Les schémas de sélection impliquent généralement d’abord le choix des parents, puis la sélection de la progéniture au sein des croisements. La prédiction génomique est adaptée à la fois pour prédire la moyenne croisée et pour classer les génotypes au sein d’un croisement. Ces étapes correspondent aux composantes de la capacité prédictive de la prédiction génomique. La moyenne croisée est la somme des valeurs d’élevage des parents si les effets alléliques ne sont qu’additifs, mais en pratique, une certaine déviation peut résulter de la dominance ou de l’épistasie. À ce jour, seules quelques études ont étudié la capacité prédictive de la moyenne croisée dans les cultures hétérozygotes, et aucune n’a étudié les paramètres qui l’influencent.
Très peu d’auteurs ont évalué l’utilité potentielle de la prédiction génomique chez la vigne (Vitis vinifera subsp. vinifera). Avant que la sélection génomique puisse être utilisée dans la vigne, la capacité prédictive doit être évaluée à travers les populations. En particulier, la capacité prédictive peut être évaluée à l’aide d’un panel de diversité et d’une progéniture biparentale comme ensembles d’entraînement et de validation, respectivement. Il s’agit d’une configuration difficile, compte tenu de la faible parenté génétique, mais cette configuration est beaucoup plus susceptible de se produire dans les schémas de sélection réels que la prédiction génomique au sein de la même population. Comme pour le raisin, les études portant sur la prédiction génomique à travers la population font également défaut pour la plupart des cultures propagées par clonage.
Récemment, des scientifiques de l’IFV-INRAE-Institut Agro ont testé la prédiction génomique interpopulation dans une configuration d’élevage plus réaliste. Ils ont évalué la qualité de la prédiction sur 15 traits d’intérêt (liés au rendement, à la composition des baies, à la phénologie et à la vigueur) à la fois pour la valeur génétique moyenne de chaque croisement (moyenne croisée) et les valeurs génétiques des individus au sein de chaque croisement (valeurs individuelles). La prédiction génomique dans ces conditions s’est avérée utile : pour la moyenne croisée, la capacité prédictive moyenne par trait était de 0,6. La capacité prédictive par croisement a été réduite de moitié en moyenne, mais a atteint un maximum de 0,7. La capacité prédictive moyenne pour les valeurs individuelles au sein des croisements était de 0,26, soit environ la moitié de la valeur intra-dialléle prise comme référence. Pour certains traits et croisements, ces valeurs de capacité prédictive à travers la population sont prometteuses pour la mise en œuvre de la sélection génomique dans la sélection de la vigne.
« Nous avons mis en œuvre la prédiction génomique chez la vigne dans un contexte de sélection, c’est-à-dire à travers les populations, sur 15 caractères, dans dix croisements apparentés, et avons obtenu des valeurs de PA modérées à élevées pour certains croisements et caractères, montrant ainsi l’utilité de la prédiction génomique chez la vigne. Jamais auparavant la génomique n’avait prédiction a été mise en œuvre pour tant de traits et de croisements simultanément dans cette espèce », a déclaré le Dr Agnès Doligez. Ces résultats aideront grandement à concevoir des programmes de sélection de la vigne assistés par prédiction génomique.
La recherche a été publiée dans Recherche horticole.
Charlotte Brault et al, La prédiction génomique inter-populations de la vigne ouvre des perspectives prometteuses pour la sélection, Recherche horticole (2022). DOI : 10.1093/h/uhac041
Fourni par l’Université agricole de Nanjing L’Académie des sciences