Un microbe qui décompose une enzyme digestive clé dans le gros intestin des humains et des souris a été identifié par les biologistes du RIKEN. Cette découverte, aujourd’hui publiée dans La naturepourrait éventuellement conduire au développement de probiotiques qui peuvent aider à rétablir l’équilibre chez les personnes qui ont trop d’enzyme dans leur gros intestin.
Une enzyme connue sous le nom de trypsine nous aide à digérer les aliments en coupant les protéines dans l’intestin grêle. Mais des niveaux élevés de trypsine plus bas dans le tube digestif dans le gros intestin peuvent être problématiques, entraînant potentiellement des complications telles que la maladie inflammatoire de l’intestin.
L’interaction entre les enzymes digestives telles que la trypsine et les quelque 10 000 milliards de microbes qui peuplent l’intestin humain est très complexe. Ces bactéries intestinales appartiennent à quelque part entre 500 et 1 000 espèces chez n’importe quel individu, et il est diaboliquement difficile de démêler les rôles que jouent les espèces individuelles dans l’intestin.
« Isoler et cultiver les microbes intestinaux à l’extérieur du corps est souvent difficile, d’autant plus que la plupart d’entre eux sont sensibles à l’oxygène », explique Youxian Li du RIKEN Center for Integrative Medical Sciences (IMS). « Établir une relation causale entre un microbe et un changement dans notre corps est encore plus difficile. »
Maintenant, une équipe dirigée par Kenya Honda de l’IMS a réussi à établir qu’une espèce connue sous le nom de Paraprevotella clara dégrade la trypsine dans le gros intestin et pourrait donc jouer un rôle majeur dans le contrôle des niveaux de trypsine dans cette région de l’intestin.
La bactérie en forme de bâtonnet a été isolée pour la première fois à partir d’excréments humains en 2009 par des chercheurs de la société japonaise de probiotiques Yakult, mais rien n’indiquait son rôle dans la dégradation de la trypsine. « Rien n’indiquait que cette espèce était spéciale », note Li.
L’équipe est allée plus loin et a montré que la capacité de P. clara à dégrader la trypsine offrait aux souris une protection supplémentaire contre l’infection intestinale par le virus de l’hépatite de la souris de type 2 (MHV-2), un coronavirus qui a besoin de trypsine pour pénétrer dans les cellules.
« Nous avons constaté que les souris avec de faibles niveaux de trypsine dans le gros intestin étaient protégées contre l’infection lorsque le virus était appliqué par voie gastro-intestinale – plus d’entre elles ont survécu et elles avaient moins de dissémination de particules virales dans d’autres organes », explique Li. « Cela indique donc que la présence d’espèces désintégrant la trypsine dans le gros intestin est probablement protectrice en ce qui concerne les infections intestinales par des virus qui dépendent de la trypsine. »
Cela ouvre de nouvelles voies de recherche. « Nous avons maintenant un outil que nous pouvons appliquer à différents types de modèles de maladies intestinales pour voir si la trypsine joue un rôle dans diverses maladies », explique Li.
Plus d’information:
Youxian Li et al, Identification des commensaux dégradant la trypsine dans le gros intestin, La nature (2022). DOI : 10.1038/s41586-022-05181-3