Une équipe de recherche internationale dirigée par des scientifiques de l’Université de Georgetown a découvert que la faune de la ville pourrait représenter moins de menace pour les futures pandémies qu’on ne le pensait.
Dans une étude publiée le 2 mai Écologie de la nature et évolution (« Les espèces de mammifères adaptées aux villes ont des agents pathogènes plus connus »), les chercheurs ont cherché à comprendre si les animaux adaptés à la vie en ville ont tendance à avoir des virus différents. L’étude a été dirigée par Greg Albery, Ph.D., chercheur postdoctoral au Département de biologie du Georgetown University College of Arts and Sciences.
La pandémie de COVID-19 a suscité un intérêt substantiel pour savoir où les futures épidémies risquent le plus d’apparaître. Les scientifiques soupçonnent depuis longtemps que les villes pourraient être un point chaud pour le risque d’épidémie, grâce à des espèces comme les rats qui vivent à nos côtés. Pour Washington, DC, ces problèmes sont désormais proches de chez nous : en mars 2022, les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont annoncé que le problème croissant des rats avait permis à un virus respiratoire appelé hantavirus de Séoul d’infecter deux personnes en 2018.
Albery a entrepris d’étudier si des espèces comme les rats pouvaient héberger un plus grand nombre de ces agents pathogènes. Dans l’étude, Albery et ses collègues ont examiné les agents pathogènes hébergés par près de 3 000 espèces de mammifères et ont découvert que les animaux adaptés aux villes pouvaient héberger environ dix fois plus de types de maladies. Cependant, ils ont constaté que ce modèle était en partie un problème de biais d’échantillonnage : les mêmes espèces étaient près de 100 fois mieux étudiées dans la littérature scientifique.
« Il y a de nombreuses raisons de s’attendre à ce que les animaux urbains hébergent davantage de maladies, allant de leur nourriture à leur système immunitaire en passant par leur proximité avec les humains », a déclaré Albery. « Nous avons constaté que les espèces urbaines hébergent en effet plus de maladies que les espèces non urbaines, mais les raisons de cela semblent être largement associées à la façon dont nous étudions l’écologie des maladies. Nous avons davantage observé les animaux dans nos villes, alors nous ‘ai trouvé plus de leurs parasites et nous avons commencé à atteindre des rendements décroissants. »
À la surprise d’Albery, après avoir ajusté le biais d’échantillonnage, l’équipe a constaté que les espèces vivant en ville ne semblent pas héberger plus de virus infectieux pour l’homme plus souvent que leurs homologues ruraux. «Étonnamment, bien que les espèces adaptées aux villes aient 10 fois plus de parasites, plus de 100 fois plus d’études ont été publiées à leur sujet. Lorsque vous corrigez ce biais, elles n’ont pas plus d’agents pathogènes humains que prévu, ce qui signifie que notre perception de leur nouveau risque de maladie a été exagéré par notre processus d’échantillonnage. »
Les résultats de l’étude pourraient exonérer la faune de la ville d’être des « hyper-réservoirs » de maladies infectieuses. Cependant, prévient Albery, cela ne signifie pas que les villes sont exemptes de maladies.
« Cela signifie probablement que les animaux urbains ne cachent pas autant de nouveaux agents pathogènes importants que nous pourrions le penser, ces agents pathogènes qui pourraient causer la prochaine ‘maladie X' », a déclaré Albery. « Mais ils sont toujours des porteurs incroyablement importants de nombreux agents pathogènes que nous connaissons. Les rats, les ratons laveurs et les lapins coexistent toujours bien à nos côtés, et ils propagent encore de nombreuses maladies aux humains vivant dans les zones urbaines. »
Colin Carlson, Ph.D., auteur de l’étude et professeur de recherche adjoint au Center for Global Health Science and Security du Georgetown University Medical Center, a déclaré que l’étude met en évidence la valeur des données scientifiques. Les chercheurs ont utilisé une base de données appelée The Global Virome in One Network, créée par le Verena Consortium (viralemergence.org), un réseau scientifique ouvert fondé par Carlson et Albery. « Si nous prenons le temps de créer de meilleurs ensembles de données et d’examiner de plus près leurs modèles, nous pourrions continuer à renverser des hypothèses de longue date sur qui est à risque de maladies émergentes et pourquoi », a déclaré Carlson.
L’étude conclut que les recherches futures devraient aller au-delà du nombre d’agents pathogènes que possède un animal donné et commencer à explorer comment la vie en ville façonne la prévalence et la transmission de ces maladies. La compréhension de ces phénomènes peut nécessiter que les chercheurs collectent beaucoup plus de données, en particulier à partir de nouveaux endroits ; presque toutes les données sur la maladie dans l’étude provenaient des États-Unis et d’Europe.
« Ce que cela accentue vraiment, c’est que nous devons concevoir des régimes d’échantillonnage plus uniformément répartis et plus équitables si nous voulons trouver de nouveaux agents pathogènes pour l’homme ; l’échantillonnage doit être plus concentré dans les zones sauvages du monde, mais aussi dans les zones urbaines moins bien. -lieux étudiés », a déclaré Albery. « Non seulement cela nous aidera à trouver les nouveaux, mais améliorera la surveillance des anciens et aidera finalement à résoudre les biais géographiques séculaires en écologie. »
Les espèces de mammifères adaptées aux villes ont plus d’agents pathogènes connus, Écologie de la nature et évolution (2022). DOI : 10.1038/s41559-022-01723-0