Les anciens génomes de la peste révèlent les origines de la peste noire

En 1347, la peste est entrée pour la première fois en Méditerranée via des navires de commerce transportant des marchandises depuis les territoires de la Horde d’Or dans la mer Noire. La maladie s’est ensuite propagée à travers l’Europe, le Moyen-Orient et l’Afrique du Nord, revendiquant jusqu’à 60% de la population lors d’une épidémie à grande échelle connue sous le nom de peste noire. Cette première vague s’est ensuite étendue à une pandémie de 500 ans, la soi-disant deuxième pandémie de peste, qui a duré jusqu’au début du 19e siècle.

Les origines de la deuxième pandémie de peste ont longtemps été débattues. L’une des théories les plus populaires a soutenu sa source en Asie de l’Est, en particulier en Chine. Au contraire, les seules découvertes archéologiques disponibles à ce jour proviennent d’Asie centrale, près du lac Issyk Kul, dans l’actuel Kirghizistan. Ces découvertes montrent qu’une épidémie a dévasté une communauté commerciale locale dans les années 1338 et 1339. Plus précisément, des fouilles qui ont eu lieu il y a près de 140 ans ont révélé des pierres tombales indiquant que des individus sont morts au cours de ces années d’une épidémie inconnue ou « peste ». Depuis leur première découverte, les pierres tombales inscrites en langue syriaque ont été la pierre angulaire de la controverse parmi les chercheurs concernant leur pertinence pour la peste noire en Europe.

Dans leur étude publiée dans La nature, une équipe internationale de chercheurs a analysé l’ADN ancien de restes humains ainsi que les données historiques et archéologiques de deux sites qui contenaient des inscriptions de « peste ». Les premiers résultats de l’équipe ont été très encourageants, puisque l’ADN de la bactérie de la peste, Yersinia pestis, a été identifié chez des individus avec l’année 1338 inscrite sur leurs pierres tombales. « Nous avons enfin pu montrer que l’épidémie mentionnée sur les pierres tombales était bien causée par la peste », déclare Phil Slavin, l’un des principaux auteurs de l’étude et historien à l’Université de Sterling, au Royaume-Uni.

Des chercheurs découvrent la souche source de la peste noire

Mais cela aurait-il pu être l’origine de la peste noire ? Les chercheurs ont précédemment associé l’initiation de la peste noire à une diversification massive des souches de peste, un soi-disant événement Big Bang de la diversité de la peste. Mais la date exacte de cet événement n’a pas pu être estimée avec précision et on pense qu’il s’est produit entre le 10e et le 14e siècle.

L’équipe a maintenant reconstitué les génomes complets de la peste ancienne des sites du Kirghizistan et a étudié comment ils pourraient être liés à cet événement Big Bang. « Nous avons constaté que les anciennes souches du Kirghizistan sont positionnées exactement au nœud de cet événement de diversification massive. En d’autres termes, nous avons trouvé la souche source de la peste noire et nous connaissons même sa date exacte. [meaning the year 1338] », déclare Maria Spyrou, auteure principale et chercheuse à l’Université de Tübingen.

Mais d’où vient cette souche ? A-t-il évolué localement ou s’est-il propagé dans cette région à partir d’ailleurs ? La peste n’est pas une maladie humaine; la bactérie survit au sein des populations de rongeurs sauvages à travers le monde, dans ce qu’on appelle les réservoirs de peste. Par conséquent, l’ancienne souche d’Asie centrale qui a causé l’épidémie de 1338-1339 autour du lac Issyk Kul doit provenir d’un de ces réservoirs.

« Nous avons découvert que les souches modernes les plus étroitement liées à l’ancienne souche se trouvent aujourd’hui dans les réservoirs de peste autour des montagnes du Tian Shan, donc très proches de l’endroit où l’ancienne souche a été trouvée. Cela indique une origine de l’ancêtre de la peste noire en Asie centrale », explique Johannes Krause, auteur principal de l’étude et directeur de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive.

L’étude démontre comment des enquêtes sur des contextes archéologiques bien définis et des collaborations étroites entre historiens, archéologues et généticiens peuvent résoudre de grands mystères de notre passé, tels que les origines de la tristement célèbre peste noire, avec une précision sans précédent.