Les infections virales historiques peuvent être retrouvées dans les génomes des vertébrés. Pendant des millions d’années, ces génomes ont été des dépôts pour les rétrovirus qui ont incorporé leur code dans les cellules germinales et ont été hérités en tant que rétrovirus endogènes (ERV). Des chercheurs de l’Université d’Uppsala fournissent maintenant de nouvelles découvertes sur l’établissement rétroviral dans le génome du koala. Les résultats sont publiés dans la revue PNAS.
Les chercheurs ont examiné le génome du koala et ont trouvé de nouvelles lignées ERV, en plus du rétrovirus du koala (KoRV) précédemment connu. KoRV a été associé à des maladies chez les koalas, telles que le cancer, et est en train de s’établir comme VRE dans la population. Cela a contribué à faire du koala un modèle potentiel pour l’établissement de rétrovirus en temps réel et leurs effets sur la santé, un potentiel désormais renforcé par le schéma de distribution inattendu de nouvelles lignées ERV.
« En examinant les génomes de koala disponibles, nous avons identifié de nouvelles lignées ERV. L’une d’entre elles est liée au rétrovirus du singe écureuil, que l’on trouve normalement en Amérique du Sud / centrale. De nombreux ERV de ce type ne se trouvent que chez quelques individus koala, ce qui indique qu’ils sont relativement nouveaux. Cela peut même indiquer un établissement en cours dans la population », explique Mette Lillie, auteur principal de l’étude.
Le séquençage à grande échelle de génomes entiers de populations d’espèces permet aux chercheurs d’établir des parallèles entre les nouveaux VRE et les rétrovirus qui s’établissent actuellement, comme le KoRV. Sur la base du modèle de distribution des VRE dans la population et des comparaisons des différences entre les lignées des VRE, les chercheurs concluent que des rétrovirus actifs supplémentaires peuvent être découverts chez les koalas et d’autres espèces animales qui partagent le même environnement. Les observations sont une force motrice dans la recherche de rétrovirus potentiellement actifs dans la faune australienne, qui n’ont pas encore été identifiés.
« Les VRE qui ont été laissés pour compte après des infections à rétrovirus dans le passé permettent désormais de découvrir les interactions historiques entre les rétrovirus et les espèces animales, telles que la cartographie de la transmission du virus. Les variations des modèles de distribution des VRE au sein des populations hôtes peuvent également être utiles. comme marqueurs génomiques, par exemple dans la gestion et la protection des espèces menacées », explique Patric Jern, qui a dirigé l’étude.
Expansion d’une lignée de rétrovirus dans le génome du koala, Actes de l’Académie nationale des sciences (2022). DOI : 10.1073/pnas.2201844119.