La saison grippale actuelle, la première depuis l’épidémie de Covid, est pleine de surprises. D’abord parce qu’elle s’est développée en deux vagues distinctes. Deuxièmement, parce qu’il peut supposer la confirmation que l’une des souches qui nous harcelaient chaque hiver s’est éteinte.
La dernière fois qu’une séquence de la lignée Yamagata a été téléchargée dans la base de données mondiale sur la grippe du GISAID, c’était en mars 2020. C’était la 119e fois jusqu’à présent cette année : 988 échantillons de 74 pays ont été ajoutés en 2019 ; l’année précédente, il y en avait eu 6 564 dans 133 pays. En 2021 et 2022 la case est restée vide.
Cette lignée est l’une des deux dans lesquelles se subdivise la grippe de type B et l’une des quatre présentes dans les vaccins annuels depuis 2013. Jusqu’à présent, on inoculait des trivalents, contenant deux souches de type A –H3N2 et H1N1– et une troisième, de le type B, qui alterne entre les lignées Victoria et Yamagata, puisque c’est généralement l’une des deux qui prédomine à chaque saison.
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Les deux sous-types ont divergé au début des années 1980 à partir d’une seule lignée génétique et ont circulé dans le monde depuis 2001. Dans la décennie qui a suivi, il s’est avéré très difficile de déterminer lequel prévaudrait à chaque saison. En outre, ils sont si différents sur le plan antigénique qu’ils ne génèrent pas d’immunité croisée: les anticorps générés par la lignée Victoria ne nous défendent pas des Yamagata et vice versa. Pour cette raison, l’OMS a commencé à recommander des vaccins quadrivalents, qui contenaient les deux antigènes.
Cependant, pendant un certain temps, les gouvernements ont continué à miser sur les trivalents, car ils étaient moins chers. Après tout, le type A est généralement le plus fréquent : le type B représente environ 23% de tous les cas de grippe et n’est imposé qu’une fois tous les sept ans, environ. Même si le vaccin manquait, il était peu probable que les conséquences soient graves.
Jusqu’à l’arrivée de 2018, une saison particulièrement difficile en Espagne : le Centre de recherche biomédicale en épidémiologie et réseau de santé publique estimait que cet hiver-là, il y avait eu 800 000 cas, 52 000 admissions et près de 15 000 décès liés à la grippealors que pour la dernière saison avant la pandémie, 2019-2020, il calculait 27 700 hospitalisés et 3 900 décès.
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Il se trouve que 72 % des cas recensés correspondaient à la souche B. Parmi ceux-ci, huit sur dix appartenaient précisément à la lignée Yamagata, qui avait été écartée de la composition du vaccin trivalent. A partir de là, le tétravalent a prévalu.
La Saison actuelle de la grippe en Espagne commencé par une prédominance de la souche A(H3N2) en octobre et novembre. Une deuxième vague a commencé en février, où le type B a clairement prévalu. Jusqu’à présent, tous les virus séquencés appartenaient à la lignée Victoria. La même chose se produit en Europe : aucun signe de Yamagata.
virus atténués
La base de données de l’OMS sur la grippe, FluNetrappelle que Yamagata prédominait en sous-type B en 2017 et 2018, avec jusqu’à 89% des cas recensés, pour ne représenter que 7,1% en 2019 et 1,4% en 2020.
Cette base de données inclut les détections de Yamagata au cours des deux dernières années : 43 en 2021 – principalement en Chine – et 8 en 2022 (au Tchad, en Allemagne, au Pakistan et au Belize). Cependant, « il reste à confirmer si cela est dû à une contamination ou à l’effet de vaccins atténués », a-t-il expliqué à EL ESPAÑOL Angéla Dominguez, porte-parole de la Société espagnole d’épidémiologie. En d’autres termes, il est plus que probable que ce qui a été rapporté comme Yamagata soit le produit d’un vaccin contre la grippe de type virus atténué. Les données du GISAID, étant basées sur le séquençage du virus, sont plus concluantes à cet égard.
« On ne peut pas dire catégoriquement qu’il a disparu », prévient l’épidémiologiste, qui attribue sa possible disparition à la pression exercée par le Covid durant ces trois années. Le SRAS-CoV-2 aurait entièrement occupé la niche des autres virus respiratoires et, face au reste des souches grippales, Yamagata a dû perdre.
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« Il est moins transmissible que la lignée Victoria », explique Domínguez, « et il a moins de capacité à produire une dérive antigénique, il est moins fréquent de muter ». Concernant ses effets cliniques, « Il a été suggéré que Yamagata affecte davantage les adultes et Victoria affecte les jeunes« , il est donc possible de penser que la gravité de la grippe de 2018 pourrait lui être due.
Pour être tout à fait sûr que cette lignée a disparu, il estime qu’il faudrait attendre « quelques saisons de plus ». Cependant, il existe d’autres indications qui soutiennent l’idée que cette variante avait ses jours comptés et que la pandémie l’a achevée.
Un article publié l’année dernière dans le Spanish Journal of Chemotherapy écrit par le virologue de l’hôpital universitaire Son Espases (Majorque) Jordi Reina évoquait déjà une extinction « temporaire » de cette lignée, notant que la quasi-totalité des spécimens détectés depuis 2017 appartiennent au clade 3A « alors que plusieurs clades circulants étaient précédemment détectés » . C’est-à-dire, sa diversité avait été réduite. Il suffirait d’un petit coup de pouce pour la chasser de l’histoire.
Domínguez explique que la lente capacité de changement de cette souche est lente et le fait qu’elle n’a pas été en circulation aussi longtemps peut signifier qu’elle ne le fait plus. « devrait changer de vaccin». Pour l’instant, l’OMS vient de proposer ses recommandations sur la composition des vaccins pour l’hiver prochain et maintient la lignée Yamagata. « Il faut poursuivre la surveillance pour corroborer son extinction. Si tel est le cas, à l’avenir, les recommandations devront être adaptées. »
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