Une équipe de chercheurs de l’Université Macquarie, en Australie, a trouvé des preuves montrant que certains Archaea ont des intégrons. Dans leur article publié dans la revue Avancées scientifiquesle groupe décrit comment ils ont utilisé une technique récemment développée appelée génomes assemblés par métagénome (MAG) pour étudier les génomes d’échantillons d’Archaea d’une nouvelle manière, et ce qu’ils ont appris en le faisant.
La vie sur Terre est divisée en trois domaines, Eukarya, Bacteria et Archaea. Le troisième domaine, Archaea, est similaire aux bactéries – ses membres sont souvent appelés Archaebacteria. Comme les bactéries, les archées sont unicellulaires mais contrairement aux bactéries, elles dépendent des lipides dans leurs membranes cellulaires.
Dans ce nouvel effort, les chercheurs examinaient les moyens par lesquels les bactéries et les archées échangeaient des gènes et se demandaient s’il était possible qu’elles aient des intégrons – des systèmes de capture et de diffusion de gènes chez les bactéries qui utilisent des cassettes de gènes pour faire passer les protéines impliquées. Pour le savoir, ils se sont tournés vers MAG, une technique qui permet de rechercher des sites de gène unique et de recombinaison génique appelés AttC qui séquencent le codage de la protéine intégron intégrase (IntI).
En utilisant la technique, ils ont trouvé de nombreuses correspondances. Sur 6 700 génomes scannés, ils ont trouvé 75 correspondances, sur neuf phylums, chaque preuve d’un intégron. Et tous se sont avérés avoir la même structure que les intégrons trouvés dans Bacteria, ce qui a suggéré l’utilisation de cassettes.
Les chercheurs pensaient que cela indiquait que les archées qu’ils avaient identifiées devraient pouvoir échanger des gènes avec des bactéries et vice-versa, aussi facilement que les bactéries échangent des gènes entre elles. Pour prouver que leur idée était correcte, ils ont synthétisé AttC à partir d’un spécimen d’Archaea et l’ont exposé à un spécimen d’E. coli. Les tests ont montré que des cassettes avaient été créées permettant à l’échange de gènes de se produire.
La découverte d’intégrons dans Archaea ouvrira très certainement de nouvelles voies de recherche. L’une d’elles serait d’examiner la possibilité que l’échange de gènes d’Archaea vers des bactéries aide ces dernières à devenir résistantes aux médicaments destinés à les tuer. Les chercheurs notent également qu’il serait utile qu’un génome complet d’Archaea soit mis à disposition.
Plus d’information:
Timothy M. Ghaly et al, Découverte d’intégrons dans Archaea: Plates-formes pour le transfert de gènes inter-domaines, Avancées scientifiques (2022). DOI : 10.1126/sciadv.abq6376
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