Les chercheurs en médecine et en sciences de la vie bénéficieront de l’atlas le plus complet à ce jour de données génétiques sur le poisson zèbre, selon des recherches récemment publiées.
L’atlas aidera les chercheurs à mieux étudier les conditions de divers types de cancer (par exemple, le cancer de la peau), les maladies cardiaques et la neurodégénérescence. Cela pourrait aider davantage de chercheurs à remplacer les modèles de mammifères dans leurs études.
Le consortium DANIO-CODE, une équipe nationale de 27 laboratoires, a travaillé ensemble pour cataloguer les ensembles de données publiés en libre accès compensés par des données nouvellement produites. L’effort a abouti à 140 000 régions d’ADN impliquées dans la régulation de l’expression des gènes chez le poisson zèbre.
L’étude portant sur le poisson zèbre, le deuxième modèle animal le plus utilisé pour la recherche médicale et en sciences de la vie, s’appuie sur 1 802 échantillons avec des millions de points de données chacun et fournit l’image la plus large des régions d’ADN candidates pour la reproduction transgénique et la recherche génétique sur le développement et les maladies.
Apparaissant dans Génétique naturelle aujourd’hui, l’article détaille les éléments d’ADN impliqués dans plusieurs stades embryonnaires du développement et les améliorations apportées à la compréhension de l’équivalence génétique entre le poisson zèbre et la souris.
Ferenc Mueller, professeur de génétique du développement à l’Université de Birmingham qui a dirigé le consortium de cette étude, a déclaré :
« Le catalogage des informations génétiques sur le poisson zèbre est une percée importante qui pourrait sous-tendre certains des développements les plus passionnants en médecine et en sciences de la vie pour les années à venir.
« Le professeur Boris Lenhard de l’Imperial College de Londres et le professeur Carsten Daub du Karolinska Institutet ont joué un rôle déterminant dans la coordination de plus de 50 chercheurs dans le monde. L’atlas/carte qui en résulte témoigne de la façon dont une initiative ascendante de collaboration transfrontalière peut avoir un impact au profit Le catalogue créé par le consortium DANIO-CODE est en libre accès pour garantir que les chercheurs puissent utiliser l’information génétique pour leurs futures études.
« Le poisson zèbre est un modèle incroyablement bénéfique pour les chercheurs. Ce sont des candidats idéaux pour étudier diverses maladies et troubles car ils se développent de manière transparente en tant qu’embryons et ont des propriétés régénératrices inhabituelles. Ces propriétés ont déjà donné aux chercheurs un aperçu de la condition humaine.
« Maintenant, avec notre nouveau catalogue, nous nous rapprochons d’une carte entièrement réalisée à partir de laquelle superposer avec le génome humain. Ce type d’activité permettra aux chercheurs du monde entier de poursuivre au rythme de nouveaux traitements, médicaments et une meilleure compréhension de la maladie humaine et animale.
Carsten Daub, professeur agrégé et chef de groupe, Département des biosciences et de la nutrition (KI) et Science for Life Laboratory au Karolinska Institutet, qui a dirigé l’intégration des données, a déclaré :
« Cette étude approfondie consolide tous les ensembles de données individuels dans un cadre permettant aux chercheurs du monde entier d’aborder des questions qui ne pourraient pas être abordées par les études individuelles. »
Carsten Daub, Atlas multiomique avec stratification fonctionnelle et dynamique de développement des éléments cis-régulateurs du poisson zèbre, Génétique naturelle (2022). DOI : 10.1038/s41588-022-01089-w. www.nature.com/articles/s41588-022-01089-w