Un ingénieur biomédical de l’Université du Michigan a découvert que seule une fraction de toutes les espèces de bactéries connues a fait l’objet d’un effort de recherche scientifique et d’un article ultérieur. Dans son recherche posté sur le bioRxiv serveur de prépublication, Paul Jensen décrit comment il a recherché des informations sur les espèces de bactéries dans la base de données PubMed et a découvert que la plupart des recherches sur les bactéries n’explorent que quelques espèces.
Au cours des dernières décennies, Escherichia coli a non seulement été bien étudiée, mais a également été utilisée comme outil pour étudier d’autres caractéristiques biologiques, car elle est désormais très bien comprise. On ne peut pas en dire autant des autres bactéries, note Jensen, ni même des autres micro-organismes en général.
Dans la base de données PubMed, il a découvert que sur 43 409 espèces de bactéries connues, seulement 10 d’entre elles représentaient environ la moitié de tous les articles de recherche répertoriés sur le site. Il a également constaté qu’environ 75 % de toutes les espèces qu’il recherchait étaient vides de sens – aucun effort de recherche ni aucun article ultérieur n’ont été publiés à leur sujet.
Jensen a fait ses découvertes alors qu’il étudiait la possibilité d’utiliser un LLM pour synthétiser les recherches entourant l’étude de certains micro-organismes. Plus précisément, il espérait en apprendre davantage sur Streptococcus sobrinus, le micro-organisme responsable de la carie dentaire. À sa grande surprise, il n’a trouvé que quelques dizaines d’articles, ce qui n’est pas suffisant pour former suffisamment un LLM. Il a également souligné qu’il avait déjà lu tous les journaux existants.
Jensen a découvert que les articles sur E. coli représentaient 21 % du nombre total d’articles axés sur les bactéries dans la base de données. PubMed, note-t-il, constitue un bon moyen d’analyser les efforts de recherche concernant les micro-organismes, car les espèces étudiées sont répertoriées dans des résumés et/ou des titres. Il suggère également que les pourcentages de papier trouvés sur le site correspondent probablement à ceux que l’on trouverait sur d’autres référentiels. Il suggère que les microbiologistes doivent élargir leurs perspectives de recherche dans les années à venir, car il reste encore beaucoup à apprendre sur d’autres micro-organismes.
Plus d’informations :
Paul A. Jensen, Dix espèces représentent la moitié de la littérature sur la bactériologie, laissant la plupart des espèces non étudiées, bioRxiv (2025). DOI : 10.1101/2025.01.04.631297
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