Des chercheurs de l’Université de Californie à Irvine ont mis au point un test COVID-19 qui détecte et identifie des variantes spécifiques du SRAS-CoV-2 avec une précision de 100 %. Dans une étude, le rapporteur analytique d’acide nucléique viral codé par ARN a correctement déterminé les mutations génétiques Alpha, Gamma, Delta, Epsilon et Omicron dans des échantillons cliniques nasopharyngés. Cette capacité pourrait permettre aux fournisseurs de soins de santé de prendre des décisions de traitement personnalisées pour améliorer les soins aux patients.
Récemment publié en ligne dans le Journal de l’American Chemical Societyun article sur la recherche décrit la conception et la validation du système de génotypage Revealr SARS-CoV-2.
« La pandémie de COVID-19 a créé un besoin urgent d’outils de diagnostic individualisés capables de reconnaître la présence du virus ainsi que la souche particulière. L’identification et le triage des patients infectés par des variants qui augmentent la transmissibilité virale et réduisent la protection vaccinale sont essentiels pour contrôler la propagation de la maladie », a déclaré l’auteur correspondant John Chaput, professeur de sciences pharmaceutiques à l’UCI. « Revealr va au-delà des simples méthodes de détection de COVID, telles que le kit d’antigène couramment utilisé, pour identifier la souche précise de SRAS-CoV-2 infectant un patient.
L’équipe a analysé 34 échantillons cliniques collectés au début, au milieu et à la fin de 2021 au centre médical de l’UCI auprès de patients présentant des symptômes de COVID-19. L’ARN a été isolé des écouvillons nasopharyngés, et la variante correcte du SARS-CoV-2 a été identifiée dans chaque cas.
« Bien que Revealr ait été développé comme test de détection du COVID, la prochaine étape consiste à s’étendre à d’autres infections des voies respiratoires qui partagent des symptômes avec le COVID-19, comme la grippe », a déclaré Chaput. « La capacité de distinguer une mutation ponctuelle dans une séquence génétique d’ADN ou d’ARN la rend idéale pour tout génotypage, y compris le cancer. Au-delà de la santé humaine, Revealr pourrait trouver une utilisation dans des applications médico-légales ou agricoles qui reposent actuellement sur le séquençage de l’ADN.
L’équipe d’étude comprenait Kefan Yang, membre du laboratoire Chaput, étudiant diplômé en génie chimique et biomoléculaire; Daniel Schuder, membre du laboratoire Chaput, étudiant diplômé en biologie moléculaire et biochimie; et Arlene Ngor, qui gère le laboratoire Chaput.
Les chercheurs ont déposé une demande de brevet sur le génotypage Revealr.
Kefan Yang et al, Génotypage basé sur REVEALR des variants préoccupants du SARS-CoV-2 dans les échantillons cliniques, Journal de l’American Chemical Society (2022). DOI : 10.1021/jacs.2c03420