Une enquête sur l’évolution de la bactérie Salmonella infectant la volaille brésilienne montre que l’introduction d’un vaccin contre Salmonella, combinée à l’utilisation croissante d’antibiotiques par les agriculteurs brésiliens, a entraîné l’apparition de souches plus résistantes aux antibiotiques, mais moins susceptibles de provoquer des maladies chez les humains. Andrea Micke Moreno de l’Université de São Paulo, au Brésil, et Alison Mather du Quadram Institute Bioscience, au Royaume-Uni, rapportent ces résultats dans une nouvelle étude publiée le 2 juin dans la revue en libre accès Génétique PLOS.
La bactérie Salmonella enterica est une cause fréquente d’intoxication alimentaire chez l’homme qui résulte fréquemment de volailles contaminées. Le Brésil est le plus grand exportateur mondial de viande de poulet dans le monde, et une équipe dirigée par Micke Moreno et Mather a voulu savoir si les souches de Salmonella présentes au Brésil contribuaient aux cas d’intoxication alimentaire dans les pays qui importent leurs produits. Les chercheurs ont comparé les génomes de 183 Salmonella prélevés sur des poulets au Brésil et de 357 génomes de Salmonella prélevés sur des humains, de la volaille domestique et des produits de volaille brésiliens importés au Royaume-Uni. Ils ont également examiné plus de 1 200 génomes accessibles au public des deux principaux types de Salmonella trouvés au Brésil pour voir ce qu’ils pouvaient apprendre sur l’évolution des souches brésiliennes.
L’équipe a découvert que des lignées distinctes des deux principaux types de Salmonella se sont développées au Brésil au début des années 2000, à peu près au même moment où le pays a introduit un vaccin contre Salmonella pour la volaille. Ces bactéries possèdent des gènes qui les rendent résistantes à trois types d’antibiotiques. Mais malgré leur essor au Brésil, ces bactéries résistantes aux antibiotiques ont causé très peu de cas de Salmonella chez l’homme au Royaume-Uni et ne se sont pas propagées aux poulets domestiques.
Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que l’utilisation du vaccin Salmonella au Brésil, ainsi qu’une plus grande utilisation d’antibiotiques, ont permis l’augmentation des formes résistantes aux médicaments de Salmonella, mais que ces bactéries n’ont pas conduit à un plus grand nombre de cas d’intoxication alimentaire au Royaume-Uni. Les chercheurs soulignent que leur évaluation des génomes de Salmonella provenant de diverses sources au Brésil et au Royaume-Uni renforce l’importance d’adopter une approche « One Health » face à la maladie, qui implique des efforts collaboratifs et multidisciplinaires pour améliorer la santé des personnes, des animaux et des l’environnement.
Mather ajoute : « Grâce à notre travail de détective génomique, nous avons suivi comment les changements dans l’élevage de poulets au Brésil ont modifié le profil de la bactérie Salmonella trouvée en circulation dans l’industrie de la volaille. Bien que cela ne pose aucun risque immédiat pour la santé des pays importateurs comme le Royaume-Uni, la bactérie étaient résistants aux médicaments antimicrobiens, ce qui souligne l’importance d’adopter une approche « One Health » qui voit les liens entre la santé des personnes, des animaux et de l’environnement, en particulier lors de l’évaluation des chaînes d’approvisionnement alimentaire mondiales.
Dynamique de Salmonella enterica et résistance aux antimicrobiens dans l’industrie avicole brésilienne et impacts mondiaux sur la santé publique, Génétique PLoS (2022). DOI : 10.1371/journal.pgen.1010174