Les scientifiques découvrent de nouvelles souches du virus de la grippe A chez les porcs, posant potentiellement un risque de pandémie

Les scientifiques de la faculté de médecine Duke-NUS et leurs collaborateurs ont découvert plusieurs souches jusque-là inconnues du virus de la grippe porcine qui circulaient inaperçues dans les populations porcines cambodgiennes au cours des 15 dernières années, posant potentiellement un risque de pandémie. Les souches comprennent des virus qui ont été transmis par les humains aux porcs, ainsi que certains dont les gènes proviennent d’aussi loin que l’Amérique du Nord.

L’article, publié dans la revue PNASplaide en faveur d’une surveillance systématique pour détecter et avertir rapidement de nouvelles souches de virus afin de prévenir de futures pandémies.

L’étude, dirigée par les scientifiques Yvonne Su, Gavin Smith et Michael Zeller du programme sur les maladies infectieuses émergentes (EID), a identifié des pools génétiquement divers de virus de la grippe A cocirculant chez les porcs.

Les porcs sont un intermédiaire clé dans l’émergence et la propagation potentielle des virus de la grippe entre les animaux et les humains, ont noté les chercheurs, car ils fournissent un environnement approprié pour le brassage de segments de gènes entre les hôtes aviaires, porcins et humains, donnant finalement naissance à de nouveaux virus. Alors que la production porcine a considérablement augmenté au cours des 50 dernières années, le commerce et les mouvements internationaux ont encore amplifié les risques.

« L’évolution à long terme de différentes lignées a conduit à l’établissement de virus génétiquement distincts qui circulent continuellement dans les populations porcines sans être détectés depuis des décennies. Notre étude a révélé le paysage génomique caché et complexe de l’évolution du virus de la grippe porcine en Asie du Sud-Est, marquant le début de l’évolution du virus de la grippe porcine en Asie du Sud-Est. région comme un point chaud pour la diversité virale et le risque d’émergence de nouveaux virus », a déclaré le professeur agrégé Yvonne Su de Duke-NUS, auteur principal et correspondant de l’étude.

Dans l’étude, le professeur Assoc Su et ses collègues de Duke-NUS ont collaboré avec des homologues de diverses institutions, notamment l’Institut national de recherche sur la santé et la production animales de Phnom Penh et la London School of Hygiene & Tropical Medicine.

De mars 2020 à juillet 2022, ils ont mené une surveillance de la grippe porcine dans 18 abattoirs de porcs au Cambodge. Ils ont collecté 4 089 écouvillons nasaux sur des porcs dans différents districts de quatre provinces. Parmi eux, 72 porcs, soit environ 2 % des porcs, ont été testés positifs au virus de la grippe A.

Les scientifiques ont identifié neuf groupes distincts du virus de la grippe porcine A, dont au moins sept n’avaient pas été détectés depuis deux à 15 ans.

Parmi ceux-ci figurent plusieurs lignées H3 qui ont été transmises par les humains aux porcs, circulant sans être détectées pendant environ 10 ans ; ainsi que le sous-type H1N1, qui était prédominant et probablement d’origine humaine remontant à la pandémie de 2009. Deux virus saisonniers ont été détectés chez des porcs des provinces de Kandal, Phnom Penh et Takeo et provenaient probablement de Thaïlande.

L’équipe a également isolé au Cambodge une nouvelle variante porcine européenne du H1N2 (provenant à l’origine d’oiseaux) avec des gènes nord-américains. S’ils ont été les premiers à détecter ce variant, leur analyse génomique suggère qu’il circulait chez les porcs de la région depuis 2014, soulignant la nécessité d’une meilleure surveillance.

En approfondissant le mouvement des virus à travers les frontières géographiques, les scientifiques ont découvert que les virus de la grippe porcine européenne avaient été introduits sporadiquement dans le centre-sud de la Chine et en Asie du Sud-Est au début des années 2000.

Les preuves génétiques indiquent que le centre-sud de la Chine est la principale source de transmission du virus de la grippe porcine de type européen dans la région depuis 2010 environ, les virus se propageant ensuite plus largement à travers la Chine et les pays d’Asie du Sud-Est tels que le Cambodge.

« Bien que les virus de la grippe porcine provoquent généralement des symptômes légers chez les porcs, ils constituent une menace pandémique pour les humains, car la population humaine peut manquer d’immunité ou ne pas être suffisamment protégée contre les nouvelles souches de virus de la grippe porcine. Par conséquent, une surveillance systématique est cruciale pour la détection et l’alerte précoces. de nouveaux sous-types ou souches », a déclaré le professeur Gavin Smith, directeur du programme EID et auteur de l’étude.

Des études supplémentaires sont nécessaires pour comprendre la menace pandémique des nouveaux virus, notamment la manière dont ils réagissent avec les virus humains et la facilité avec laquelle ils peuvent se propager. À cette fin, l’équipe développe actuellement une plateforme capable d’identifier les principaux sous-types génétiques de la grippe porcine.

Le criblage ne se limitera pas aux sous-types porcins et humains, mais inclura également des séquences aviaires. Une fois mis en place, ils seront en mesure d’évaluer si les populations porcines et humaines ont été infectées par les sous-types de grippe.

Le professeur Patrick Tan, vice-doyen principal pour la recherche à Duke-NUS, a déclaré : « Une surveillance de routine et soutenue est indispensable pour identifier de nouveaux virus afin que leur risque de transmission puisse être évalué. Il est donc essentiel que des méthodes de surveillance plus efficaces et continues soient intégrées à outils analytiques automatisés pour fournir rapidement des informations sur les changements dans les agents pathogènes humains et animaux.

« Un système tel que celui que développe l’équipe de Duke-NUS améliorerait la santé animale grâce à la sélection de vaccins efficaces et contribuerait à la santé humaine en surveillant les virus susceptibles de se transmettre. »