Les scientifiques ont produit la première carte génétique des chimpanzés à l’état sauvage, offrant une reconstruction détaillée des migrations passées de l’espèce menacée, et un nouvel outil pour lutter contre le trafic illégal.
Le catalogue génomique, qui comprend 828 individus de toute leur vaste aire de répartition africaine, peut désormais être utilisé pour relier les chimpanzés kidnappés – ou leur viande et leurs parties corporelles – à leur lieu d’origine dans un rayon de 100 kilomètres.
Les résultats de ce projet de recherche d’une durée d’un an ont été publiés mercredi dans la revue Génomique cellulaire.
Claudia Fontsere, première auteure de l’Institut de biologie évolutive en Espagne, a déclaré à l’ : « Si nous pouvons connaître la diversité génétique de cette espèce en voie de disparition et son histoire démographique passée… cela peut aider à concevoir un meilleur plan de conservation ».
Des échantillons d’ADN ont été prélevés sur des milliers d’excréments de chimpanzés dans le cadre du programme panafricain dans 48 sites d’Afrique centrale et occidentale.
Les échantillons fécaux sont un moyen utile d’étudier les espèces en voie de disparition car ils permettent une collecte extensive avec une interférence minimale pour les animaux.
Mais ils présentent également des défis techniques car ils ne contiennent que des traces d’ADN hôte.
Pour surmonter ces contraintes, l’équipe a appliqué une nouvelle technique de séquençage de l’ADN appelée « capture de cible » qui a d’abord été utilisée pour étudier les Néandertaliens dont les restes ont été dégradés pendant des milliers d’années.
Cela leur a permis de découvrir 50 % de variantes de plus sur un chromosome particulier – le numéro 21 – que ce qui avait été trouvé auparavant, et de déduire le flux génétique passé entre les populations de chimpanzés, comblant les lacunes de la compréhension scientifique.
Auparavant, seuls 59 génomes entiers de chimpanzés avaient été séquencés, principalement d’animaux captifs avec des informations limitées sur leur origine.
Migrations complexes
Tout comme les humains, les chimpanzés ont des histoires de migration complexes, et la nouvelle recherche a permis aux scientifiques de revenir sur les 100 000 dernières années à un nouveau niveau de détail.
« Il y a eu beaucoup de débats sur la question de savoir si les quatre sous-espèces de chimpanzés ont vraiment divergé les unes des autres ou s’il y a eu un flux génétique persistant entre elles », a déclaré à l’ Mimi Arandjelovic, co-auteur principal de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutive.
« Nous avons pu montrer, en utilisant différentes méthodes d’analyses qui s’intéressent à des variations très anciennes et plus récentes, que l’histoire est complexe, un peu comme celle de notre propre espèce. »
L’équipe a appris que les sous-espèces de chimpanzés étaient séparées dans le passé, mais ont également connu des périodes d’échange génétique, ce qui explique pourquoi les études antérieures qui tentaient de reconstruire l’histoire évolutive des chimpanzés sont parvenues à des conclusions différentes.
Ils ont découvert que les barrières géographiques telles que les lacs et les rivières créaient également des barrières génétiques entre les sous-espèces ainsi qu’entre les communautés, et ont découvert de nouvelles informations sur les périodes où les chimpanzés se sont croisés avec les bonobos.
Surtout, ils ont confirmé qu’il y avait un niveau élevé de connectivité entre les chimpanzés occidentaux, soulignant la nécessité de préserver les connexions entre les forêts à travers l’Afrique de l’Ouest, a déclaré Arandjelovic.
Fontsere a expliqué que la carte génétique pourrait aider à déterminer d’où venaient les chimpanzés victimes de trafic illégal.
Bien que la réintroduction des chimpanzés dans la nature soit une tâche ardue en raison de la structure sociale complexe des animaux, la recherche a montré qu’ils réussissent mieux lorsqu’ils sont placés dans un sanctuaire près de leur lieu d’origine.
« Cela peut aider les forces de l’ordre à examiner les itinéraires les plus probables, nous pouvons les retracer », a déclaré Fontsere.
Ils espèrent ensuite améliorer la carte génétique avec plus d’échantillons et, après avoir prouvé que l’ADN fécal est une option viable, étendre son utilisation pour étudier d’autres primates.
Claudia Fontsere et al, Dynamique des populations et connectivité génétique dans l’histoire récente des chimpanzés, Génomique cellulaire (2022). DOI : 10.1016/j.xgen.2022.100133 , www.cell.com/cell-genomics/ful … 2666-979X(22)00062-3
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