Deux équipes de chercheurs en génétique ont identifié le génome du numbat (Myrmecobius fasciatus), un marsupial insectivore australien en voie de disparition et le dernier membre survivant de la famille des Myrmecobiidae. La carte du génome permettra aux scientifiques et aux défenseurs de l’environnement de prendre des décisions plus éclairées sur la manière de protéger l’espèce à l’avenir.
L’engourdi (Myrmecobius fasciatus). Crédit : Seashalia Gibb.
Le numbat est un marsupial aux couleurs vives dont la longueur varie de 35 à 45 cm (14-18 po), y compris la queue, et pesant jusqu’à 700 g.
Aussi connu sous le nom de noombat ou walpurti, le numbat est le seul marsupial termitivore, consommant jusqu’à 20 000 termites par jour.
Sa grande acuité visuelle, ses griffes avant puissantes et son odorat permettent au numbat de localiser et de déterrer des termitières et des structures souterraines.
Sa langue extrêmement longue permet au numbat d’extraire les termites des monticules.
Le numbat est également unique parmi les marsupiaux en étant le seul diurne et marsupial.
De plus, il présente une variété d’adaptations importantes à un environnement aride, y compris une solidification régulière.
Historiquement, les engourdis habitaient les régions arides et semi-arides d’Australie. Cependant, les populations ont diminué de plus de 99% en raison de la dégradation de l’habitat et des prédateurs.
On estime qu’il ne reste que 1 000 individus en Australie-Occidentale.
Par conséquent, le numbat est actuellement répertorié comme en voie de disparition sur la liste rouge de l’UICN et Vulnérable en vertu de la loi de 1999 sur la protection et la conservation de l’environnement du gouvernement fédéral australien.
« Le numbat était au bord de l’extinction au 20e siècle, mais des efforts de conservation considérables et l’intervention du gouvernement et de la communauté ont entraîné une augmentation progressive de la population », a déclaré le Dr. Parwinder Kaur, chercheur à l’École d’agriculture et d’environnement de l’Université d’Australie-Occidentale.
« Avec 1 000 Nubats restant à l’état sauvage, la ressource génomique ouvrira de nouvelles portes pour la conservation des Nubats ainsi qu’à nos scientifiques de première ligne qui luttent contre les maladies génétiques mêmes que les Nubats menacent d’éradiquer. »
Pour séquencer le génome numbat, les chercheurs ont utilisé des échantillons d’individus féminins et masculins hébergés au zoo de Perth.
« Le zoo de Perth est la seule institution zoologique au monde qui élève des engourdis et depuis 1993, plus de 220 ont été élevés au zoo – et relâchés dans la nature », a déclaré le Dr. Kaur, membre du Numbat Genome Project. une collaboration entre l’Université d’Australie-Occidentale, DNA Zoo, Aiden Lab du Baylor College of Medicine, le Pawsey Supercomputing Centre, le gouvernement australien et le gouvernement d’Australie-Occidentale.
Les scientifiques ont ensuite identifié un total de 21 465 gènes codant pour des protéines dans le génome de 3,42 milliards de bases du numbat.
« Pour examiner l’adaptation au régime termitivore du numbat et à la gamme aride/semi-aride, nous avons interrogé les transcriptions les plus exprimées dans la langue et annoté manuellement les familles de gènes du goût, du voméronasal et de l’aquaporine », a déclaré le Dr. Emma Peel de l’Université de Sydney et ses collègues de l’Université de Sydney, de l’Université d’Hokkaido et du Japan Monkey Centre.
« Les protéines antimicrobiennes et les protéines impliquées dans la digestion étaient, comme prévu, fortement exprimées dans la langue. »
« De même, les récepteurs du goût umami étaient également exprimés dans la langue, cependant, les récepteurs du goût sucré n’étaient pas exprimés dans ce tissu. »
« Ce modèle d’expression des récepteurs du goût, combiné à la contraction putative du répertoire des gènes des récepteurs du goût amer dans le génome du numbat, pourrait indiquer une adaptation évolutive potentielle à leur régime spécialisé de mangeurs de termites. »
« Les répertoires de gènes de voméronasal et d’aquaporine étaient similaires à ceux d’autres marsupiaux et n’ont subi ni expansion ni contraction. »
« La cartographie du génome numbat est une merveilleuse réalisation scientifique qui jouera un rôle vital dans nos efforts de conservation », a déclaré Reece Whitby, secrétaire à l’environnement et à la protection du climat de Washington.
« L’Australie-Occidentale est un point chaud de la biodiversité avec certaines des espèces sauvages les plus uniques au monde. »
« Cette faune doit être comprise et protégée et le partenariat entre le zoo de Perth et le zoo DNA aidera à y parvenir. »
« Un grand merci à toutes les personnes impliquées et j’attends avec impatience d’autres résultats passionnants. »
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Emma Peel et al. Numbat (Myrmecobius fasciatus), le seul marsupial termitivore. bioRxiv, publié en ligne le 14 février 2022 ; doi: 10.1101/2022.02.13.480287