À un moment donné au cours de la pandémie, le SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID, s’est propagé des humains au cerf de Virginie aux États-Unis.
En 2021, des scientifiques ont révélé que 40% des cerfs de Virginie échantillonnés dans le Michigan, la Pennsylvanie, l’Illinois et l’État de New York présentaient des anticorps COVID.
La surveillance de ces cerfs se poursuit et un nouvelle étude Des chercheurs de l’Ohio State University ont découvert que le virus continue de se propager parmi les animaux et de revenir aux humains. Et cela évolue rapidement.
Les chercheurs ont examiné la prévalence du COVID dans un petit échantillon de cerfs de Virginie dans le nord-est de l’Ohio. Les échantillons ont été prélevés entre novembre 2021 et mars 2022. Sur 1 522 prélèvements nasaux, 163 ont été testés positifs pour les variantes alpha et delta du COVID. Les chercheurs ont également découvert que le virus s’était propagé à plusieurs reprises, des humains aux cerfs et des cerfs aux humains (appelé « spillover »).
Les coronavirus sont couverts de pointes et ce sont ces pointes qui s’accrochent à nos cellules pour y pénétrer et commencer à se répliquer. La partie particulière de nos cellules sur laquelle les pointes s’accrochent est appelée le récepteur ACE2. Ce récepteur est similaire chez les cerfs et les humains, et les coronavirus n’ont pas perdu de temps pour l’exploiter.
Le contact humain avec les cerfs est courant dans certaines régions des États-Unis, où plusieurs millions de cerfs de Virginie vivent à l’état sauvage, en milieu urbain ou en élevage. Dans ces habitats, les cerfs peuvent être exposés aux déchets humains. Ils peuvent transporter des bactéries présentant des modèles de résistance aux antimicrobiens similaires à ceux des humains locaux.
Les chercheurs de l’Ohio ont découvert que le COVID se multipliait et se propageait chez les cerfs sur plusieurs mois, ne provoquant aucune maladie ni décès évidents chez les animaux. Les cerfs migrateurs, les mâles en particulier, propagent le virus lors de leurs déplacements à travers le comté.
On ne sait pas si d’autres hôtes potentiels tels que les mouffettes, les écureuils ou les rongeurs ont également contracté le virus, mais une propagation du cerf aux humains a été observée. Cependant, la manière dont cet échange s’est produit n’est pas claire.
Les cerfs échantillonnés à Staten Island, dans l’État de New York, au cours de la même période, ont montré des signes d’infection par une autre variante du COVID, l’omicron, provenant des humains. Les échanges viraux entre les communautés et leurs cerfs se produisent souvent.
Mutation trois fois plus rapide chez le cerf que chez l’homme
En mesurant les changements dans le génome du COVID chez le cerf à l’aide d’une nouvelle méthode statistique, les chercheurs de l’Ohio ont estimé que le taux de mutation du COVID était trois fois plus élevé que chez l’homme. Les types de changements génétiques n’étaient pas les mêmes que ceux du COVID humain. Les mutations semblent être des réponses adaptatives qui pourraient avoir accru la propagation du virus chez ses nouveaux hôtes, les cerfs.
Le COVID a également montré une augmentation précoce de sa diversité chez les humains, peut-être plus rapide au cours des premières années après 2019.
Surtout, la transmission du virus des cerfs aux humains n’a pas provoqué de nouvelles épidémies humaines qui empêchent les médecins de dormir. Les changements évolutifs du COVID dans les populations de cerfs n’ont pas abouti à un virus capable d’échapper à nos anticorps. Il n’y a donc actuellement aucun risque de santé publique lié à cette augmentation du taux de mutation.
Comme les humains, certains cerfs sont des « super-épandeurs ». L’analyse des réseaux sociaux montre ce processus dans l’utilisation par les cerfs des sites de grattage, où les mâles laissent leurs odeurs pour constituer des groupes de reproduction. Les stations d’alimentation ou d’appât artificielles (pour la chasse) exacerbent également le taux de propagation du virus.
Le cerf de Virginie pourrait être considéré comme un nouveau réservoir de virus COVID. Les réservoirs animaux englobent un processus continu de division et de changement viraux. Les hôtes imposent des pressions sélectives sur les virus qui influencent la vitesse à laquelle le génome d’un virus change. Par exemple, la grippe A évolue plus rapidement dans les populations d’oiseaux ou de porcs que chez les humains.
Il est probable que la durée de vie d’un animal infecté, les processus métaboliques au sein de ses cellules, les actions immunitaires, les dommages causés à l’ARN viral par les enzymes de l’hôte ou d’autres agents pathogènes forcent tous une mutation virale. Quelles que soient les raisons, ces observations de l’Ohio soulèvent la possibilité que chez ces millions de cerfs de Virginie, les virus COVID pourraient se développer en une nouvelle souche ou variante capable de propager une maladie importante aux humains.
Des analyses de sang de Cerfs britanniques en 2020-21 n’a trouvé aucune preuve de COVID chez ces animaux. Cela pourrait être dû au fait que les espèces de cerfs britanniques ont des niches écologiques distinctes et des susceptibilités au COVID. Mais il est clair que ce type de surveillance continue fournit des renseignements précieux.
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