Les gens doivent consommer suffisamment d’aliments sains et nutritifs pour rester en vie et en bonne santé. La consommation d’aliments dangereux, contaminés par des bactéries nocives, des virus, des parasites ou des substances chimiques, est responsable de plus de 200 maladies, allant de la diarrhée au cancer. Les maladies diarrhéiques sont les maladies les plus courantes causées par des aliments contaminés, affectant 550 millions de personnes et tuant 230 000 personnes chaque année dans le monde. Même dans les pays développés, certains pathogènes bactériens d’origine alimentaire menacent la vie des gens par l’ingestion de repas quotidiens. Le Staphylococcus argenteus est préoccupant, un organisme bactérien qui provoque une intoxication alimentaire. Il a d’abord été découvert comme une lignée génétiquement distincte dans les communautés aborigènes d’Australie. Depuis lors, Staphylococcus argenteus a été isolé sur d’autres continents, indiquant sa prévalence mondiale.
Dans une étude récente, une équipe de scientifiques basée à l’Université de la préfecture d’Osaka au Japon, a cherché à examiner la prévalence de Staphylococcus argenteus dans des aliments tels que les légumes, le poisson, le poulet, le bœuf et le porc dans les magasins de détail. Ils ont utilisé des techniques moléculaires pour identifier le matériel génétique bactérien par réaction en chaîne par polymérase et séquençage du génome entier. À l’exception du poulet, aucun des aliments qu’ils ont échantillonnés ne présentait de preuve de contamination par Staphylococcus argenteus. Étonnamment, du matériel génétique de Staphylococcus argenteus a été trouvé dans 13,9 % des échantillons de poulet testés.
Les chercheurs ont en outre profilé le génotype de Staphylococcus argenteus, les facteurs de virulence et le niveau de résistance aux antibiotiques. En utilisant le typage de séquences à plusieurs locus (MLST), la souche ST2854 était la plus prédominante, représentant 33 % de tous les isolats. Les autres souches prédominantes étaient ST1223, ST5961 et ST2250 à 28,6 %, 23,8 % et 14,3 %, respectivement. Tous les isolats avaient des répertoires de gènes d’entérotoxine staphylococcique (SE). En particulier, le gène selx, qui code pour la protéine SELX. Étonnamment, l’une des 21 souches testées pour la résistance aux antibiotiques était résistante à la pénicilline, à la tétracycline et à la doxycycline, tandis qu’une autre n’était résistante qu’à la pénicilline.
De plus, les chercheurs ont examiné des échantillons de poulet provenant de deux abattoirs différents, l’un spécialisé dans la transformation des poulets à griller et l’autre dans la transformation des poules. Au total, 357 échantillons ont été testés, y compris des plumes de poulet, de l’eau de refroidissement et des écouvillons d’installation. De manière surprenante, 14 souches de Staphylococcus argenteus ont été isolées d’un même abattoir. Ces isolats ont été trouvés dans l’eau du refroidisseur, des écouvillons de manche de couteau et des planches à découper, ainsi que dans les carcasses de poulet.
Lors de l’analyse génétique des isolats d’abattoir, 13 isolats ont été attribués au génotype ST5961 et un isolat au génotype ST5964. Un profilage des toxines et des tests de sensibilité aux antibiotiques ont également été effectués. Le profilage des toxines a révélé le gène selx, dans tous les isolats. De plus, des gènes sey supplémentaires, sel26 et sel27, n’ont été trouvés que dans ST5964, ce qui implique que ces isolats provenant d’un abattoir peuvent provoquer une intoxication alimentaire staphylococcique (SFP). Étonnamment, les 14 isolats de l’abattoir étaient sensibles aux antibiotiques.
Dans d’autres études de confirmation, les chercheurs ont utilisé la phylogénétique pour analyser les séquences de l’ensemble des 35 isolats de Staphylococcus argenteus afin de clarifier la relation entre le poulet au détail et les isolats dérivés d’abattoirs. Curieusement, certains des isolats de poulet vendus au détail se sont phylogénétiquement regroupés avec des isolats d’abattoir. De plus, trois isolats de poulet et un isolat d’eau de refroidissement d’abattoir se sont phylogénétiquement regroupés. De plus, cinq isolats de poulets vendus au détail et 13 isolats d’abattoirs se sont regroupés et ont tous été classés comme ST5961. Ces résultats indiquent que l’environnement de l’abattoir est très probablement une source de contamination par Staphylococcus argenteus, suggérant ainsi une propagation bactérienne continue dans les aliments transformés.
Dans une interview, le professeur Masami Miyake, qui a supervisé cette recherche, a déclaré : « Fondamentalement, cette enquête a montré que la viande de poulet était fortement contaminée par Staphylococcus argenteus, la bactérie qui peut causer des maladies humaines. Notre approche de phylogénétique moléculaire a en outre révélé que les usines de transformation de la viande peuvent ont également un rôle dans la transmission des germes de l’environnement à la nourriture et vice versa. » L’illustration schématique de leur proposition de dynamique de contamination des aliments par Staphylococcus argenteus est illustrée à la figure 1. Lorsque nous avons pris part à une entrevue avec le Dr Yuki Wakabayashi, qui était étudiant au doctorat lorsqu’il a mené cette étude, il a ajouté : « C’est la première étude qui ont démontré la présence de S. argenteus dans une installation de transformation des aliments et la possibilité de contamination bactérienne pendant la transformation des aliments doivent être prises en compte. »
La recherche a été publiée dans le Journal international de microbiologie alimentaire.
Yuki Wakabayashi et al, Isolement et caractérisation des souches de Staphylococcus argenteus provenant des aliments de détail et des abattoirs au Japon, Journal international de microbiologie alimentaire (2021). DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109503
Fourni par l’Université métropolitaine d’Osaka