Dans le cadre d’une initiative mondiale, des chercheurs ont élaboré des lignes directrices pour la publication d’images microscopiques dans des médias scientifiques. Les critères, résumés sous forme de listes de contrôle, constituent la base pour garantir que les données de bioimagerie publiées dans le domaine des sciences de la vie et de la médecine sont intelligibles et que les recherches correspondantes sont reproductibles. C’est le seul moyen de libérer tout leur potentiel de recherche.
Ces résultats, obtenus par 54 chercheurs issus de plus de 48 instituts à travers le monde et publiés dans Méthodes naturelles, sont susceptibles d’influencer les pratiques mondiales de publication concernant les images de microscopie. Les chercheurs constituent un groupe de travail dans le cadre d’une initiative mondiale sur l’évaluation de la qualité et la reproductibilité des instruments et des images en microscopie optique (QUAREP-LiMi).
L’EMBL est mondialement connu pour ses services de données et de microscopie et est depuis longtemps un partisan du libre accès, que ces lignes directrices contribuent à réaliser en normalisant la manière dont les données de bioimagerie sont partagées.
Christian Tischer, chef d’équipe du Data Science Center de l’EMBL, a représenté l’EMBL et a joué un rôle essentiel dans la formulation des listes de contrôle qui sont au cœur du document.
« Pour s’appuyer sur les résultats scientifiques publiés, il est important que les données et les analyses correspondantes soient scientifiquement exactes, reproductibles et accessibles », a expliqué Tischer. « Pour la recherche basée sur la microscopie, cela va de problèmes tels que la lisibilité des données d’image dans les chiffres de publication, la fourniture d’informations d’échelle et un choix responsable des ajustements de contraste, au partage de données d’image sur des archives publiques et à la mise à disposition du pipeline d’analyse sur les plateformes de cloud computing. « .
Plus d’un million d’articles scientifiques sont publiés chaque année dans les domaines des sciences de la vie et de la médecine. Environ un tiers d’entre eux incluent des images, telles que des données microscopiques de cellules ou de tissus. Cependant, la plupart de ces images ne peuvent pas être entièrement comprises par le public cible, car des informations clés manquent, par exemple des informations sur les échelles utilisées. De plus, beaucoup manquent d’informations sur la manière exacte dont les données microsscopiques ont été produites, empêchant d’autres chercheurs de reproduire des données microsscopiques comparables.
Aujourd’hui, dans le cadre de l’initiative mondiale QUAREP-LiMi, ce groupe de travail spécialisé a élaboré des lignes directrices de communication, notamment pour les images de microscopie et les données d’analyse d’images.
« Les scientifiques du monde entier et les principales revues scientifiques ont signalé un besoin urgent de normes de publication pour les images microscopiques », a déclaré Helena Jambor, initiatrice du groupe de travail responsable des lignes directrices, auteur de l’article scientifique et scientifique du National Centre des maladies tumorales de Dresde (NCT/UCC) et Université de médecine de Dresde.
« Ces lignes directrices doivent être élaborées par les chercheurs, car ce sont eux qui savent le mieux quels critères de qualité sont particulièrement importants pour leur travail. Nous avons désormais réussi à parvenir à un large consensus, impliquant des chercheurs de nombreux instituts de premier plan dans le domaine des sciences de la vie. »
Les listes de contrôle du groupe offrent des conseils très spécifiques, par exemple en garantissant que les sections d’images pertinentes sont sélectionnées, que les canaux de couleur sont nommés dans les images de microscopie à fluorescence et que les couleurs choisies peuvent être distinguées par les lecteurs daltoniens.
Sachant que de nombreuses publications présentent également des résultats d’analyses d’images, le groupe a prescrit que les auteurs décrivent précisément comment les données sont générées, par exemple, quelles solutions logicielles et paramètres ont été utilisés, et que des échantillons de données soient disponibles pour vérifier les résultats. En général, les images doivent être mises à la disposition de la communauté scientifique dans des bases de données appropriées afin qu’elles puissent être utilisées pour des recherches ultérieures.
« Les lignes directrices s’adressent à tous les chercheurs travaillant en microscopie optique, des débutants aux experts », a déclaré Christopher Schmied, premier auteur du document de recherche et scientifique à la Fondation Human Technopole de Milan et au Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP). ) à Berlin. « Ils permettent la publication d’images et de résultats d’analyse d’images qui répondent à des normes de qualité élevées, sont reproductibles et donc plausibles et constituent une bonne base pour d’autres projets de recherche. »
Dans les listes de contrôle, les critères sont divisés en trois niveaux afin que les utilisateurs puissent choisir entre les exigences minimales, recommandées et idéales pour une bonne communication des données de bioimagerie. « Notre objectif est que les critères soient utilisés par les principales revues scientifiques comme normes contraignantes pour la publication », a déclaré Jambor. « Les chances que cela se produise sont bonnes. Les membres de l’initiative mondiale mettent constamment à jour les listes de contrôle. Et nous développerons également du matériel de formation en communication et des didacticiels pour les images de microscopie. »
« Nous espérons qu’avec l’adoption continue par les scientifiques et les revues scientifiques, nous bâtirons une culture dans laquelle la recherche en sciences de la vie pourra progresser plus facilement grâce à la transparence qu’apporte le partage clair et cohérent des données de bioimagerie », a déclaré Tischer. « Pour les personnes comme moi qui forment également les scientifiques de la vie à la gestion et à l’analyse des données de bioimagerie, nous pouvons également propager ces informations dans nos cours. »
Plus d’information:
Christopher Schmied et al, Listes de contrôle développées par la communauté pour la publication d’images et d’analyses d’images, Méthodes naturelles (2023). DOI : 10.1038/s41592-023-01987-9