Dans une étude publiée aujourd’hui dans la revue Communication Naturedes chercheurs de la Lewis Katz School of Medicine de l’Université Temple ont défini 11 sous-ensembles de cellules trouvées dans l’œsophage de souris, des informations qui pourraient potentiellement aider les cliniciens à diagnostiquer ou à traiter certains types de cancer.
Le tissu de l’œsophage, connu sous le nom d’épithélium pavimenteux stratifié, est composé d’une couche basale qui donne finalement naissance à plusieurs couches de cellules différenciées. Dans cette étude, les chercheurs ont cherché à savoir si les cellules basales étaient toutes identiques ou s’il existait des différences dans l’expression de leurs gènes.
« Ce travail jette les bases pour répondre aux questions sur la relation entre ces cellules et le développement du cancer », a déclaré Kelly Whelan, PhD, auteur principal de l’étude et professeur adjoint de cancer et de biologie cellulaire et professeur adjoint au Fels Cancer Institute for Personalised médecine à la Lewis Katz School of Medicine.
« La prochaine question que nous avons est de savoir si nous donnons à une souris un cancérogène, est-ce qu’un sous-ensemble particulier se développe ou est-ce qu’un autre sous-ensemble particulier est épuisé ? Si tel est le cas, nous voudrions savoir si les types de cellules qui changent dans le contexte du cancer contribuent fonctionnellement à la processus du cancer et si nous pouvons les cibler pour aider à traiter ou à prévenir le cancer », a-t-elle déclaré.
Pour commencer à répondre à ces questions, Whelan et ses collègues chercheurs ont utilisé le profilage de l’expression génique dans une seule cellule, un outil qui identifie tous les gènes d’une cellule ou d’un tissu qui fabriquent l’ARN messager. Ces profils peuvent ensuite être utilisés pour identifier les types de cellules individuelles dans un tissu complexe.
« Essentiellement, nous avons prélevé plus de 40 000 cellules de l’épithélium œsophagien de souris et utilisé leurs profils d’expression génique individuels pour les regrouper en fonction de leurs points communs », a-t-elle déclaré.
Lorsqu’ils ont commencé l’étude, Whelan a déclaré que les chercheurs s’attendaient à trouver environ trois sous-ensembles de cellules classées comme basales, mais ils ont en fait trouvé six sous-ensembles, ainsi que quatre qui ont été classés comme différenciés. De plus, un type de cellule s’est avéré avoir des caractéristiques à la fois des cellules basales et différenciées et a été défini comme un type de cellule intermédiaire.
« Nous travaillons maintenant à isoler ces types de cellules individuelles afin de déterminer ce que les cellules font fonctionnellement en termes de biologie œsophagienne dans le contexte normal d’abord, puis dans le contexte du cancer. Cette étude est une étape fondamentale vers cela », a déclaré Whelan .
Mohammad Faujul Kabir et al, L’analyse transcriptomique d’une seule cellule révèle la diversité cellulaire de l’épithélium oesophagien murin, Communication Nature (2022). DOI : 10.1038/s41467-022-29747-x