Le marsouin aptère d’Asie de l’Est (Neophocaena asiaeorientalis sunameri) est une petite espèce de cétacé d’eau douce. Cette espèce est un groupe de baleines à dents de petite taille qui sont principalement réparties en Asie du Sud et de l’Est. Leur distribution comprend les eaux côtières de l’ouest de l’océan Pacifique, de l’océan Indien, de la mer du Japon, et elles apparaissent également dans la mer de Bohai, la mer Jaune, la mer de Chine orientale, la mer de Chine méridionale et les cours moyen et inférieur du fleuve Yangtze en chinois. des eaux. Des recherches antérieures ont révélé que la différenciation génétique entre le marsouin sans nageoires du Yangtze (N. a. asiaeorientalis) et le marsouin sans nageoires d’Asie de l’Est atteignait un niveau interspécifique.
Dans cette étude publiée dans la revue Données scientifiquesdes chercheurs de BGI Genomics ont aidé à générer un assemblage génomique sans faille pour le marsouin aptère d’Asie de l’Est afin de fournir de nouvelles ressources pour la génomique comparative des cétacés et la biologie de la conservation des espèces menacées.
Un assemblage de génome sans lacunes signifie que le génome entier a été reconstitué sans lacunes ni sections manquantes. La génération d’un assemblage de génome sans lacunes est une réalisation importante car elle permet une compréhension plus précise de la génétique d’un organisme et peut donner un aperçu de son histoire évolutive.
Les chercheurs ont réussi à générer un assemblage de génome sans lacune pour le marsouin sans nageoires, ce qui est une réalisation importante. Il a une taille d’environ 2,5 Go sur ses 21 autosomes et ses deux chromosomes sexuels. Un total de 22 814 gènes codant pour des protéines ont été prédits, dont 97,31 % étaient annotés de manière fonctionnelle, ce qui signifie que 95,3 % du génome a été reconstitué en tronçons continus sans aucune lacune.
L’assemblage du génome possède également un échafaudage N50 de 1,2 Mb, qui est une mesure de la taille des plus grandes étendues contiguës du génome. Un échafaudage N50 plus grand indique une reconstruction de la séquence d’ADN du génome entier de meilleure qualité. Les chercheurs ont également identifié une énorme quantité de gènes codant pour les protéines dans l’assemblage du génome.
En plus de générer l’assemblage du génome, les chercheurs ont également effectué diverses analyses pour étudier l’histoire évolutive du marsouin sans nageoires et son adaptation à son environnement aquatique. Ils ont découvert que ce mignon cétacé possède des adaptations génétiques qui sont probablement importantes pour sa survie dans les habitats d’eau douce, notamment des gènes impliqués dans l’osmorégulation (la régulation de l’équilibre hydrique et électrolytique dans le corps) et la détoxification.
Les chercheurs ont également identifié un certain nombre de gènes impliqués dans l’ouïe, l’olfaction et l’immunité qui sont propres au marsouin aptère.
Dans l’ensemble, cette étude représente une avancée importante dans notre compréhension du marsouin aptère d’Asie de l’Est et de sa génétique. L’assemblage sans faille du génome et l’identification de gènes uniques fourniront probablement une ressource précieuse pour les recherches futures sur cette espèce et son histoire évolutive.
À l’avenir, ces recherches pourraient nous aider à mieux comprendre et protéger cet animal qui fait face à de nombreuses menaces dans son habitat naturel. Il peut également être utile pour des études comparatives avec d’autres espèces de cétacés et pour comprendre l’histoire évolutive des cétacés dans leur ensemble.
Plus d’information:
Denghua Yin et al, Gapless genome assembly of East Asian finless marsouin, Données scientifiques (2022). DOI : 10.1038/s41597-022-01868-4