La baie chinoise, Myrica rubra, est un fruit subtropical très apprécié pour sa saveur distinctive, ses bienfaits nutritionnels et son importance économique. Cependant, les assemblages génomiques précédents manquaient de continuité de séquence, ce qui empêchait des études génétiques approfondies. En raison de ces défis, une étude détaillée des facteurs génétiques influençant la qualité des fruits de la baie était nécessaire.
Des chercheurs du Laboratoire clé d’État pour la gestion des menaces biotiques et chimiques pesant sur la qualité et la sécurité des produits agricoles ont fait une découverte monumentale. Leur travail, publié le 30 janvier 2024, dans Recherche horticoledétaille l’assemblage du génome de référence T2T pour le cultivar « Zaojia » et une étude d’association pangénomique (GWAS) qui révèle les facteurs génétiques influençant la qualité des fruits de la baie.
L’étude a utilisé de longues lectures PacBio HiFi pour assembler un génome T2T de 292,60 Mo pour le cultivar de baie « Zaojia », améliorant ainsi considérablement la continuité du génome. Les chercheurs ont identifié 6 649 674 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et ont effectué une GWAS sur 173 accessions, reliant 1 937 SNP à 1 039 gènes associés à 28 caractères de qualité des fruits. Notamment, un cluster SNP sur le chromosome 6 s’est avéré réguler la couleur du fruit, impliquant deux gènes MYB et un gène protéique de type MLP qui augmentaient la production d’anthocyanes.
Cette étude fournit une ressource génétique complète pour les futurs programmes de sélection de baies de baie, en se concentrant sur des caractéristiques telles que la couleur, la taille et le contenu nutritionnel du fruit.
Le Dr Shuwen Zhang, chercheur principal, a déclaré : « Cette avancée dans l’assemblage d’un génome de référence sans lacunes pour le bayberry chinois ouvre de nouvelles voies pour la recherche génétique et la sélection. Nos découvertes sur les déterminants génétiques des caractères de qualité des fruits amélioreront considérablement l’efficacité de programmes de sélection, conduisant à des variétés améliorées de baies de baie avec de meilleurs profils de couleur, de taille et de nutrition.
L’achèvement de ce génome de référence et l’identification des principales variations génétiques ont de profondes implications pour la sélection et la culture du bayberry. Les connaissances génétiques tirées de cette étude faciliteront le développement de marqueurs moléculaires pour une sélection ciblée, permettant la sélection de caractères de fruits supérieurs.
À terme, cette recherche contribuera à la production de baies de baie de haute qualité, bénéficiant à la fois aux producteurs et aux consommateurs. Les résultats fournissent également une ressource génétique précieuse pour étudier d’autres espèces apparentées, faisant ainsi progresser le domaine de la génomique horticole.
Plus d’information:
Shuwen Zhang et al, l’assemblage du génome de référence T2T et l’étude d’association à l’échelle du génome révèlent la base génétique de la qualité des fruits de la baie chinoise, Recherche horticole (2024). DOI : 10.1093/hr/uhae033