Agrandir / Micrographie électronique à transmission d’une particule de virus SARS-CoV-2 isolée d’un échantillon de patient et cultivée en culture cellulaire.
Des chercheurs en France ont rapporté la première preuve génétique convaincante d’un virus SARS-CoV-2 recombinant contenant des éléments à la fois de la variante du coronavirus Omicron et de la variante Delta. Cependant, les experts de la santé de l’Organisation mondiale de la santé et d’ailleurs ont rapidement déterminé qu’un tel virus recombinant on s’attend à ce qu’il se produise et jusqu’à présent, il n’y a aucune raison de s’inquiéter de l’hybride.
Le recombinant delta omicron – une combinaison du squelette du sous-variant delta AY.4 et de la protéine de pointe du sous-variant omicron BA.1 – circule en France à des niveaux très faibles depuis au moins début janvier 2022. Des chercheurs ont également signalé quelques cas au Danemark, en Allemagne et aux Pays-Bas. Jusqu’à présent, les données épidémiologiques sur la propagation du recombinant ne soulèvent aucun signal d’alarme, et la variante ne semble pas provoquer de maladies plus graves, selon la directrice technique de l’OMS, Maria Van Kerkhove, qui a abordé la variante lors d’une conférence de presse cette semaine. Cependant, les chercheurs mènent d’autres études sur le recombinant et le surveilleront de près, comme l’organisation le fait avec d’autres nouvelles variantes, a-t-elle noté.
Les coronavirus sont connus pour se recombiner, et les chercheurs ont pleinement anticipé que de tels virus SARS-CoV-2 recombinants émergeraient de temps à autre. En général, la recombinaison peut se produire lorsque deux variantes infectent une personne en même temps et envahissent les mêmes cellules. Dans ce scénario, la machinerie cellulaire qui détourne les virus pour créer des clones d’eux-mêmes peut parfois passer brusquement de la traduction du code génétique de l’une des variantes au code de l’autre, résultant en un virus mosaïque.
Fusion virale
Il n’est particulièrement pas surprenant qu’un recombinant de Delta et d’Omicron ait émergé, étant donné qu’Omicron a atteint une domination mondiale alors que la transmission de Delta était encore très élevée dans de nombreux endroits. Cette situation a fourni de nombreuses occasions aux deux virus hautement transmissibles de se croiser. De plus, il est plus facile pour les chercheurs d’identifier les hybrides delta-omicron. La surveillance génétique a considérablement augmenté au milieu de la pandémie, rendant la détection plus efficace. Et les deux variantes sont relativement différentes l’une de l’autre, ce qui rend les recombinants delta omicron beaucoup plus faciles à repérer que les recombinants des variantes précédentes, qui avaient plus en commun. Tous ces facteurs rendent plus probable qu’il y aura des rapports de recombinants delta omicron.
Pourtant, il peut être difficile de dire quand la recombinaison se produit. Certains efforts de séquençage génétique semblent reconnaître facilement les virus recombinants lorsqu’ils sont co-infectés sans recombinaison ou lorsqu’une contamination se produit dans des méthodes de laboratoire. Une forme de contamination a été suspectée dans un rapport de janvier d’un virus recombinant SARS-CoV-2 découvert par des chercheurs de l’Université de Chypre. Mais dans le cas du virus détecté en France, les chercheurs sont plus convaincus qu’il s’agit bien d’un virus recombinant car la qualité des données de séquence est meilleure et les chercheurs ont pu cultiver le virus recombinant dans des cultures cellulaires en laboratoire.
Bien que la confirmation d’un recombinant delta omicron puisse sembler alarmante, les virologues ont averti que la recombinaison n’équivaut pas à créer une progéniture supervariante qui ne contient que les aspects les plus dangereux de leurs variantes parentales menaçantes. Comme la plupart des mutations, la plupart des recombinaisons ne sont pas bénéfiques pour le virus. Et jusqu’à présent, rien n’indique que le recombinant delta omicron identifié décollera et deviendra la prochaine variante dominante à l’échelle mondiale.
Cependant, la possibilité de recombinaisons dangereuses est une autre raison de rester vigilant au milieu du virus pandémique et d’essayer de maintenir la transmission à un faible niveau. Plus la transmission est faible, moins il y a de possibilités pour les variantes d’évoluer et de se recombiner. Cela signifie que nous devons nous en tenir aux meilleures pratiques pour réduire la transmission, à savoir rester à jour sur les vaccinations et adopter des précautions sanitaires comme le port de masques et la distanciation physique lorsque le risque de transmission est élevé.