La tache brune septorienne peut être le rhume des maladies du soja, mais cela ne signifie pas qu’elle est entièrement bénigne. La maladie fongique omniprésente peut entraîner une perte de rendement de 10 à 27%, selon une recherche de l’Université de l’Illinois. Pour de nombreux agriculteurs, la réponse évidente est de riposter avec un fongicide, mais une nouvelle étude de l’Université de l’Ile montre que la septoriose peut en fait augmenter après l’application d’un fongicide.
« Lorsque nous avons appliqué le fongicide, la plupart des champignons sur les surfaces des plantes ont diminué. Mais quelques-uns ont augmenté, dont Septoria. C’était très surprenant », explique Santiago Mideros, professeur adjoint au Département des sciences des cultures à l’U de I et étude coauteur.
L’étude, dirigée par l’ancien étudiant au doctorat en sciences des cultures Heng-An Lin, a été conçue pour identifier et suivre le mycobiome du soja – la collection de champignons vivant sur les plants de soja – dans des conditions de terrain réelles. Les chercheurs espéraient savoir comment Septoria interagit avec d’autres champignons associés aux plantes et comment le fongicide les affecte tous.
Lin et Mideros ont inoculé la moitié des semis de soja dans leurs essais au champ avec Septoria. Ensuite, à l’aide d’informations génétiques et d’analyses bioinformatiques sophistiquées, ils ont identifié des espèces fongiques sur les feuilles tout au long de la saison, avant et après l’application de fongicides.
« Nous avons choisi ce fongicide particulier, un mélange de fluxapyroxad et de pyraclostrobine, car il est assez couramment utilisé de nos jours dans le Midwest américain », note Mideros. « C’est quelque chose que nous pensions avoir une pertinence sur le terrain, selon les pratiques de gestion actuelles du soja. »
Le fongicide a fait reculer de nombreux champignons, mais encore une fois, pas Septoria. Mideros pense que le fongicide a éliminé les concurrents de Septoria, permettant à l’agent pathogène de prospérer.
Le résultat surprenant remet en question la pratique courante de l’application de fongicides limitant le rendement.
« D’après des recherches antérieures, nous savons que lorsque nous pulvérisons beaucoup de fongicides, comme chaque semaine, les symptômes de la septoriose sont maîtrisés et le rendement augmente », explique Mideros. « Mais cette fréquence d’application n’est pas réalisable pour les agriculteurs. Cette étude est une approximation plus proche de ce que font réellement les producteurs, avec une à trois applications au cours de la saison.
« Je ne dis pas que les fongicides n’augmenteraient pas le rendement dans certains champs. C’est possible. Mais ce que je retiens de cette étude, c’est que nous ne savons pas exactement ce que nous faisons lorsque nous appliquons des fongicides pour protéger le rendement. Nous devons en apprendre beaucoup plus sur les effets involontaires des applications chimiques. Nous pourrions faire les choses plus efficacement si nous avions une meilleure compréhension de tous les changements apportés aux systèmes lorsque nous effectuons une application de fongicide.
Bien que le jury ne sache toujours pas si les producteurs devraient abandonner le fongicide lorsqu’ils luttent contre Septoria, l’étude fournit un aperçu important de la façon dont le mycobiome du soja interagit. Les chercheurs ont identifié un total de 3 342 champignons distincts sur les trois lignées de soja qu’ils ont étudiées, certains pathogènes, d’autres bénéfiques, et encore plus dont les effets sur le soja n’ont pas été caractérisés.
Savoir quels champignons se trouvent sur chaque lignée de soja et comment ils interagissent pourrait ouvrir la voie à de futurs outils de lutte contre les maladies, tels que les agents de lutte biologique.
« L’une des choses que nous essayions d’aborder avec cette analyse était de voir quels champignons sont associés les uns aux autres. Si nous trouvions des modèles où un champignon semblait avoir un effet suppressif sur un autre, il pourrait être utilisé comme agent de lutte biologique. Nous a trouvé quelques associations négatives, mais pas beaucoup, et malheureusement, aucune avec Septoria », dit Mideros. « Mais il existe plusieurs organismes qui ont une association négative avec d’autres champignons, c’est donc quelque chose que nous pourrions suivre.
« Il y a beaucoup d’intérêt à trouver des pratiques de gestion plus durables, et cela pourrait prendre la forme de bio-fongicides ou de manipulations du mycobiome qui pourraient entraîner une baisse des maladies et des rendements plus élevés. Il existe un monde de micro-organismes cachés associés à nos cultures. nous pourrions puiser dans. »
L’article, « The effect of Septoria glycines and fongicide application on the soybean phyllosphere mycobiome », est publié dans le Journal des phytobiomes.
Plus d’information:
Heng-An Lin et al, L’effet des glycines de Septoria et de l’application de fongicides sur le mycobiome de la phyllosphère du soja, Journal des phytobiomes (2022). DOI : 10.1094/PBIOMES-12-21-0075-R