Es ist nicht immer einfach, das große Ganze zu erkennen, wenn man tief in ein Projekt vertieft ist. Innovation erfordert oft einen Schritt zurück, um zu beurteilen, wie wir die Wirkung unserer Wissenschaft wirklich verstärken können.
Chris Jackett und seine Kollegen im Sustainable Marine Futures-Programm konzentrieren sich auf die Weiterentwicklung der marinen Biodiversitätsforschung. Sie sammeln und verarbeiten umfangreiche Meeresbilddatensätze. Ihr Wunsch, die Wirkung ihrer Erkenntnisse zu maximieren und die Zugänglichkeit für die wissenschaftliche Gemeinschaft zu verbessern, veranlasste sie, Marimba zu entwickeln.
Symphonie aus Effizienz und Zusammenarbeit
Marimba ist ein Python-Framework, das in Zusammenarbeit mit dem Monterey Bay Aquarium Research Institute (MBARI) entwickelt wurde. Es optimiert die Strukturierung, Verwaltung und Verarbeitung wissenschaftlicher Bilddatensätze unter Einhaltung der weltweit anerkannten FAIR-Prinzipien. Dabei handelt es sich um eine Reihe von Standards, die Daten „auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar“ machen sollen.
„Im riesigen Ozean wissenschaftlicher Daten ist das Auffinden, der Zugriff und die Nutzung von Meeresbildern seit langem eine Herausforderung für Forscher auf der ganzen Welt“, sagte Jackett.
„Verkompliziert durch unterschiedliche Datenformate, schnell wachsende Bildmengen und inkonsistente Arbeitsabläufe. Da kein System verfügbar war, das unsere wissenschaftlichen Meeresbilddatensätze effizient verarbeiten und verpacken und gleichzeitig die FAIR-Prinzipien einhalten konnte, haben wir eines entwickelt.“
Hauptmerkmale und Wirkung von Marimba
„Marimba kann jedem, der in der Wissenschaft tätig ist, dabei helfen, mit Bildern zu arbeiten und daraus Daten abzuleiten“, sagte Jackett.
„Es spielt keine Rolle, woher die Bilder stammen – ob sie von einer Canon DSLR oder einem GoPro-System stammen. Sie können sogar für speziellere Instrumente wie bildgebende Durchflusszytometer verwendet werden.“
Marimba wurde entwickelt, um drei Kernbedürfnisse zu erfüllen.
Standardisierung
Es bietet eine standardisierte Struktur und einen standardisierten Kontext für die Verwaltung des gesamten Arbeitsablaufs von FAIR-Bilddatensätzen, einschließlich Import, Verarbeitung, Verpackung und Verteilung.
Flexibilität
Marimba ist hochgradig anpassbar und passt sich den unterschiedlichen Anforderungen verschiedener Bildgebungsinstrumente an, die in der wissenschaftlichen Forschung eingesetzt werden.
Verarbeitung
Es automatisiert häufige und sich wiederholende Aufgaben und bietet gleichzeitig Zugriff auf leistungsstarke integrierte Bildverarbeitungsfunktionen, wodurch Forschungsabläufe erheblich beschleunigt werden.
Marimbas weltweite Einführung
Jackett stellte kürzlich einem weltweiten Publikum aus Wissenschaftlern und Ingenieuren die Fähigkeiten von Marimba vor 5. Marine Imaging Workshop 2024.
„Die Einführung stellt einen bedeutenden Meilenstein für Marimba dar und bietet Forschern ein leistungsstarkes Werkzeug, um ihre Arbeit zu verbessern und effektiver zusammenzuarbeiten“, sagte Jackett.
„Es birgt das Potenzial, die Art und Weise, wie wir unsere Ozeane verstehen und schützen, zu verändern – es ermöglicht uns, tiefere Erkenntnisse zu gewinnen, die Forschung zu beschleunigen und die internationale Zusammenarbeit zu fördern, die zukünftige Strategien zum Meeresschutz und Ressourcenmanagement vorantreiben könnte.“
„Durch die Konzeption von Marimba als Open-Source-Tool stellt CSIRO sicher, dass es weiter wachsen, sich verbessern und möglicherweise von Wissenschaftlern in vielen verschiedenen Forschungsbereichen genutzt werden kann – und seine Wirkung vergrößert.“
„Es ist eine andere Art von Wirkung als die Veröffentlichung einer wissenschaftlichen Arbeit in einer Fachzeitschrift mit großer Wirkung, aber die Entwicklung dieser innovativen Lösungen ist für Forscher sowohl innerhalb des CSIRO als auch in der breiteren wissenschaftlichen Gemeinschaft von entscheidender Bedeutung.“