Depuis qu’il a été identifié chez l’homme en 2019, le SRAS-CoV-2 a infecté une grande variété d’espèces animales, sauvages et domestiquées. Il existe de nombreuses inquiétudes quant au fait que ces sauts d’espèces pourraient entraîner de nouvelles mutations et même de nouvelles variantes nocives.
Dans un nouveau rapport, des chercheurs de l’École de médecine vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie et de l’École de médecine Perelman ont découvert que dans au moins un exemple de transmission interspécifique apparente, le franchissement de la lignée des espèces n’a pas entraîné l’acquisition par le virus d’un nombre important de mutations.
Écrire dans le journal virusles scientifiques ont identifié un chat domestique traité par Penn Vet à l’hôpital Ryan qui a été infecté par la variante delta du SRAS-CoV-2 suite à une exposition par son propriétaire. La séquence complète du génome du virus correspondait étroitement aux séquences virales circulant chez les personnes de la région de Philadelphie à l’époque.
« Le SRAS-CoV-2 a une gamme d’hôtes vraiment incroyablement large », explique Elizabeth Lennon, auteur principal de l’article, vétérinaire et professeur adjoint à Penn Vet, qui doit également observer ce qui se passe chez d’autres espèces animales.
La découverte est le premier exemple publié de la variante delta trouvée chez un chat domestique aux États-Unis. Remarquablement, l’infection du chat n’a été identifiée qu’en testant ses excréments. Un prélèvement nasal n’a montré aucun test positif.
« Cela a mis en évidence l’importance de l’échantillonnage à partir de plusieurs sites corporels », déclare Lennon. « Nous n’aurions pas découvert cela si nous avions juste fait un prélèvement nasal. »
Lennon et ses collègues dépistaient les chiens et les chats pour le SRAS-CoV-2 depuis le début de la pandémie. Ce chat domestique particulier, une femelle de 11 ans, a été emmené à l’hôpital Ryan en septembre avec des symptômes gastro-intestinaux. Il avait été exposé à un propriétaire qui avait le COVID-19 – bien que ce propriétaire se soit isolé du chat 11 jours avant d’être hospitalisé pendant qu’un autre membre du ménage s’occupait du chat entre-temps.
En collaboration avec le Penn Center for Research on Coronaviruses and Other Emerging Pathogens et le laboratoire du microbiologiste de la Perelman School of Medicine Frederic Bushman, l’équipe a obtenu une séquence complète du génome du virus félin.
Le séquençage a révélé la variante Delta, plus précisément la lignée AY.3. Les chercheurs n’avaient pas d’échantillon du propriétaire infecté. Cependant, en comparant la séquence à la base de données du laboratoire Bushman, le virus félin n’avait rien d’extraordinaire par rapport aux séquences du SRAS-CoV-2 circulant dans la région de la vallée du Delaware à l’époque.
« Lorsque nous avons examiné un échantillon aléatoire de séquences humaines de notre zone géographique, il n’y avait pas de différences dramatiques dans l’échantillon de notre chat », explique Lennon. « Nous avons donc conclu que le chat n’était pas infecté par un virus complètement différent. »
Toutes les variantes du SRAS-CoV-2 n’ont pas été également capables d’infecter une variété d’hôtes. Par exemple, la souche originale de Wuhan ne pouvait pas infecter naturellement les souris ; Les variantes ultérieures ont acquis cette capacité. Les scientifiques surveillent les infections chez les chats et les chiens depuis les premiers jours de la pandémie, qui auraient été infectés par des contacts étroits avec leurs propriétaires.
« Une découverte clé ici est qu’à mesure que différentes variantes du SRAS-CoV-2 émergent, elles semblent conserver la capacité d’infecter une grande variété d’espèces », a déclaré Lennon.
Bien que ce cas particulier ne sonne pas l’alarme parce que le virus prend un nombre important de mutations lorsqu’il passe d’une espèce à l’autre, Lennon et ses collègues, dont Bushman et Susan Weiss de la Penn School of Medicine, espèrent étudier d’autres exemples pour voir comment le SRAS- Le CoV-2 évolue. L’Institut Penn Vet pour les maladies infectieuses et zoonotiques facilitera cet examen des interactions homme-animal dans la transmission des agents pathogènes.
« Nous savons que le SRAS-CoV-2 subit des changements au fil du temps pour devenir de plus en plus transmissible », déclare Lennon. « Nous l’avons vu avec la variante Omicron. Elle s’adapte aux gens. Nous voulons également savoir si d’autres espèces animales sont infectées, le virus commence-t-il à s’adapter à ces espèces ? Et pour les virus qui pourraient s’adapter à une autre espèce, infectent-ils toujours les humains ?
Elizabeth Lennon est professeure adjointe Pamela Cole de médecine interne à l’École de médecine vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie.
Les co-auteurs de Lennon sur l’étude étaient Oliva C. Lenz et Stephen D. Cole de Penn Vet, et Andrew D. Marques, Brendan J. Kelly, Kyle G. Rodino, Ranawaka APM Perera, Susan R. Weiss et Frederic D. de la Perelman School of Medicine Bushman.
Lenz et Marques étaient co-premiers auteurs et Lennon est l’auteur correspondant.
Le soutien à l’étude est venu du Penn Vet COVID-19 Research Fund, des Centers for Disease Control and Prevention (Grants BAA 200-2021-10986 et 75D30121C11102/000HCVL1-2021-55232), des dons philanthropiques au Penn Center for Research on Coronaviruses et autres agents pathogènes émergents et les National Institutes of Health (subventions HL137063, AI140442 et AI121485).