La surveillance des échantillons d’eaux usées pour les résidus de coronavirus a permis aux chercheurs autrichiens de déterminer quand l’omicron est devenu la variante dominante et de suivre la transmission du virus dans les communautés
Santé
18 juillet 2022
Une personne prélève des échantillons d’eaux usées près d’une maison de retraite à Marseille, en France, pour détecter des traces de coronavirus en décembre 2020 Arnold Jerocki/Getty Image
L’analyse des eaux usées peut identifier efficacement l’arrivée d’une nouvelle variante de Covid-19 dans une communauté, ainsi que l’étendue et la durée de la propagation du virus.
La surveillance des eaux usées a été utilisée dans le monde entier tout au long de la pandémie pour analyser des échantillons d’eaux usées à la recherche de résidus de virus excrétés dans leurs matières fécales par les personnes infectées.
Mais aucune étude n’avait examiné la fiabilité de la méthode pour identifier une nouvelle variante ou pour déterminer la vitesse et la distance à laquelle le virus se propage.
Pour en savoir plus, Andreas Bergthaler de l’Université de médecine de Vienne et ses collègues ont prélevé des échantillons d’eaux usées de décembre 2020 à février 2022, couvrant 59 % de la population autrichienne, soit environ 9 millions de personnes. Les résultats de l’étude en cours seront intégrés dans la politique autrichienne – acteurs depuis la mi-2021.
L’équipe a comparé les données de surveillance des eaux usées avec les résultats des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) Covid-19. Lorsqu’il s’agissait d’identifier de nouvelles variantes et de suivre la propagation du virus, les résultats des deux méthodes étaient généralement cohérents.
Comme les données PCR, les échantillons d’eaux usées ont également montré que la variante Omicron la plus transmissible est devenue dominante à travers l’Autriche en quelques semaines, tandis que la variante delta est devenue dominante plus progressivement, a déclaré Bergthaler.
La surveillance des eaux usées peut présenter plusieurs avantages par rapport à la recherche des contacts, qui teste les personnes pour Covid-19 après avoir été à proximité d’une personne potentiellement infectieuse.
En ce qui concerne la surveillance des eaux usées, Bergthaler déclare : « Cette méthode n’est pas sujette à un biais d’échantillonnage, ne nécessite pas de système de santé avancé et peut être considérée comme plus économique par rapport aux tests individuels ».
Mais la surveillance des eaux usées ne trouve pas rapidement les personnes infectées, dit-il.
« Je considère les eaux usées comme un système de surveillance complémentaire à l’épidémiologie classique basée sur l’approvisionnement, le cas échéant », dit-il.
Selon Bergthaler, la méthode pourrait être particulièrement utile dans les pays à faible revenu qui peuvent manquer de ressources pour effectuer une recherche complète des contacts.
« Je m’attends à ce que l’épidémiologie basée sur les eaux usées devienne un outil de surveillance clé dans la lutte mondiale contre les maladies infectieuses », a-t-il déclaré.
Cependant, Francis Hassard de l’Université de Cranfield au Royaume-Uni affirme que la surveillance des eaux usées ne peut être efficace que dans les pays dotés de réseaux d’eaux usées bien connectés. « Dans les environnements aux ressources limitées sans systèmes d’assainissement établis, comme dans les pays du Sud, moins de données sont disponibles », dit-il.
« Le potentiel démontré dans cette étude est peut-être l’une des premières études à aller au-delà de la corrélation des enregistrements épidémiologiques avec les eaux usées en démontrant la faisabilité de l’utilisation des eaux usées comme outil pour calculer la dynamique spatio-temporelle de nouveaux processus. [coronavirus] Variantes », déclare Andrew Singer du UK Centre for Ecology & Hydrology et responsable du programme britannique de surveillance des eaux usées Covid-19.
Référence magazine : biotechnologie naturelleDOI : 10.1038/s41587-022-01387-y
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