Primulina hunanensis est une plante herbacée vivace du genre Primulina Hance de la famille des Gesneriaceae. Il est très adaptable aux environnements de grottes peu éclairées et arides, et est unique dans son évolution d’espèce et son adaptation environnementale. P. hunanensis a de belles fleurs et une forme gracieuse qui le rend précieux pour la culture horticole.
Cependant, son habitat est unique et son aire de répartition extrêmement étroite, présente dans un seul comté de la province du Hunan. La population sauvage est estimée à moins de 800 plantes et elle est classée comme plante en voie de disparition, ce qui représente une très petite population de plantes sauvages dans le Hunan.
La recherche sur le génome mitochondrial (ADNmt) a également été appliquée à la conservation des plantes et à l’amélioration génétique. Chez les Gesneriaceae, l’ADNmt de seulement deux espèces a été signalé.
Des chercheurs du Jardin botanique de Wuhan de l’Académie chinoise des sciences, en collaboration avec des chercheurs de l’Université normale du Hunan, ont réalisé pour la première fois le séquençage et l’assemblage de l’ADNmt complet de P. hunanensis en utilisant la dernière technologie de séquençage avec l’avantage de la longue durée de vie. -lit (Nanopore).
Le résultats ont été publiés dans Génomique BMC intitulé « Assemblage et analyse comparative du génome mitochondrial complet initial de Primulina hunanensis (Gesneriaceae) : une plante troglodyte en voie de disparition. »
Les chercheurs ont analysé les caractéristiques de l’ADNmt de P. hunanensis, notamment le contenu génétique, la préférence d’utilisation des codons, les séquences répétitives, l’édition de l’ARN, ainsi que les relations phylogénétiques comparatives et la covariance du génome avec l’ADNmt publié dans Labiatae.
Ils ont découvert que l’ADNmt de P. hunanensis mesurait 575 242 pb de longueur totale, avec une teneur en GC de 43,54 %. Les données à lecture longue ont soutenu l’assemblage en une structure linéaire codant pour un total de 60 gènes, dont 37 gènes codant pour des protéines, 20 gènes d’ARN de transfert et trois gènes d’ARN de ribosome.
De plus, les gènes codant pour les protéines représentaient 9,32 % de la longueur totale de l’ADNmt, et un total de 31 codons avaient des valeurs relatives d’utilisation de codons synonymes supérieures à 1,116 répétitions simples, sept répétitions en tandem et 362 séquences de répétitions dispersées ont été détectées, et 455 séquences potentielles Des sites d’édition d’ARN ont été identifiés.
Les résultats de covariance ont indiqué un grand nombre de réarrangements génomiques entre P. hunanensis et des espèces étroitement apparentées. La topologie de la phylogénie basée sur le génome mitochondrial a montré que P. hunanensis était étroitement apparenté à Boea hygrometrica.
Il s’agit du premier ADNmt complet de Primulina et du troisième ADNmt complet de Gesneriaceae à être signalé, ce qui constitue un ajout important à la base de données limitée d’ADNmt de plantes.
Plus d’information:
Lingling Chen et al, Assemblage et analyse comparative du génome mitochondrial complet initial de Primulina hunanensis (Gesneriaceae) : une plante troglodyte en voie de disparition, Génomique BMC (2024). DOI : 10.1186/s12864-024-10247-9