Une nouvelle lignée de coronavirus découverte chez des cerfs de l’Ontario

Les scientifiques ont identifié une nouvelle version hautement mutée du coronavirus chez le cerf de Virginie du sud-ouest de l’Ontario qui pourrait avoir évolué chez les animaux depuis la fin de 2020.

Ils ont également trouvé une séquence virale très similaire chez une personne de la région qui avait été en contact étroit avec des cerfs, le premier indice d’une possible transmission du virus du cerf à l’homme.

« Le virus évolue chez le cerf et diffère chez le cerf de ce que nous voyons clairement chez l’homme », a déclaré Samira Mubareka, virologue au Sunnybrook Research Institute et à l’Université de Toronto et auteur du nouvel article.

Le rapport n’a pas encore été publié dans une revue à comité de lecture, et rien ne prouve que la lignée du cerf se propage parmi les humains ou présente un risque accru pour les humains. Des expériences préliminaires en laboratoire suggèrent que la lignée est peu susceptible d’échapper aux anticorps humains.

Mais l’article a été mis en ligne quelques jours seulement après qu’une autre équipe a signalé que la variante alpha avait peut-être continué à se propager et à évoluer chez les cerfs de Pennsylvanie même après sa disparition de la population humaine.

Ensemble, les deux études suggèrent que le virus pourrait circuler parmi les cerfs pendant de longues périodes, augmentant le risque que les animaux deviennent un réservoir à long terme du virus et une source de futures variantes.

« Il n’y a certainement pas lieu de paniquer », a déclaré Arinjay Banerjee, virologue à l’Université de la Saskatchewan qui n’a participé à aucune des deux études.

Mais il a ajouté : « Plus vous avez d’hôtes, plus le virus a d’opportunités d’évoluer ».

Des études antérieures ont montré que le virus est largement répandu chez le cerf de Virginie. La recherche suggère que les humains ont introduit à plusieurs reprises le virus chez les cerfs, qui se le transmettent ensuite les uns aux autres. La façon dont les humains transmettent le virus aux cerfs reste un mystère, et jusqu’à présent, rien ne prouve que les animaux le transmettent aux humains.

L’étude canadienne était une collaboration impliquant plus de deux douzaines de chercheurs d’établissements partout en Ontario. Des scientifiques ont prélevé des écouvillons nasaux et des échantillons de tissus de ganglions lymphatiques sur 300 cerfs de Virginie tués par des chasseurs en Ontario entre le 1er novembre et le 31 décembre 2021. Six pour cent des animaux, tous du sud-ouest de l’Ontario, ont été testés positifs pour le virus. suggérant qu’ils étaient activement infectés lorsqu’ils sont morts.

Les chercheurs ont séquencé les génomes viraux entiers de cinq cerfs infectés et ont découvert une constellation unique de mutations qui n’avaient pas été documentées auparavant. Au total, 76 mutations – dont certaines avaient déjà été trouvées chez des cerfs, des visons et d’autres animaux infectés – différencient la lignée de la version originale du virus.

Les échantillons de cerfs étaient les plus étroitement liés aux échantillons de virus prélevés en novembre et décembre 2020 sur des patients humains au Michigan, non loin du sud-ouest de l’Ontario. Ils ressemblaient également à des échantillons prélevés sur des humains et des visons dans le Michigan au début de l’automne.

Ces résultats, ainsi que la vitesse à laquelle le virus accumule les mutations, suggèrent que la nouvelle lignée pourrait avoir divergé des versions connues du virus et évoluer sans être détectée depuis fin 2020.

Mais son parcours exact n’est pas clair. Une possibilité est que les humains aient transmis le virus directement aux cerfs, puis que le virus ait accumulé des mutations en se propageant parmi les cerfs. Alternativement, la lignée peut avoir évolué, au moins en partie, vers une autre espèce intermédiaire – peut-être du vison d’élevage ou sauvage – qui l’a ensuite transmise d’une manière ou d’une autre au cerf.

« Nous n’avons pas toutes les pièces du puzzle », a déclaré le Dr. Suresh Kuchipudi, microbiologiste vétérinaire à la Penn State University qui n’a pas participé à la recherche, dans un e-mail. « Nous ne pouvons pas exclure l’implication d’un hébergeur intermédiaire. »

Un échantillon de virus prélevé sur un patient humain dans le sud-ouest de l’Ontario à l’automne 2021 correspondait exactement aux échantillons de cerfs. On sait que cette personne a eu des « contacts étroits » avec des cerfs, ont déclaré les chercheurs.

