Communément appelé le « lapin de Pâques » d’Australie en raison de ses grandes oreilles et de son mouvement sautillant, le grand bilby (Macrotis lagotis) est le dernier de son genre. Nous avons publié aujourd’hui son génome de référence, soit 3,66 milliards de fragments.
Publié dans le journal Nature, écologie et évolutionIl s’agit du plus grand génome de marsupial à ce jour. Il est non seulement plus grand que celui du koala, mais même plus grand que celui de l’homme.
Un génome est l’ensemble complet de l’ADN (les éléments constitutifs de la vie) qui contient le code génétique qui définit une espèce. Alors, qu’est-ce qu’un génome de référence et pourquoi est-il utile ?
Un génome de référence est le point de référence pour étudier la biologie d’une espèce. C’est comme le couvercle d’une boîte à puzzle : sans lui, on peut déterminer où vont les pièces avec le temps et la patience. Avec lui, le puzzle s’assemble rapidement car on sait à quoi correspond chaque pièce et où elle va.
Le nouveau génome de référence peut nous en dire plus sur la biologie et l’évolution des bilbys, comme les gènes impliqués dans leur odorat aiguisé ou la façon dont ils ont un métabolisme lent pour vivre dans des zones arides.
Il est important de noter que le génome nous a permis de créer de nouveaux outils de conservation pour aider les gestionnaires et les gardes forestiers à sauver cette espèce australienne unique.
Une espèce culturellement importante
Les bilbys sont bien plus que leur biologie unique. Ils sont culturellement importants pour les aborigènes d’Australie et portent de nombreux noms aborigènes à travers le pays. Nous appelons le grand bilby Ninu, le nom utilisé par le désert de Gibson en Australie occidentale Communauté de Kiwirrkurra nous avons travaillé avec. Malheureusement, Ninu n’existe plus que dans 20 % de son ancienne aire de répartition.
Historiquement, le Ninu était présent dans les régions tempérées et arides, tandis que le Yallara (petit bilby, Macrotis leucura) n’étaient présents que dans les déserts sablonneux. Les deux espèces ont connu un déclin brutal à l’arrivée des Européens. Elles ont été la proie des renards et des chats, ont dû rivaliser avec les lapins et ont connu des changements dans les régimes culturels des feux.
Les Yallara étaient bien connus des peuples autochtones des déserts centraux, mais ils ont disparu dans les années 1960. Essentiels en tant qu’« ingénieurs de l’écosystème » grâce à leur nature fouisseuse, les Ninu persistent aujourd’hui en petites populations fragmentées, principalement dans les déserts centraux de l’Australie occidentale et du Territoire du Nord.
Les connaissances autochtones, les cérémonies du bilby, les histoires et les chants existent toujours dans tout le pays, reliant les sites et les personnes, même là où les animaux sont localement éteints.
L’importance des gènes
Plus une espèce présente de variations génétiques (variations à travers le génome), plus grande est sa capacité à s’adapter à un monde en mutation. En raison de l’extinction des Yallara et du déclin rapide des Ninu, un programme d’élevage en captivité des Ninu a été mis en place en 1979.
A l’origine hébergés dans des zoos, les Ninu ont été relâchés en 1997 sur des îles et dans des sanctuaires clôturés, pour établir ce que l’on appelle un «métapopulation« . Pour assurer leur persistance, les Équipe nationale de récupération du bilby a cherché à augmenter le nombre de sanctuaires clôturés entre 2016 et 2021.
En utilisant notre génome de référence en combinaison avec 363 échantillons Ninu provenant de différents sites, nous avons pu déterminer la diversité génétique de chaque site et à quel point ces sites étaient différents les uns des autres.
Nous avons utilisé ces données génétiques pour sélectionner les individus à relâcher dans des sanctuaires. Grâce à cette approche, nous avons produit une progéniture génétiquement diversifiée, favorisant la survie à long terme de l’espèce.
On peut apprendre beaucoup de choses des excréments
Même si la métapopulation compte environ 6 000 Ninu, on sait très peu de choses sur les Ninu à l’état sauvage. Les gardes forestiers autochtones de la communauté de Kiwirrkurra travaillent avec le Département de la conservation, de la biodiversité et des attractions de l’Australie occidentale depuis plusieurs années.
En utilisant notre génome de référence et en travaillant avec notre équipe, les scientifiques du département ont développé un nouvel outil d’analyse des excréments d’animaux. Grâce à leurs connaissances culturelles, les gardes autochtones savaient déjà où vivaient les Ninu, ce qu’ils mangeaient et comment les suivre.
Désormais, en ramassant leurs excréments, ils peuvent les distinguer et savoir quel est leur sexe, fournissant ainsi aux Rangers des informations pour gérer leurs populations de Ninu.
Scott West, garde forestier autochtone de Kiwirrkurra, note : « L’utilisation conjointe d’anciennes et de nouvelles méthodes nous aide à obtenir de bonnes informations sur Ninu et sur la façon de prendre soin d’elles. C’est ce qu’est la science à double sens. »
À partir de 2024, avec le soutien du Save the Bilby Fund et de Deadly Science, nous travaillons avec des communautés indigènes à travers l’Australie pour ramasser les excréments afin que nous puissions comprendre la diversité génétique des bilbies dans toute leur aire de répartition et la comparer à la métapopulation.
Plus d’information:
Carolyn J. Hogg et al., Les génomes de bilby existants et éteints combinés aux connaissances autochtones améliorent la conservation d’un marsupial australien unique, Nature Écologie et Évolution (2024). DOI: 10.1038/s41559-024-02436-2
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