À l’été 2020, des mois après que l’Organisation mondiale de la santé a déclaré la COVID-19 comme une pandémie mondiale, Samira Mubareka et ses collègues ont commencé à tester la faune en Ontario et au Québec pour le nouveau coronavirus SARS-CoV-2.
« Assez tôt dans la pandémie, nous savions qu’il y avait des retombées des humains sur les animaux », a déclaré Mubareka, qui est chercheur clinicien au Sunnybrook Research Institute et professeur agrégé au département de médecine de laboratoire et de pathobiologie de la faculté de médecine de Temerty à l’Université de Toronto. « Il y a eu des rapports d’animaux de zoo et de compagnie infectés, ainsi que des épidémies dans des élevages de visons. »
La surveillance de la faune est un aspect important, mais moins discuté, de la réponse à la pandémie. Les agents pathogènes qui peuvent faire des allers-retours entre les animaux et les humains, comme le SRAS-CoV-2 semble le faire, sont particulièrement inquiétants. Lorsqu’il est introduit dans de nouveaux hôtes animaux, l’agent pathogène peut établir un nouveau réservoir de maladie qui permet à de nouvelles variantes d’évoluer et de se répercuter potentiellement sur l’homme. Ces nouvelles variantes peuvent parfois être plus difficiles à détecter ou à traiter chez l’homme et pourraient contribuer à une maladie plus grave.
Pour répondre à ces questions complexes, Mubareka s’est joint à un groupe de travail collaboratif composé de chercheurs d’universités, d’hôpitaux et d’organismes gouvernementaux provinciaux et fédéraux de premier plan.
La surveillance initiale par l’équipe de plus de 20 espèces sauvages différentes, y compris les ratons laveurs, les mouffettes et les chauves-souris, n’a révélé aucune preuve d’infection par le SRAS-CoV-2.
Puis, en 2021, des chercheurs aux États-Unis ont commencé à signaler une exposition généralisée des cerfs au SRAS-CoV-2, ce qui a incité Mubareka et ses collègues à concentrer leurs efforts sur le cerf de Virginie que l’on trouve couramment en Ontario et au Québec.
Cette fois-ci, ils ont trouvé ce qu’ils cherchaient. Dans ce qui est devenu la première détection d’infection par le SRAS-CoV-2 dans la faune canadienne, le groupe a confirmé le matériel génétique du SRAS-CoV-2 dans des écouvillons nasaux de trois cerfs du sud du Québec, dont deux à partir desquels ils ont pu isoler le virus vivant.
Dans une nouvelle étude publiée dans Microbiologie naturelleMubareka et ses collègues ont identifié une nouvelle variante très divergente du SRAS-CoV-2 chez le cerf de Virginie de l’Ontario, et la première preuve de transmission du cerf à l’homme.
La nouvelle variante est un descendant d’un virus B.1 parental plus ancien et possède 76 mutations par rapport à la souche ancestrale SARS-CoV-2. En comparaison, les variantes alpha, bêta et delta avaient entre 24 et 31 mutations tandis que la variante omicron BA.5 actuellement dominante a 105 mutations.
« Je ne m’attendais pas à trouver ce virus très divergent, ce qui suggère qu’il circule et évolue chez les cerfs depuis des mois et des mois », a déclaré Mubareka, membre du comité directeur du Emerging and Pandemic Infections Consortium, un U de T initiative stratégique institutionnelle.
Même si la nouvelle variante présentait quelques mutations dans sa protéine de pointe, elle était toujours reconnue et efficacement neutralisée par des échantillons de sang de personnes qui s’étaient remises du COVID-19 ou avaient reçu deux ou trois doses du vaccin. Cela suggère que contrairement aux mutations d’omicron, les modifications génétiques de cette variante ne l’aident pas à échapper aux anticorps générés par la vaccination ou une infection antérieure.
Les chercheurs ont également comparé la séquence génétique de cette nouvelle variante à des séquences d’humains qui avaient été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 en Ontario à cette époque. Étonnamment, ils ont identifié une séquence qui correspondait étroitement à la variante du cerf de Virginie, suggérant que le virus s’est propagé à l’homme au moins une fois.
« Il existe de nombreuses interfaces homme-cerf, y compris des interactions publiques avec des cerfs sauvages et des cerfs captifs pour l’élevage, l’exposition ou la chasse. Pour de nombreuses communautés, les cerfs sont importants à la fois du point de vue de la sécurité alimentaire et d’un point de vue culturel », a déclaré Mubareka.
Plutôt que de dissuader complètement les gens d’interagir avec les cerfs, l’Agence de la santé publique du Canada a émis de nouvelles recommandations pour réduire les risques pour les chasseurs, les trappeurs et les autres personnes qui travaillent en étroite collaboration avec la faune. Celles-ci comprennent le port d’un équipement de protection individuelle approprié lors de la manipulation d’une carcasse, la transformation des carcasses à l’extérieur ou dans un endroit bien ventilé et la cuisson de la viande à une température interne de 74 °C pour tuer les parasites, les virus ou les bactéries.
« Habituellement, lorsque vous trouvez un nouveau virus qui s’est propagé entre les espèces, vous voulez comprendre à quel point il est dangereux », a déclaré Mubareka. « Notre travail de suivi va se concentrer sur ce que fait ce virus dans les cellules humaines et animales, et comment il se transmet. »
Elle collabore avec Haibo Zhang (Unity Health) et Theo Moraes (SickKids), qui sont membres du corps professoral de la Faculté de médecine de Temerty et membres de l’EPIC, pour étudier le comportement du virus dans les organoïdes pulmonaires et les cellules nasales cultivées en laboratoire. Elle travaille également avec des collaborateurs pour se plonger dans le système immunitaire des cerfs afin de comprendre comment le SRAS-CoV-2 a pu évoluer à un tel point chez ces animaux.
Pour faire face à la possibilité que cette nouvelle variante se propage du cerf à d’autres espèces fauniques, Mubareka s’associe à nouveau avec des partenaires aux niveaux provincial et fédéral, dont l’Agence canadienne d’inspection des aliments, le ministère des Richesses naturelles et des Forêts de l’Ontario et le ministère des Forêts. , de la Faune et des Parcs au Québec, et dans plusieurs institutions pour intensifier la surveillance de la faune dans le sud-ouest de l’Ontario et du Québec.
« Afin de vraiment comprendre ce que ce virus fait dans les populations animales et comment cela pourrait avoir un impact sur la santé humaine, la collaboration est essentielle », a-t-elle déclaré.
Plus d’information:
Bradley Pickering et al, une variante divergente du SRAS-CoV-2 apparaît chez le cerf de Virginie avec transmission du cerf à l’homme, Microbiologie naturelle (2022). DOI : 10.1038/s41564-022-01268-9