Bien que certains chercheurs aient identifié des peptides par de multiples méthodes, comme chez Arabidopsis et le maïs, les fonctions biologiques de la plupart des peptides non conventionnels (PCN) restent à démontrer. Les NCP fonctionnent en modulant des protéines régulatrices plus grandes, et leurs fonctions peuvent donc être prédites à partir des protéines sur lesquelles elles agissent. En outre, les fonctions des NCP peuvent également être prédites par des études d’association à l’échelle du génome, telles que la combinaison de NCP avec un locus de traits quantitatifs (QTL) ou une analyse de domestication. Les études sur les NCP des baies de raisin sont rares et seules quelques études sur les peptides codés par des séquences de miARN primaires ont été rapportées.
Récemment, des scientifiques de l’Université des sciences et technologies du Henan ont identifié 188 et 2 021 peptides non redondants à partir de la base de données des protéines Arabidopsis thaliana et Vitis vinifera à Ensembl/URGI et une base de données peptidogénomique individualisée, respectivement. Ils ont ensuite analysé les distributions chromosomiques des NCP et des CP et les origines des NCP. Les NCP étaient répandus dans le génome du raisin et les schémas de distribution des NCP et des CP sur les chromosomes du raisin différaient.
Pour analyser les fonctions des NCP, les chercheurs ont comparé les emplacements des NCP avec ceux des QTL, des rétrotransposons LTR et des régions de sélection de domestication. Environ 94 % des PCN étaient situés dans des QTL, y compris ceux associés au développement, à la qualité intrinsèque, à la résistance aux maladies et à la qualité des fruits. Ils ont également cherché à savoir si les PCN présentaient une spécificité développementale. Cette identification à grande échelle des PCN fournit des informations importantes qui approfondissent notre compréhension de ces petites molécules dans le raisin.
« Notre étude est la première à identifier de manière approfondie les NCP dans le raisin. Elle a démontré qu’il y avait une grande quantité de traduction dans le génome », a déclaré le professeur Guo. Ces résultats constituent une base pour l’étude des fonctions des NCP et fournissent également une référence pour la découverte de nouveaux gènes fonctionnels dans le raisin.
La recherche a été publiée dans Recherche horticole.
Mao-Song Pei et al, Découverte à grande échelle de peptides non conventionnels dans le raisin (Vitis vinifera L.) grâce à la peptidogénomique, Recherche horticole (2022). DOI : 10.1093/h/uhac023
Fourni par l’Université agricole de Nanjing L’Académie des sciences