(Ils n’ont pas pu divulguer plus de détails sur la nature de ce contact en raison de problèmes de confidentialité, bien que le Dr Mubareka ait noté que les gens ne devraient pas s’inquiéter des rencontres occasionnelles et indirectes, comme simplement lorsqu’un cerf erre dans leur arrière-cour.)

La taille de l’échantillon est minuscule, ont averti les scientifiques, et il n’y a aucune preuve concluante que la personne a attrapé le virus du cerf. « Nous n’avons pas encore suffisamment d’informations pour confirmer cette transmission à l’homme », a déclaré Roderick Gagne, écologiste des maladies de la faune à l’école de médecine vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie.

Mais au moment où l’échantillon humain a été prélevé, l’Ontario séquençait des échantillons du virus de toutes les personnes de la région qui avaient été testées positives lors d’un test PCR. Les chercheurs n’ont trouvé aucune autre personne infectée par des versions similaires du virus, ce qui rend moins probable qu’il ait évolué indépendamment chez l’homme.

« S’il avait été répandu chez l’homme, même étroit chez l’homme, je pense que nous l’aurions détecté », a déclaré le Dr. Moubareka.

Il n’y a également aucune preuve que la personne infectée par la lignée a transmis le virus à quelqu’un d’autre.

Et les premières données suggèrent que les vaccins existants devraient toujours pouvoir protéger contre la lignée. Les anticorps d’individus vaccinés ont pu neutraliser les pseudovirus – des virus inoffensifs et non réplicatifs – qui avaient été conçus pour ressembler à la lignée des cerfs, ont découvert les scientifiques.

Dans la deuxième étude, des scientifiques des écoles vétérinaires et médicales de l’Université de Pennsylvanie ont analysé des écouvillons nasaux de 93 cerfs morts en Pennsylvanie au cours de l’automne et de l’hiver 2021. Dix-neuf pour cent étaient activement infectés par le virus. Lorsque les chercheurs ont séquencé sept des échantillons, ils ont découvert que cinq des cerfs étaient infectés par la variante delta, tandis que deux étaient infectés par l’alpha.

Au moment où l’échantillon a été collecté, le delta était répandu parmi les habitants des États-Unis, mais la vague alpha qui a frappé les Américains au printemps 2021 s’était depuis longtemps calmée.

« L’alpha semble persister chez le cerf de Virginie même lorsqu’il ne circule pas chez l’homme », a déclaré Eman Anis, microbiologiste à la faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie et auteur de l’étude.

En fait, les spécimens du delta chez les cerfs étaient génétiquement similaires à ceux des humains, ce qui suggère qu’ils avaient franchi les frontières des espèces relativement récemment. Mais les deux séquences alpha s’étaient éloignées plus sensiblement des lignées humaines. (Ils différaient également de manière significative les uns des autres, suggérant que la variante avait été introduite dans la population de cerfs au moins deux fois.)

« La principale conclusion serait que les cerfs subissent une transmission et une infection au sein de leurs populations », a déclaré le Dr. Gagné, auteur de l’étude de Pennsylvanie. « Donc, ce n’est pas seulement un événement de débordement des humains, les cerfs sont infectés et puis ça s’éteint. »

On ne sait pas si ces lignées continuent de circuler et d’évoluer chez les cerfs, tout comme le risque qu’elles peuvent poser aux humains et aux autres animaux.

« Sur la base des informations actuelles, je dirais que le risque que la faune, y compris les cerfs, transmette le virus aux humains est faible », a déclaré Jeff Bowman, chercheur au ministère du Développement du Nord, des Mines, des Ressources naturelles et des Forêts de l’Ontario. écrivain pour le journal Canada.

Mais une surveillance continue est cruciale, ont déclaré les scientifiques. docteur Mubareka a suggéré que les responsables renforcent le filtrage des eaux usées en Ontario et dans d’autres régions voisines pour rechercher spécifiquement la lignée du cerf – et pour s’assurer qu’il ne se propage pas plus largement.

Les experts ont également exhorté les gens à continuer de suivre les directives des responsables de la santé publique, notamment à ne pas nourrir les cerfs ou d’autres animaux sauvages et à porter des gants lors de l’abattage du gibier.

« Nous devrions également réduire le plus grand réservoir de ce virus, qui est nous-mêmes », a déclaré le Dr. Mubareka, « pour nous assurer que nous n’empiétons pas constamment sur les cerfs et que nous ne créons pas ces nouvelles lignées ».