Des micro-organismes parfaitement adaptés vivent dans des environnements extrêmes, des tranchées profondes aux sommets des montagnes. En savoir plus sur la façon dont ces extrémophiles survivent dans des conditions hostiles pourrait informer les scientifiques sur la vie sur Terre et sur la vie potentielle sur d’autres planètes.
Dans le Journal de recherche sur le protéomedes chercheurs détail une méthode pour une identification extrémophile plus précise basée sur des fragments de protéines plutôt que sur du matériel génétique. L’étude a identifié deux nouvelles bactéries résistantes provenant de lacs de haute altitude au Chili, un environnement comme le début de Mars.
Même si les humains ont tendance à éviter de s’installer dans des zones extrêmement chaudes, froides ou à haute altitude, certains micro-organismes se sont adaptés pour vivre dans des endroits aussi difficiles. Ces microbes extrémophiles intéressent les astrobiologistes qui recherchent la vie sur d’autres planètes.
Les chercheurs utilisent actuellement le séquençage de gènes individuels pour identifier les microbes terrestres en fonction de leur ADN. Cependant, les méthodes actuelles ne permettent pas de distinguer les espèces d’extrémophiles étroitement apparentées. Ainsi, Ralf Moeller et ses collègues ont étudié s’ils pouvaient identifier un extrémophile en utilisant sa signature protéique plutôt qu’une séquence génétique.
Les chercheurs ont commencé leur démonstration avec des échantillons d’eau provenant de cinq lacs andins de haute altitude à plus de 2,3 milles au-dessus du niveau de la mer dans l’Altiplano chilien. (Pour référence, Denver se trouve à environ 1,6 km au-dessus du niveau de la mer.) À partir des échantillons, les chercheurs ont cultivé 66 microbes et ont ensuite déterminé laquelle des deux méthodes identifiait le mieux les micro-organismes :
Grâce à ces méthodes, les chercheurs ont identifié 63 des 66 micro-organismes cultivés à partir des échantillons de lacs de haute altitude. Pour les trois micro-organismes que le séquençage génétique n’a pas réussi à identifier parce que leurs informations génétiques ne figuraient pas dans la base de données disponible, le protéotypage a identifié deux types potentiellement nouveaux de bactéries extrémophiles.
Ces résultats suggèrent que le protéotypage pourrait constituer une solution plus complète pour identifier les micro-organismes extrémophiles à partir de petits échantillons biologiques. L’équipe affirme que le profilage des protéines pourrait un jour nous aider à rechercher et à identifier la vie extraterrestre et à mieux explorer la biodiversité sur notre propre planète.
Plus d’information:
Katharina Runzheimer et al, Exploration des extrémophiles des lacs andins de haute altitude grâce au protéotypage avancé, Journal de recherche sur le protéome (2024). DOI : 10.1021/acs.jproteome.3c00538