echezona Ebenezer, présidente fondatrice de l’EIN et bioinformaticienne à l’Institut européen de bioinformatique (EMBL-EBI), au Royaume-Uni, a déclaré : « Le réseau international Euglena jouera un rôle crucial en aidant à rassembler des spécialistes des euglénoïdes afin d’accroître notre compréhension de la biologie des euglénoïdes et ses applications translationnelles. Cela pourrait être utile pour approfondir notre compréhension de l’évolution du parasitisme, des jeux sociaux, du développement des carburéacteurs ou du soutien à l’exploration spatiale humaine.
Plus d’information:
ThankGod Echezona Ebenezer et al, Euglena International Network (EIN): Driving euglenoid biotechnologie for the Benefit of a challenged world, Biologie Ouvert (2022). DOI : 10.1242/bio.059561